在1946年12月的国民大会制宪会议上，胡适与朱经农等204人联名提出《教育文化应列为宪法专章》的提案，又与17位自由职业教育界国大代表联合提出建议书，请政府注意有关教育的重大问题。建议书开篇即指出：“查教育为立国之本，亦为施行民主政治之基础。当今宪法正在制定之时，尤赖教育之普遍推行，以使人民有行宪与行使政权之能力”。建议书主要内容包括：延用专才，增进效率；敌伪产业，拨充经费；县教育局，提早恢复；奖励私校，予以补助；教员待遇，迅即提高；被占校舍，严令发还等。
1947年3月14日，胡适在中基会年会上提出中基会与北大的第二次合作议案，具体内容是：北大向中基会借30万美元，分两年支付，作为购买图书、设备之用。北大每年付息五厘，由教育部担保，用美金偿还。两年之后，分十五年还本。
3月15日，胡适参加中央研究院评议会谈话会，商讨中央研究院院士选举法草案。胡适回北平后参与了中央研究院第一次院士选举“人文组”名单的推荐工作。
3月22日，胡适飞回北平。刚回北大，教务长郑华炽就向胡适汇报，此次学期考试，所有考试科目里半数不及格的学生有125人，先修班不及格的有60人，教务会议经过几次郑重考虑，决定按照北大学则的规定，给予退学处分。
此后，胡适接见了好几批为此请愿的学生，胡适考虑到多年战乱及不及格学生的实际困难，以及学期中退学可能会导致被退学生因无学校可入而失学等因素，给郑华炽写信，建议北大教务会议容许不及格的学生留校察看一学期，使他们有奋发振作以及补救的机会。
胡适对于此事的处理，既体现了他对学生求学机会的珍惜和爱护，也体现了他尊重北大教务会议的民主作风。
这一年五四前夕，胡适应邀出席北大学生“五四筹备会”举行的纪念活动，作《五四新思潮运动的意义》的演讲，随后根据演讲大意写成《五四的第二十八周年》一文，发表在5月4日出版的《大公报上》。胡适在文中首先对五四运动的经过作了介绍，引用了孙中山对五四运动的评价。文章最后指出：“我们在二十八年后纪念五四，也不能不仔细想想我们今日是否已‘收革命之功’，是否还‘必有赖于思想之变化’”。
胡适执掌北大后，对于北大和整个国家教育的发展都有很多设想和计划，自己也准备用数年的时间来使北大有所成就，并由此带动全国高等教育的发展。然而，随着国内局势的演变，国民党政府江河日下，国内矛盾不断激化，胡适很多时间和精力用在了教育和学术之外的事情。他一方面被迫处理不断发生的学潮，一方面又不得不参与一些政治活动。此外，在此时期蒋介石还几次想拉胡适参政，胡适不得不想办法再三推辞。
1947年5月，全国通货膨胀非常厉害，物价飞涨。大多数公职人员、教职员工吃饭都成了问题，北大也不例外。胡适亲身感受到这一问题的严重性。北大秘书长给胡适算了一笔帐，胡适1946年8月刚到北平时，每月工资28万法币，折合美金100美元，到了1947年4月，每月工资是100万法币，折合美金只有35美元了，每天只有1美元多一点。胡适说：“这点钱全家吃饭都不够。”他给美国友人徐公肃、唐世英写信说“现在我成为贫士了”。在美国的赵元任夫妇听说胡适薪水这么少，专门托人从美国给胡适带来了200美金，补助他家用。连胡适都这样，北大的教授就更苦了。
对胡适刺激最大的是，在他主持北大教授会讨论北大未来的发展时，向达教授气愤地说：“我每天愁的是明天吃什么，哪有心情想北大十年、二十年的发展。这样下去，我们都要死光了。”由于教育经费短缺，教职员生活不下去，胡适感到在北大很难干下去，他曾给朱家骅写信请求辞职，朱坚决挽留，他才又勉强干下去。
在这样的形势下，上海、南京几个大学和北大、清华大学的学生发起了反饥饿、反内战运动，要求增加教育经费，提高教职员待遇，这不能不使胡适处在两难的境地。一方面知道学生反饥饿运动有深刻的社会、政治原因，不能阻止；另一方面又不能不考虑国民党政府的立场，必须维护好学校的正常教学秩序。他曾向北平国民党当局建议，对学生的反饥饿运动不要采取镇压的办法，要和缓处理。他对北大学生则竭力劝说：“我对你们的要求同情，但希望不要耽误学业。”
