而广东海盗抵御清朝的统治比较猛烈。
新会县的“白旗贼”海盗抗清，自称为“义师”，“白旗贼”中比较著名的海盗头领是黄信。
顺治三年，清军攻打广州城，黄信与“山贼”黄蛮长联合攻打新会县城，攻城战役中黄信被杀，1647年,黄蛮长再度率领新会、新宁、新兴、平远“群盗”十多万人围攻新会县城。
在海丰，海盗苏成原本率领的海盗集团专门对抗明朝，但是清军南下进攻广东之后，苏成却调转枪头反抗清朝的统治。
顺治五年，苏成去世，苏利接班。当时郑成功进攻潮、惠一带，苏利配合郑成功的行动，直到顺治十年，清军进攻苏利，苏利被迫逃亡海上。
在粤洋西路，海盗邓耀也在抗清。顺治七年，海盗邓耀聚众起义，占据龙门岛抵御清朝。
此后明朝的海康伯明忠加入邓耀的抗清活动，邓耀由此成为满清的眼中钉，直到顺治十七年，清朝才镇压了邓耀的起义军，俘杀邓耀，但是邓耀集团的余部流转在海上继续抗清。
这些广东海盗，数量很多，如今，因为顾横和新军的到来，他们这些人的命运基本被改变，都跟着郑成功投靠了新大明，是新军第二海军中的一员了。
为什么广东的海盗频发，顾横从前不太理解，但亲自来到这个时代后，顾横明白了，这其实与清朝的统治有很大的关系。
清朝在进攻广东的时期，实行血腥的种族屠杀政策，因而不断激起汉人的英勇反抗，为光复明政权而斗争。
曾经，平南王尚可喜和靖南王耿继茂在攻陷广州之后，发动了长达12天的大屠杀，死难70万人，清军甚至把逃到海边的民众都给杀死。
如此残酷的行为势必使得大批汉人反对清朝的统治，民间自发反对清朝的统治自然风起云涌。
顾横回想到这里，心中庆幸自己改变了很多悲剧。
不然，让清朝继续，那么清朝就会鉴于海盗的骚扰，发布“海禁”，接着又会实行“迁界”，这会使得广东居民再度遭到劫难，其中的痛苦更加不堪。
仅以新会为例，历史资料记述到：
新会实行“迁界”始于康熙元年三月，沿海之民必须内迁50里，共毁农田2448顷。
至康熙三年五月，再下令内迁30里，数十万亩田园成为荒地，被迫“迁界”的居民，“扶老携幼，流离载道”，“迁民贫者行乞街市，露宿衢道，往往饿死”。
官方的统计数字表明，新会在“迁界”劫难中，毁田50余万亩(占全县田亩的六成)，被迫迁离的居民约8000户(占全县户数的五成)。
新宁在这两次“迁界”中，也遭到同样巨大的劫难，全县约占2/3的沿海地区返本还原，变成荒地。
人口锐减，康熙元年，全县有13738人，到康熙六年减少到只有5106人。
《海宴乡土志》载，海宴街原有2300人，取消“迁界”令后返回的只有23人。
《彭氏族谱》载，广海奇石彭姓原有100多人，后来返回的只有彭明伦一人。
在如此形势之下，民众的反叛必然发生，这一期间发生了周玉、李荣的海盗进攻。
周玉、李荣本是尚可喜招揽的部将，是蜑民出生，在明朝社会里属于社会鄙视的下层劳动人民，但是清朝的迁界使得蜑民损失惨重，很多人流离失所无法存活。
康熙元年，周玉、李荣借口归葬，回到海上招揽民众反抗清朝的统治。
值得称道的是周玉和李荣的主要打击对象是官吏和官兵，对于民众并不骚扰。
这一海盗集团受到了尚可喜的不断追击，一直到康熙三年才被尚可喜彻底镇压。
以上的海盗只是清朝初年海盗集团的一个切面，清初的海盗随着康熙一朝的统治稳固逐渐消失。
但是到了康熙一朝的中后期，随着官僚集团的腐败和政府工作的失败，海盗开始小规模出现。
经历雍正、乾隆时期又开始发展壮大，最终在乾嘉年间成为清朝政府的海防大患。
从浙江到广东沿海，这些清朝渔民组成的海盗纵横东亚的海域，这也是著名的“艇匪”。
但是这个时候海盗集团和明朝时期的海盗集团有很很大的区别，明朝时期的海盗的成员组成很大一部分是海商，但是清朝的海盗集团却是由破产农民、渔民、平民组成。
乾嘉年间的海盗有福建蔡牵集团，巅峰时期船只数百，成员超过2万多人，曾经联合反清会党一度攻入台湾;
浙江有凤尾帮海盗，广东有红、黑、黄、蓝等旗帮海盗。
这使得当时的嘉庆皇帝忧心忡忡，但是大股海盗在清政府剿抚并用的手段下不是被歼灭，就是投降。但是小股海盗的行动一直延续到了清朝末年。