1946年10月10日，北大在四院国会街大礼堂举行了开学典礼，北大师生2000多人出席。胡适穿长袍马褂主持会议，并作开学讲话，阐述了他的办学方针和宏伟抱负。他在讲话中，首先回顾了北大48年的历史，缅怀了蔡元培校长的办学方针和业绩，表示要继承蔡元培制订的“思想自由、兼容并包”的办学方针，努力把北大办成一个在学术上、研究上、思想上有贡献的一流大学，使它成为全国最高的学术研究机关。为了实现这一目标，他要求每个学生都要做一个独立研究、独立思想的人。
他说：“自由是不受外面势力的限制和压迫的，这一向是北大的精神，我们要发扬这一精神，但学校不能给你们独立，独立是你们自己的事……我是一个没有党派的人，我希望学校里没有党派活动，即使有，也如同各种不同的宗教思想一样，不要干扰学校……党派不要在北大活动，不要毁了北大，毁了这一个再过多少年都不容易重建的学术机关。”
很明显他是既反对国民党当局在校内设立区党部，干预北大校政，也反对其他政党像在西南联大那样搞学生运动。
讲话的最后，他言道：“我送给大家两句话。一句是‘善未易明，理未易察‘，一句是‘兼听则明，偏信则愚’。
胡适当校长非常民主，“他的办公室，采公开政策，教授随时可以进去，不必有预约。凡是进去的人，工友照例倒一杯茶，送上热手巾，然后随便谈天”。
他常对人说，蔡元培任北大校长期间，修建了红楼。蒋梦麟任北大校长期间，修建了图书馆。他在任期间也要为北大修建一座值得纪念的建筑——一座礼堂。后来胡适正式提出此议，并与建筑学家梁思成商谈，积极为此事筹措经费。可惜由于局势动荡，这个想法未能实现。
当了校长之后，仍念念不忘《水经注》各种版本的收集，因为他自己的宣传、加上朋友的帮助，不久，他便在在北平收集到20种《水经注》本子。此外，还抽空到藏书家傅增湘处借阅《水经注》。
他到南京参加会议会或出差。总要到中央图书馆、江苏省立国学图书馆查阅《水经注》。在收集和翻阅了很多《水经注》之后，开始对各本进行校对比勘。到1947年2月18日，写出了《水经注〉本子简目》，其收集、过目的《水经注》本子已经有60种之多。
当然，这为后话。
开学不久，五四运动的学生领袖之一的许德珩教授，便几次在课堂上大声疾呼：“我是蔡元培的学生，坚决保卫北大思想自由、兼容并包的方针；我是五四运动的参加者，我继续高举民主、科学的大旗，反对蒋介石国民党的独裁、内战。”
法学院院长周炳琳和政治系主任钱端升等也多次发声，鼓励师生高举“五四”民主、科学大旗，坚持北大的光荣传统，捍卫自由民主。
为了回应师生们的要求，胡适重申，在他任内，允许校内的讲课、选课自由，师生在校内有言论、结社、出版的自由，学校不予干涉。
这个许诺得到了实现。教授有讲课自由，学生有选课自由、旁听的自由，课堂对外开放，允许校外人士旁听。许德珩教授开马克思主义社会学，樊弘教授开《资本论》，吴恩裕教授开《宣言》。北大校园里顿时呈现出当年新文化运动、五四运动的情景。
学生进步社团纷纷建立，仅在沙滩文、理、法学院就建立了30多个，会员有近千人。学生自治会由学生竞选产生，自行决定一切活动，北大当局不予干涉，社团、自治会可自由出版壁报刊物。校园成了自由读书，自由讨论各种学术、政治观点的场所，呈现出追求民主、探讨真理的欣欣向荣景象。
胡适就任北大校长三个多月时，就发生了极为棘手的事情。
1946年12月24日，北大先修班女生沈崇被美国大兵侮辱，引起国人的愤怒。12月30日，全北平大中学校1万多学生举行了罢课、游行，高喊“严惩美军凶手”，“驻华美军滚出中国去”。之后，全国各大城市纷纷声援。
当时胡适在南京参加国民大会，由于没有意识到问题的严重性，直到12月30日才回到北平。
