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1801年，朝鲜正主忽然驾崩，幼子继位，真存王妃垂帘听政，为了巩固势力，对天主教派及其相关人士进行残酷镇压，史称心有邪谕，这其中就包括了丁家三兄弟。
三人都是当世大儒，深得先王器重。如今时局逆转，原先备受推崇的西学被王朝认为是邪术，遭到贬压，老大因此丧命，老三被发配到康金县，老二丁若权被发配到黑山岛。
黑山岛以黑山之名，幽深恐怖，不过这里的海域倒是鱼类种类多，味道极鲜。岛上居民以捕鱼为生，本可衣食无忧，安得自在。可王朝末世，腐败丛生，苛捐杂税不计其数，居民生活因此万分艰苦。丁若权乘舟而来，岛上官员官员亲自迎接，并向大家介绍了这位“邪学罪人”，还告诫大家别想对他好。
不过岛上居民都很和善，虽然穷，但也都愿意凑粮食供养这位儒士。可居嫂还让若权住进了她家，她丈夫早逝，留下不少田地和房屋。
对于官员的告诫，可居嫂自有她的道理：“他对国家是罪人，来了我家就是客人。”
可居嫂为若权端来斑鹞刺身，若权尝了一块，鲜美异常，很独特的味道。
鱼是大昌送给他的，大昌好学读书，常常手不释卷，所学核心皆是儒家思想。话说当时中国的儒学随汉字传入朝鲜半岛，在当地形成了新的儒权体系性理学。大昌正是性理学的坚决拥护者，他觉得丁若权是邪学罪人，是需要被消灭的。若权深知他无法立刻改变一个人的思想，心下怅然，郁郁难解，便独坐饮酒。
正值中秋夜，月成明。汲案清辉，若权问可居嫂：“你也觉得我是个邪学罪人，不易相处，面目可真吗？”可居嫂说：“不是，您长得很帅气。”说完害羞的跑开了。
若权欣慰一笑，对着月亮随口吟道：“北风驱我来，行行遇海止。我兄风力猛，乃入苍溟里，留妻作寡妇，别儿为孤子。方其入海时，旷然若自喜。”须臾之后，若权酒醉，只觉胸中浪潮翻涌，摇晃着坠入水中。
幸好大昌来海边捕鱼，救下他。此事之后，若权的心性便有了滞碍，他一直不吃不喝大昌送来的章鱼和鲍鱼，可居嫂给他做了章鱼鲍鱼汤，让他只吃三口续命而已。若权吃了三口，觉得汤鲜味美，可口非常，这一吃便停不下来了，他感慨道，“新鲜的章鱼竟然会有如此味道。”
鲍鱼也丝滑入口，若权仿佛活了过来，真可谓“日啖愁鱼三百条，不辞常作海边人。”
这天，大昌急匆匆的跑到海边，路过可居嫂住宿时，若权问道：“你读书是为了什么？思考科举还是谋得官职？”
大昌说：“我想活的像个人，您陷入邪学，被发配到这里，还不是因为您学错了性理学？”
若权有些生气，这孩子真是读书读傻了。回到家，大昌开始研读大学，“大学之道在明明德，在亲民，在止于至善。”他对照注视，但还是无法明白其中争议。忽听外面传来哭喊声，一个官员要抢走村民的铁锅鼎碎。面对如此暴行，大昌只能把满腔怨恨都挥卸在了圣贤书上。
看到下属收上来的东西，官员气急败坏，这些东西如何填补他买官的本钱？如何打点关系呢？面对苛捐杂税，百姓苦不堪言，就算人死了都还要收人头税。
大昌愤怒的说：“这都是人们不遵从性理学所导致的。”
他跑到官员府衙，慷慨陈词，大讲道理。官员大怒，拉下去打，打完又把他关了起来。得知此事，若权找到官员，说到认识上级官员只需要一封信，他就很有希望高升。关于这一点，官员从不怀疑，就算被贬，若权在朝廷里也有很多关系，他立刻换了一副嘴脸。
对于若权言听计从，大昌被放了出来，他带着鱼登门道谢。若权误认为是斑鳐，大昌解释说：“这是黄鲷鱼，在常人眼里一模一样的两种鱼。”
大昌却说出了很多细节上的差别，而且大昌对很多鱼的骨架构造都一清二楚。若权惊讶道：“你对鱼怎么会有这么深的了解？”
