正如后世梁启超所评价的那样，吉田松阴“可谓新日本之创造者矣”。
从历史发展来看，日本人狼子野心，给东亚各国造成了沉重的苦难。作为明治维新的精神领袖和理论奠基者，吉田松阴的“皇国史观”思想深深影响长州藩武士。
日后，长州藩长期霸占日本陆军高层，成为日本政府重要支柱。日本外交政策亦深受其思想影响，并逐渐发展为日本军国主义思想。
如今，吉田松阴已死，弟子也凋零过半。对于历史的影响力，也将大大减弱。
事实上，不管吉田有多么决绝，外国人对他的切腹仪式非常不解，很多人耻笑说，这是一种野蛮的行为。只有少部分人持反对意见，认为这是一种勇敢的行为，也是一种虔诚的认罪态度。
中国驻日公使陈至立同样不以为然，认为吉田松阴之死无益于缓和当前的矛盾，反而只会火上浇油。他选择在横滨鹤见川切腹，既是对幕府示威，也是向外国示威。
他在赴死前慷慨陈词，在死后下遗言，号召武士尊王攘夷，确实起到了宣扬学说、团结藩士的效果。
只不过，形势并没有向他预想的情况发展。按照吉田松阴的主张，日本应该按部就班地尊王攘夷，先尊王，再倒幕，再变法，再图强，最后才是攘夷。
可武士们义愤填膺，完全丧失了理智。他们把吉田松阴的谆谆教诲付诸脑后，本未倒置，直接开始了攘夷。在武士看来，因为外国人侵入日本，才造成了当今日本内忧外患的局面，要摆脱内忧外患，就得先攘除外国人。
吉田松阴切腹自杀，并没有平息日本国内的动乱，反而进一步推波助澜，助长了攘夷派的嚣张气焰。
却说，吉田松阴切腹后，桂小五郎遵从他的遗愿，把其尸体带回京都安葬。京都为天皇居住地，是日本公家（朝廷）驻地，也是尊王攘夷派心中的圣地。
吉田松阴遗言在京都安葬，固然是为了向天皇表达忠心，也为了向世人表达自己尊王攘夷的主张。
大量的武士、浪人涌入京都，参加吉田松阴的葬礼。桂小五郎被吉田松阴指定为衣钵传人，威望大增，授到京都攘夷派的拥护。
京都同样是尊王攘夷派的重镇，甚至一度主导朝廷政局。更令幕府不安的是，长州藩在京都享有驻防的权力。一干名长州藩武士长驻京都，对朝廷的影响力不容小觑。
天皇虽无实权，却是日本名义上的君主、元首，在全体日本人心中有着崇高的威望。
日本战国时代，织田信长无往不胜，所向无敌，却地本能寺之变国身首异处。相传，织田信长突然被自己最信任的部下出卖，起因便在于他想要废除天皇制度。此举动摇日本国本，遭到武士一致反对。
因此，京都的朝廷虽然无权，却代表着日本的正统，在日本武士心中依然有着崇高的地位。
长州藩在京都城外驻扎军队，以桂小五郎为首的长州藩士又在京都大肆活动。吉田松阴切腹自杀，又无形中增长了长州藩的声望。
种种现象，使得各派势力对长州藩颇感不安。不禁幕府反感长州藩，就连萨摩藩等强藩也对长州藩迅速增长的声望而不满。
桂小五郎被世人视为长州藩奇才，却也被吉田松阴之死冲昏了头脑。他不仅不知收敛，反而趁机联络京都中的“过激派”公家，密谋倒幕。
他们策划在天皇出巡时，胁迫天皇发布诏书，假借天皇名义命令幕府实施攘夷。若幕府不肯就范，则长州藩挥师东进，一举将其埋葬。
与“午后密敕”一样，尊攘派谋事不秘，很快被萨摩藩侦知。
为了缓和幕府与强藩的关系，井伊直弼吸收外藩进入幕府、朝廷，对外摆出一副团结内外、共克时艰的印象。