北平记者问胡适对美军强奸女生的看法，胡适表示，自己和北大的教授、学生一样，非常愤慨。学生的集会游行抗议都无不可，但是罢课还是有欠妥当。记者又问，学生提出美军退出中国，胡校长同意吗?胡适回答，此次不幸事件为一法律问题，而美军退出中国则为政治问题，不能混为一谈。胡适回北平后，一方面尽力安抚学生，劝说他们不要上街游行，一方面安排聘请赵凤阶、燕树棠等人作为沈崇的法律顾问，进行援助。胡适在接受记者采访时称，我相信会有公正的判决。
1947年1月美军军事法庭审判此案时，胡适不顾教育部长朱家骅的劝阻，出席审判会。当军事法庭在强有力的证词证据面前不得不宣判皮尔逊犯了“强奸罪”时，胡适同在场的人握手祝贺。后来，美国海军部取消皮尔逊的强奸罪，胡适表示很失望。
由于历史原因，当时北大学生生活分为两种情况：原在西南联大复员到北大的同学，继续享受“贷金”（称贷金，贷而不还，实际上是发的伙食费），这一部分同学的食堂吃的较好，主食吃大米、白面。原在北平读书，由临时大学分配到北大的同学，生活清苦，没有“贷金”待遇，交不起昂贵的伙食费，大多在贫寒食堂吃饭，天天吃窝窝头。
有些别有用心的人，借机散布诽言，分裂同学，制造“黄白矛盾”。对此，原西南联大的同学推出胡邦定为代表，主动团结原临时大学的同学，共同组成代表团，在1946年10月中旬向胡适请愿。陈述原临大的同学生活清苦，要求北大对同学同等待遇，凡是北大同学都享受“贷金”。
胡适静听了代表的陈述，对代表们说：“你们说的意见我都听明白了。这件事不能由我一个作主，要同北大有关的负责人一起商量。涉及经费问题，还要和教育部沟通，取得他们的同意。你们先等一等，有了决定我就通知你们。”
不到一个月，11月中旬，学校通知：凡北大同学都可申请“贷金”。问题得到圆满解决。这不仅解决了同学的困难，更增强了这两部分同学的团结。
1947年初，国民党改组政府，蒋介石有意让胡适出任国民政府委员考试院院长，先后让傅斯年、王世杰劝说胡适。
胡适在给傅斯年的信中说，自己如果出来当官，“结果是毁了我三十年养成的独立地位，而完全不能有所作为。结果是连我们说公平话的地位也取消了。”那样就“成了政府的尾巴”。
他在给王世杰的回信中也说，自己坚辞不就的“理由无他，仍是要请政府为国家留一两个独立说话的人，在要紧关头究竟有点用处。我绝不是爱惜羽毛的人，前次做外交官，此次出席国大，都可证明。但我不愿意放弃我独来独往的自由。”
胡适还表示不愿在此时放弃北大，他说：“我愿意做五年或十年的北大校长，使学校有点成效，然后放手。此时放手，实无以对北大同仁，亦对不住自己总而言之，我请求蒋先生容许我留在此地为国家做点有用的事情。
1947年3月6日，胡适飞到上海，参加协和医学院董事会，并忙中偷闲，借阅了商务印书馆藏杨守敬、熊会贞的《水经注疏》。
3月13日，胡适又到达南京。当天晚上，蒋介石请胡适吃饭，胡适说明自己不想当官的理由，希望蒋介石不要逼他加入政府。
蒋介石最后说，国家不到万不得已的时候，我决不会勉强你。胡适听了，很高兴，总算松了口气，出来之后对傅斯年说：“放学了！”
实际上蒋介石并未完全放弃，此事到此并未结束。当时北大的教授也不希望胡适离开北大从政，或者以北大校长兼任国府委员。
汤用彤、饶毓泰、郑天挺联名致电教育部部长朱家骅，认为“北大方始复员，适之先生万不能中途离校”。如果兼任国府委员，“不惟妨碍北大前途，又与大学组织法不合”。三位教授还强调了胡适留任北大校长对于稳定大局的作用：“今日大局不安，教育界往往为不安之主因，适之先生在北大，对整个教育界之安定力量异常重大。”
最后经朱家骅、王世杰、傅斯年等人说情，蒋介石才作罢。4月18日，蒋介石在给胡适的电报中说：“不克延致，殊为耿耿。若有两全之道，则必借重以慰群望也。”