5月19日，北平行辕主任李宗仁召集平津两地院校校长及教授开茶话会，胡适在会上发言，他说，中国的现状，不但青年人不满，中年人也不满。认为凡是在政治不能令人满意的时候，提倡政治改革的责任，一定落在青年肩头。胡适主张，应该给予青年人合理的自由。但胡适在当天接受记者采访时，仍然坚持一贯的主张，认为罢课不能解决政治问题，实际上是最愚笨而最不易收效的武器，因为罢课的结果，受损失的是学生自己。
1947年5月20日，宁（南京）、沪（上海）、苏（苏州）、杭（杭州）16个专科以上学校的5000余名学生到南京中央大学会合后，冲破国民党宪警的阻拦，举行“挽救教育危机联合大游行”。在珠江路口，游行队伍遭到宪警的水龙喷射和棍棒、皮鞭的殴打，19人受重伤，90余人受轻伤，20余人被逮捕。这便是五二〇血案。
同日，北平各大、中学校的7000余名学生从北京大学出发，进行持续五个多小时的声势浩大的示威游行。天津的大、中学生也进行了反饥饿、反内战游行。这一运动迅速席卷武汉、重庆、广州、长沙、昆明、福州、南昌、桂林、济南、开封、沈阳等60多个大中城市。社会各界以及上层爱国民主人士，也以各种形式支持和援助学生运动。在社会舆论的压力下，国民党政府不得不释放全体被捕学生。
继“五二〇”游行之后，学生又接着罢课几天，延续到了5月23日。
胡适苦口婆心地对学生说：“反饥饿、反内战是你们对现实不满的反映，但长期罢课解决不了这个问题。继续罢课会发生更大问题，希望同学早日复课。”
当时有一部分激进的同学，通过华北学联向全国各大学号召在6月2日发动更大规模的全国罢课、罢教、罢工、罢市运动。国民党政府非常震惊，通令全国各地严加防范，武力镇压。面对这一形势，胡适非常焦虑，怕在这一天发生流血事件。
他向北大学生自治会建议：“你们在6月2日那一天千万不要出去游行。”这一天，北平的专科以上院校大门都布满了军警，北大校门口堆起了沙包、铁丝网，架设起机关枪，装甲车在校园四周行驶，如临大敌。这一天，华北学联和北大自治会决定不上街游行，改在校内民主广场举行纪念民主烈士闻一多等人的追悼会，请胡适、周炳琳、钱端升、杨西梦等教授到会讲话。
胡适出席并作讲话，他的讲话中有这样一段话：“政治，而又没有人出来进行改革的时候，这一改革的责任就落在学生身上了，中外历史皆是如此。这次你们发起的反饥饿、反内战，就是在这样的情况下产生的，你们很有理智，很有秩序，能收能放，今天你们决定不游行，就是很理智的行动。”
他的讲话得到了同学们的热烈掌声。第二天北大就正常复课了，北平也没有发生大的流血事件。
1948年8月，国民党北平当局受上峰指令，要在全市大专学校逮捕所谓闹事学生。
8月19日清晨，北平11所专科以上院校都受到军警的包围，报纸上二次公布了名单，要上了名单的学生到特刑庭报到，不去者一律由军警进校捕人。
上了名单的324名学生，都是各校学生运动的骨干，其中北大最多，有93人。
北大学生自治会当即决定，把上了名单的同学迅速秘密送离北大。
19、20、21日这三天，北平有10所大专院校，国民党军警都进校进行了搜查逮捕，清华大学、燕京大学也不例外，唯独北大还没有军警进校捕学生。
北大学生自治会开会进行研究，认为这是因为胡适知名度高，北平当局一时不敢贸然行事。自治会当即决定，立即组织同学向胡适请愿，请他出面交涉，阻挡军警进校捕人，保卫北大尊严。
8月21日下午，200个同学组成了请愿队，从沙滩出发，打着小旗，高呼口号“反对军警进北大捕人”、“拥护胡校长保护北大尊严”，然后进了胡适住宅的院子里。
当时胡适很惊惶，脸都变色了，不知同学们要对他干什么。他连忙走出房子，请自治会代表进屋谈话。当听到自治会代表向他提出的要求后，情绪慢慢稳定下来。
他说：“我可以接受你们的要求，但有一个条件，凡上了名单的同学都要离开北大。”
请愿队离开胡适住所不久，北大训导处贴出了一个布告，要求上了名单的学生一律离开北大。
8月22日上午，训导长贺麟到三院、西斋、红楼、灰楼的学生宿舍查看了一番。
8月23日，胡适给北平警备司令部陈继承写了一封信，告诉他：“北平特刑庭要传讯的北大学生，经贺麟训导长查看，全校遍觅不见一人。”
24日上午11时，北大各个校门的军警就都撤走了，同学们纷纷涌向民主广场，高兴地互相握手，高唱《团结就是力量》和《光明赞》庆祝胜利。
这次胡适出面，成功阻挡了军警进校捕人，保护了北大的尊严，也保护了进步学生。对于胡适这样的当局任命的校长，能做到这样并非易事。