萨摩藩刚刚经历过鹿儿岛之败，又在战后谈判上得到幕府的大力帮助，与幕府的关系大为升温。甚至，萨摩藩战后第一笔二十万银元赔款，都是从幕府借的。
萨摩藩当即向幕府告密，幕府对长州藩不满已久，随即联络萨摩藩、京都守护松平容保、孝明天皇、公武合体派公家，合谋驱逐长州藩。
松平容保为会津藩藩主，虽然姓松平，却是正儿八经的德川氏。会津藩是防范奥羽藩等诸多外样大名的前线，亲藩配置于此显得极为重要。
事实上，会津藩堪称是幕府的柱石，是仅次于越前松平藩的大大名。历任会津藩主，多是幕府的栋梁。
松平容保是井伊直弼的朋友，非常认同井伊直弼的开国主张。因此，井伊直弼任命他为京都守护，负责监视朝廷，保护天皇。
（历史上，松平容保“明知不可为而为之”，竭力维护幕府的行为，颇有种悲情英雄的意味。他的事迹世代传诵，被编写为有名的故事“会津魂”。
（为了维护幕府，松平容保建立了特务兼暴力组织—“新撰组”，可谓是“维新之敌”。日本作家司马辽太郎曾经叹道：“想起会津，就感到日本这个民族还不是太无可救药。”）
至于孝明天皇，同样对长州藩的举动非常反感。孝明天皇对处理朝政不敢兴趣，宁愿把这种繁重的事务交给幕府，自己畅享太平岁月。他并不主张倒幕，只是想攘夷，最多能够接受公武合体。
几方势力一拍即合，决定把长州藩势力逐出京都。天皇首先下诏，解除长州藩军队警卫京都的任务，责令其返回长州。长州藩主毛利敬亲及其养子毛利元德，也被逐出京都。
长州藩武士一向桀骜不驯。毛利敬亲得令后，尚且不愿退兵。京都内的攘夷派武士再次分裂，至少有一半人马支持长州藩。
紧接着，在井伊直弼的策划下，幕府军队、萨摩军队、会津军队组成联军，开进京都，威逼长州军队撤退。毛利敬亲并不惧怕，反而动员武士，与幕府军对峙。
不久后，京都守护松平容保的“新撰组”在京都城内发难，捕杀城内的长州藩士。
“新撰组”的暴动，引必了幕府联军与长州藩军队的战斗。幕府联军人多，但不如长州藩精锐。长州藩军队虽然人少，但训练有素，士气更高，一开始就占据了上风。
长州军队一度突破由筑前藩军队把守的京都城门，攻入京都御所内。但幕府新军作为援军赶到后，形势发生逆转，长州藩军队败走。
在御所内，来岛又兵卫、入江九一、寺岛忠三郎等长州藩士自尽。
毛利敬亲无奈，带领长州军队逃回长州。毛利氏历任藩主多急躁冒进，做事不计后果一敬亲返回长州后，发出总动员令，公开宣布讨幕、攘夷，准备迎战幕府军队。长州军队甚至不宣而战，向下关海峡的外国商船开炮。
长州藩的异动，把日本的乱局带上了新的。就连御三家之一水户藩，也暴发了内乱。藩内攘夷派武士发动暴动，要求幕府立即发动攘夷。
京都的朝廷也再次分裂。栖川宫帜仁亲王、有栖川宫炽仁亲王、中山忠能等亲贵紧急参谒天皇，请求天皇宽赦长州藩势力，并驱逐会津藩主、京都守护职松平容保。
幕府则极力劝说天皇，请天皇下诏征讨长州藩。此时，德川幕府的号召力已经大为减弱，能不能召集各藩，组织足够多的兵力征伐长州，已经大成问题。
一向被将军视为提线木偶的天皇，地位陡然上升，成为足以影响日本走向的人物。
一向镇定自若的幕府大老井伊直弼，也慌了手脚，第一次感受到幕府的根基已经动摇。
此时此刻，中国驻日公使陈至立，也秘密返回南京，向杨烜当面汇报日本时局，决定接下来的对日政策。