之前带着一个旅去东瀛周边海面上进行军事演习的海军旅长周鹤芝原也是海盗出身。
他是福清仁寿里(今音西镇)松潭人，他少年读书，因为科举失利，此后在20岁时游走海上，在东瀛到大明的海上贸易线上做事。
由于聪明智慧、礼贤下士、乐善好施，这使得很多走海路的人对周鹤芝十分服气，此后周鹤芝开始了海盗生涯。
但是周鹤芝此人有古代任侠的风范，打劫海商时并不杀人，只是抢夺一半的物资，面对穷困的海商就放过一马，在海上还获得了一个称号：“仁盗”。
当然依照现在的观点来看，这个名称肯定不符合现代的道德规范。周鹤芝此后曾经返回家中被官府逮捕，但是因为对待狱卒和同县的吏员十分好，经常给钱，所以从容离去。
在清军大举进攻江南，屠戮无辜的百姓之时，周鹤芝决心为大明效力，舍身报国。周鹤芝曾经说了一番话：大丈夫乘时立功，当及筋骨尚壮，为朝廷用。此后接受了南明的招抚，参与抗清活动。
后来，隆武朝廷建立，周鹤芝授封水军都督，驻扎舟山。
当时江北总兵黄斌卿纵兵抢掠商贩，周鹤芝力劝黄斌卿，同时亲自前去调节商贩与官兵的矛盾。
另外周鹤芝制定策略安抚商旅，对于投奔的人也是以礼相待，最终导致大部分投奔周鹤芝，最终黄斌卿恼恨周鹤芝，周鹤芝只好南下福州朝见隆武帝，最后与其他人北上抗击清军。
之后，周鹤芝在郑鸿逵的带领下出兵浙江，与张国维和方国安的军事行动呼应。
清兵进攻福建，隆武帝被清兵俘杀。当时郑成功的父亲郑芝龙所部是隆武政权的主要军事力量，但郑芝龙想要投降清朝，而且还挟持周鹤芝的妻儿招揽周鹤芝。
此时周鹤芝与一群官僚也打算护送安昌王朱恭木枭前去郑芝龙会合，希望劝郑芝龙继续抗清。
但是大家到达安海会合后，郑芝龙却把一群人给劫持了要求大家投降，众人责怪周鹤芝，周鹤芝十分惭愧，于是提着一把刀面见郑芝龙，说了一番话：
芝一介武夫，海隅亡命;今荷国恩，决不爱一死!所惜大人以二十年威望，一旦堕地;岂大丈夫所为!若听芝言，悉甲长驱以复八闽，芝愿碎首先登;如必欲髡发请降，芝愿先一死，以明不敢背德。
说完周鹤芝便想要自杀，郑芝龙夺取刀阻止周鹤芝自杀，但是郑芝龙一心降清，两人最终分道扬镳。
此后周鹤芝参与福建、浙江两地的抗清活动，又跟随郑成功抗清。
后来，周鹤芝再次跟随郑成功投靠顾横的新军。他们在福清、长乐沿海登陆，一度攻下海口、镇东两城和长乐松下等地，后再次转战海坛岛，一直到彻底打败清军，顾横建立新大明。
在顾横的海军第二军中，周鹤芝只是海盗抗清的一个典型。在当时有很多海盗参与了抗清活动。
其中主要因素是清朝初年满清的上层统治者的血腥残酷的统治使得大批汉人民众反抗。
另外就是海盗中的一部分有良知的人对满清的统治深恶痛绝，甚至在福建出现了海盗和山寇联合发动了莆仙之战对抗清军的攻势，也就是土匪和海盗联合在一起抵御满清的进攻，以至于清朝将这些人怒斥为“山海寇”，这在中国古代历史上也是稀奇之事。
其实，郑成功在此后的抗清生涯中，他也利用自己家族的势力联合大量的海盗对抗清朝统治者，这使得大量的海盗投身于反清复明的行动当中。
当然，积极抗清，支持大明的海盗，基本都被顾横吸纳到新军中，成为海军中的一员了。
若无顾横和新军，历史上的福建长乐的海盗集团本来就一直支持郑成功的的抗清活动。
顺治七年、顺治十一年，长乐海盗一直骚扰清朝的沿海边境。
康熙元年，郑成功出兵台湾攻打荷兰殖民者时，长乐海盗频繁进攻清朝，使得清朝无力联合荷兰人进攻郑成功。
广东地区也是海盗联合郑成功的重要根据地。
大明原游击官黄海如伙同陈斌进入潮州海域，进攻清兵占据的潮州各县，夺取政府的物资供给郑成功的部队。
顾横记得，自己曾在现代历史资料中了解到，在康熙元年，郑成功进攻福建、广东，联合沿海的居民频繁骚扰清朝，使得清朝的军队疲于奔命。