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烦恼，每个人都有。很多时候，我们认为烦恼和痛苦是一体的，在佛教里将烦恼视为一种负面的思想或情绪。有了烦恼，便会产生痛苦。
伟大的释迦牟尼佛告诉我们：脱离轮回最大的障碍就是烦恼，而菩萨在成佛之前的障碍称为所知障，烦恼和所知二种障碍的本质就是光明的如来藏。原始清净的如来藏，经由我们的主意识，通过眼耳鼻舌身等五根，对外在的色声香味触产生五识。在意识、五根、外境的交互循环过程中，让心有了混浊的状态，这种情形在佛经里有何种譬喻呢？就像海水本身是清澈的，不会有浪，但为什么海面会生起如此大的混浊波浪？是风让海水起了波浪。所以，这种突然生起分别的识，既捉不住它，也不清楚它是正面或负面，这种混沌不解的疑惑就是无明，也是所谓的客尘污染。而心的原始本质就像是海底的水，永远都是清净的，具备着高度的智慧以及圆满的慈悲，这称为佛性。
烦恼，是因为有无明、有分别心而产生的。烦恼是思想的一种状态，不是指因烦恼而起的种种痛苦。痛苦是烦恼的果，解脱轮回的障碍就是烦恼造成的。所以，要脱离轮回之苦，必须先了解烦恼如何产生？该如何灭除？这样才知道如何对治它。宁玛巴的大师米滂仁波切说：“什么是烦恼？贪欲等称为烦恼。”归纳来说，烦恼就是贪念、嗔恨、嫉妒、傲慢、疑心等，称为五毒。
从无始轮回以来到现在，我们已经非常习惯负面的思想和行为，对于正面的思想或行为却需要努力学习才能展现。我们与生俱来、不需经过学习便存在的，就是烦恼。所以，母亲怀胎时，胎儿可能因为不高兴，在母亲的肚子里拳打脚踢，欢喜的时候也会露出笑容。胎儿在母亲体内的喜怒哀乐，都来自于前世延续的习气。而出生后，婴儿对喜欢的事物会感到很开心，对不喜欢的事物也会用哭闹的方式来表达，这些都是与生俱来的习气。更严重的是，随着年龄的增长，欲望及嗔恨心也跟着增长。从懂事以来，我们就有贪念，因为要满足当下饥饿的需求，对正面的亲切关怀会欢喜接受，对负面的语言会有抗拒之心，这些都会随着年龄不断增长。
我们小时候的贪念、嗔恨、傲慢，是前世所播下的种子在今世成熟了。但是，在年纪还小、对很多东西还不懂分别的时候，这种毒还只是种子，看不出来后果有多严重。就像是食用被污染的水或食物而中毒一样，刚开始根本感觉不到毒性的存在，等到日积月累，伤害就愈来愈重。多数的毒物在刚开始享用的时候，感觉是舒服的，有快感的；而随着中毒愈来愈深，痛苦会愈来愈烈。除非出生在有良好道德观念或有正确宗教信仰的家族，才不会持续恶化，这也是自己和家族在前世福报的共业成熟，才有机会让自己在今生的教育下慢慢改变看待事物的观点。
就像一个小朋友，当别人欺负他的时候，他会哭着跟家人投诉。如果是不理智的父母，没有正确道德观念，大多会告诉小朋友用以牙还牙的方式反击，而不会告诉他正确解决问题的方法。之后，小朋友心里就会慢慢建立起负面模式的思考了。这种情形容易发生在父母有暴力倾向或口无遮拦的家庭里。有些小孩在刚学会走路的年龄，就会用暴力解决事情。甚至业力更深的，当他发脾气，可又无法对别人使用暴力时，会反过来咬自己发泄。这时如果父母有慈悲的心，好好教导小孩，正确理解这些嗔恨是不好的，再慢慢引导他往正面发展，小孩的嗔怒习气是可以改变的，因为前世带来的是还没成熟的种子。如果知道土里种的是罂粟花等具毒性植物的种子，只要不在上面洒水、施肥，没有阳光照耀，种子自然就会在土里腐烂；即使能长出芽来，也是非常脆弱的。小孩的烦恼种子（贪、嗔、痴、慢、疑等）和罂粟花的种子一样，影响力还很小，关键在于不要让它继续成长。父母如果认同他的负面情绪，或者沉默以对，都将是一种鼓励，那么负面情绪就会慢慢扩张。如果生在佛教家庭，从小就被教导说伤害别人、将别人的物品占为己有、恶口伤人、动手打人等都是非常不好的作为，慢慢地，小孩子就懂得去改变自己，因为是非观念已经播种在他的心灵上。现在有很多家庭是溺爱胜过于教育，而让小朋友失去是非观念。
不仅如此，大人更是普遍溺爱自己。我们都明白包括十不善等负面情绪和行为是不好的，因为没有人喜欢被伤害，没有人愿意被砍杀。别说用凶器伤害，就连言语上的辱骂、讽刺、诽谤，都会让人觉得非常不舒服，就像用针扎心一样痛。但是，当我们对别人做这些事情时却总有一大堆理由，会对自己说：“这样做虽然不好，我也不想这样，但我是逼不得已的。”
人心本质的佛性是清净的，但被客尘污染而产生无明的时候，已经有魔性和佛性并存于心中。在佛性的这边，人当然希望自己被别人认同，被别人关爱，所有人都用温和爱语对自己说话；但反过来看，自己对别人能不能这样付出呢？非常困难。短时间的付出或许可以，长时间是很不容易的。
杀生也是因为烦恼而产生的。人们会因为贪念而杀生，其中最严重的就是为了满足食欲的贪念而杀生。很多人看到动物时就会因为想吃它的肉而杀害它。此外，还有人只是为了玩弄动物而杀生。很多人去钓鱼、打猎，只是当成娱乐喜好而已。
人们有能力却不反省，就会因为无知而变得盲目且盲从，根本不清楚所作所为是应不应该，很多时候自认为的“应该”，其实是烦恼在作祟。有多少狂妄自大的人到处发动战争，最后被伤害的都是无辜的平民百姓。又或是看上了别国的石油、财富、土地，于是就找一个理由发动战争，这种情形也很多。
杀生的原因中，最严重的不是嗔恨，而是傲慢。因为我方有能力，如果对方不认同我方的想法，就强迫对方认同，而能力就是武器、权力、金钱。而且傲慢还带有贪念。譬如长相很好看的人会藐视长相不如自己的人，这叫做色慢。我们可以发现，长得英俊的男人或漂亮的女人，大多数傲慢心会比别人强。
如果佛教徒真的依照佛陀的教义去做，烦恼是很容易被摧毁的，问题是我们会不会好好利用它。
我们平常总是深陷在自我的烦恼和痛苦里不能自拔，其实这一点作用也没有。人只有对自己的烦恼和痛苦最熟悉，最了解，认知烦恼不仅可以转自己的业障为菩提，而且还能以自我的烦恼修行自他交换。那么当我们能感受烦恼和痛苦的时候，如果以此体验生起慈悲众生之心，希望自我在承受烦恼痛苦的时候能替代所有的众生消除痛苦感受，这样，在我们面对痛苦和烦恼的时候反而是有功德的，从而发自内心的转变使得我们也不会觉得自己有多么的痛苦。