大昌说：“了解鱼才能抓鱼啊。斑鳐走的路，斑鳐之道，黄雕鱼走的路，黄雕鱼之道。”
若权忽然灵光一闪，西学的方法实践论和性理学的本性光明之说渐渐在他脑海里重合。
理性永远都是灰色的，只有实践才是真理，各种各样的海洋生物也是了不起的知识。若权有了编写鱼谱的构思，正思索时，弟弟的学生李光海来访，还带了一本牧民新书，希望若权可以批评指正。
若权明白弟弟学的是辅佐王权的自世之道，他在回信中说：“以后我要研究愚且愚朴，我已经学习了性理学，老子、庄子、西学就是想知道人究竟要何去何从，可我领悟到的居然还没有这小子对鱼的了解多。所以我不再研究善变难懂的人类，而是要去研究通透宁静的事物，追求世事悠悠未取殃居民，真义两相忘的境界。
他把这个想法说与大昌，从现在起，他想了解各种各样的鱼类，然后写鱼谱。大昌问他“写这种书做什么？”若权道：“你不是说斑鳐走的路，斑鳐知道吗？我想让更多人知道，这样就能给渔业做出贡献。”
可大昌学固执的认为帮助大逆罪人是不忠的行为。若权觉得这不是帮助，而是知识的交换。大昌拿来大学让若权解释一下。开篇几句，若权说：“大学的真谛在于显明我们自身本有的光明德行，在于亲近民众，在于回归圆满的本性。”
困扰许久的疑惑终于得到了解惑。大昌颇具好学之心，主动磕头拜师。若权从论语开始讲起。大昌一边读书，一边给老师讲解鱼类知识。若权不仅给那些只有别称没有学名的语重新命名。还打破龟是吃一些渔民不敢吃的鱼，他如饥似渴，不耻下问。事无巨细的记录着。
弟弟的学生李光海再次来到岛上，一见面他就直言道，“这位就是您在信里提到的贱民学生啊？”
大昌感觉受到了屈辱。吃饭时，李光海忽然问，“你会写诗吗？”
若权随口说道，“他还在读四书五经呢。”大昌顿觉泄气，再怎么努力读书，也改变不了自己贱民的身份。对于若权要写的书，大昌还是不解，所谓的书不应该跟论语、孟子一样，引导人们走向那条不得不走的路吗？说白了，其实就是思想的引导。
可若权却说，“去抓条丑鱼来，超过200斤的那种。”
大昌很生气，在你眼里我只是抓鱼的吗？看来还是要会读书写字才能活得像个人，会写诗才能受到尊重。若权看着他说，“你有了二心，总以为读书多就能很多诗，但其实只有修养自身，看清世界，才能写得了诗。就因为有你这种人，性理学才会变成如今这般模样。正所谓不愤不悱，不起不发。当王权和儒学合体，所谓的求善就变成了虚伪，只有转向求实，国家才能有所进步。”
大昌不明白，也不服气，直到有一天，他无意中捡到了一个地球仪。若权解释说：“在你死背四书三经的时候，人家不一定有研究出了什么，又明白了什么，你不觉得可怕吗？洋人明知地圆，却仍信天主，而我用性理学接受了西方的几何学和数理学。你聪明的脑袋有没有想过学点别的？真正的学问不应该是相冲的，固守己见，盲目恐惧才是学习的大忌。”
这一番话犹如醍醐灌顶，大昌似乎顿悟了，他看到了大海广阔，游于自在，天地无垠，群星灿烂，人生于其中是何等的渺小，宛若蜉蝣寄于天地，又如一束浮于沧海。世间万事万物之真理，又岂是一门学问就可以涵盖得了他？大昌想起了那个地球仪，想到了大海的另一边，胸中不禁升起一股对自由的渴望。他与若干年后大海另一边的一个老人产生了跨越时空的灵魂共振。
大昌想起了先生的话，去抓一条200斤的大鱼，鱼太大了，大到他这条小船根本无法承受，可他没有放弃与大鱼搏斗厮杀。大昌比那个老人幸运，他抓到了大鱼，做到了。他自己想都不敢想的是，这种狂喜是性理学的，书本里不曾有他。大昌开始接受西学，还向村民们传道。村民觉得这些知识虽然不能应付科举考试，但却是新鲜有用。
他于是便请若权先生开私塾授课，在孩子们那里，大昌终于得到了想要的尊重。一段时间后，若权和可菊嫂也结为夫妻，很快两人就有了一个孩子。大昌学有所成，若权便差得去拜访弟弟。在给弟弟的信，若权对大昌不吝夸赞。寺庙中，李光海与大昌相约对诗，几个回合下来，大昌对答如流，而且意韵遣辞都稳压李光海一筹。李光海败下镇来，大昌一雪前耻。
回去后，大昌问若权：“先生，为什么您不写点别的书呢？你弟弟不仅写实地调查，还写兵书、礼法，甚至写关于周易的书，已经有200多卷了。”
若权道：“这就是我与弟弟的不同。我所希望的是没有贵族，没有平民，没有嫡子，没有庶子，没有主人，没有奴婢，也不需要王的世道，所以我怎么能写这种书呢？不管是西学还是性理学，只要是好学问，都可以拿来用。我通过性理学接受了天主学，但这个国家却连我一个人都没有接受，那这个国家的性理学是为了谁呢？”
大昌还是无法接受这些理论，没有王的国家，他连想都不敢想。
不久后，兄弟俩的发配终于解除了，若权决定去牛尔岛继续写作，他想让大昌陪他一起去，帮他完成鱼谱。可第二天，大昌起来向他告别，他解释说：“如果再跟先生一样有错误想法的人一起的话，我的前路也会有危险。比起渔夫，我更想进入王的怀抱，这样才能为百姓着想。”若权苦笑，师徒最终还是选择了不同的路。
很快，若权就带着夫人和孩子去了牛儿岛，大昌则回到了陆地。
高中进士一时间春风得意，踌躇满志。他摩拳擦掌，准备按照牧民新书进行改革。可成为县官之后，他才发现衙钱小力对待百姓就像猪狗，各种压榨奴役、贪污腐败、权钱勾结更是让他触目惊心。
那天晚上，大昌庆纵官僚吃饭，想要和他们宣扬自己的牧民思想，却反被官员们上了一课，大昌愤然离席。
出来后，一个男人带了妻儿来衙门理论，因为官府竟然给刚出生三天的婴儿安上了税费，那名官员不仅不通融，还让他们拿牛抵税。大昌心里有一股深深的不安，他上前理论：“为什么要收死人和婴儿的税呢？”
可上级自有道理，如今最重要的就是账簿上的数字，第二天，交不起赋税的男人被逼无奈，只能铤而走险。
在衙门挥刀自宫，生了孩子就要交税，那他干脆不做男人了。妻子想要讨个公道，却被官员殴打。大昌实在忍不了了，冲上去死死掐住官员的脖子。他恨自己没办法，凭借一己之力变法改革。事后，大昌被革职发配原吉。
此时的若权积劳成疾，虽咳嗽不止，但依然笔根不辍。他渐渐发现，世间万物本事异理，很多学问的尽头都是相通的，海洋生物知识里也藏有大道。若权强撑着写完鱼谱，笔还未落，便溘然长逝。
不久后，大昌带着家人来到牛儿岛，眼前所见已逝满目，先生已经故去，只留下芝山鱼谱鱼一本书，序言中提到了大昌为这本书所做的贡献，信中更是字字不离大昌。
“大昌，我很害怕黑山这个地方，但遇见你之后，这种害怕便消失了。你让我重新找回了失去的好奇心。多亏了你在这死气沉沉的黑山上发现了充满活力的生命之光。
大昌如鹤一般，火热固然很好，但也要像芝山一样，就算沾满了淤泥和污水，也能来者不拒，当一个通透的无名之人。
“有朋之远方来不亦乐乎”以及大学之道在民明，明德在亲民，在止于至善。
丁氏有三兄弟，苏轼也有三兄弟。丁若权，一个因为被流放而悟道的政治人物，在贫苦的生活条件下，其百姓之苦与万物共生，这种坦荡豁达的士大夫精神，不就是苏轼笔下的竹杖芒鞋亲生马，一蓑烟雨任凭生马？
反观我们的历史，有太多这样的人物故事，但习惯了快餐的我们却正在离他们越来越远。虽然说明不了什么，可要形成燎原之势，总要有先烧起来的地方，如果遍地都是潮湿的水货，如何燎原？