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菜恩镇是富人区，遍布着昂贵的小时装店、咖啡馆和餐馆，看上去古雅而又宁静。邵子平家在天惠教堂街上，是栋白色的木头和石材混合结构的三层小楼。
邵子平将张纯如介绍给了妻子和孩子，还借给了张纯如一辆别克，这样张纯如每天就可以开车去耶鲁查资料了。
第二天早上，张纯如来到了耶鲁大学。她穿过图书馆，绕过圆形中央大厅，来到了档案馆。空荡荡的档案馆里，只有张纯如的脚步声在回响。突然间，张纯如停住了脚步，像是发现了什么似的。她扭头看向图书架子上整整齐齐的资料，随后迈步走了过去。
不知道怎么回事，这只是一个普通的镜头，但现场的观众却有一种宿命相逢的感觉。在场的华人和中国人的这种感觉更加强烈，他们知道张纯如在读了《魏特琳日记》后，便将魏特琳视为偶像，而最终她也像魏特琳那样选择了自杀。
张纯如站在图书架子前，抽出了一本厚厚的资料，然后缓缓打开。张纯如翻书的动作很慢，仿佛手里的资料有千钧重。在场所有人都知道这即将打开的不是一本书，而是一段沉重的历史。
就在张纯如翻开日记的瞬间，镜头切换，艾米-亚当斯扮演的魏特琳出现在镜头中。她坐在桌前，不断敲击着打字机。与此同时，魏特琳的声音响起：“11月21日，星期天。昨晚，玛丽-特威纳姆大约在午夜把我们送回来。我永远也不会忘记这一经历。我们发现伤员们一群一群地聚集在火车站的各个地方，也许有200人，但我不能肯定……”
镜头切换，拉贝同样坐在打字去前，敲击着键盘：“我想要一个汽车特别通行证，以便在第二次警报拉响后……”
就在此时，此时呜呜的防空警报响起。拉贝写日记的时候是晚上，房间里还亮着灯。不过镜头切到空中时，却是碧空万里的大白天。此时苏联援华抗日航空志愿队六架战斗机正与日军六架战斗机展开激战，这也是苏联志愿空军抵达中国后的第一战。
斯科塞斯突然笑了起来，这部电影有三条主线，三个主角，而这个三个主角又并不在相同的时空里，电影会在三个人物之间不断的切换，如何平稳的转场，如何流畅的叙事，对任何一个导演来说都会是一个考验。
镜头切到拉贝别墅，拉贝站在窗口，拿着望远镜观看空中的战况。镜头切到空中，双方的激战还在继续。镜头切到金女大，魏特琳也正仰头观看天空的激战，而旁边的程瑞芳则对着日军飞机不住咒骂。镜头切回到空中，一架苏军的伊16战斗机起火坠落，很快一架日军的九六战斗机冒着黑烟坠毁在南面，随后日军飞机撤退。
镜头切回到拉贝别墅，拉贝穿上大衣，让秘书韩湘琳准备车。韩湘琳提醒道：“拉贝先生，现在太危险了。”拉贝坚持道：“今天要讨论成立安全区的事，我必须去。”韩湘琳马上道：“好的，我马上去准备。”
汽车开进金陵大学，拉贝和韩湘琳从车上下来，迈步向校董会议厅走去。房间里已经坐着十多个外国人了，他们见到拉贝进来，便纷纷跟他打招呼。很快，椭圆形的办公桌周围了人，有美国人、英国人、丹麦人，也有德国人。
金陵大学校董会董事长杭立武站起来，用流利的英语道：“今天，我们聚集在这里，是征询各位的意见，能否充当南京市民的保护人？目前的局势诸位都很清楚，南京陷落已不可避免，魔都的雅坎诺神父已为我们作出了榜样。”他扬扬手中的报纸，接着道：“我们能否仿照魔都的经验，成立一个安全区呢？”
这个建议很快获得了一致通过，他们决定仿照魔都难民区的先例，成立一个国际救济机构。他们给这一组织起了一个全球性的名称——南京安全区国际委员会，希望在最危急的时候，让难民有一个躲避的场所能避免日军的轰炸和炮击。
在讨论委员会成员时，有人推举拉贝出任国际委员会主席，并得到了大家一致的赞同。拉贝连忙摆手，推迟道：“这个责任重大，我恐怕难以胜任如此重要的职位。”
现场众人纷纷劝道：“你是德国人，有望更好地同东瀛人打交道。”
“东瀛和德国是盟国，由你出面事情要好办些。”
“你在中国30年，有能力，有经验，完全能胜任这职务。”
“拉贝先生，你是再合适不过的主席人选。”杭立武也劝道，“马吉牧师正在筹备国际红十字会南京分会，他会紧密配合安全区国际委员会的工作的。”
拉贝没有再推迟，站起来，充满激情地道：“德国和东瀛是盟国，我作为德国人，与东瀛交涉，有一定的优势。我20多岁就来到了中国，我一生中最美好的青年时代都在这个国家偷快度过，我的儿孙都出生在这里，我的事业在这里得到了成功，我始终得到了中国人的厚待。我将竭尽全力，不负诸位的厚望。”他的演说，赢得了全体与会人员的热烈掌声。
换面切换，出现在镜头中的是一幅1937年的南京地图。在地图的中心出现了一个红色十字，随即一条红线以红十字为中心，沿着四周的街道游走，勾画出一个六边形，这就是南京安全区。界内共分设交通部大厦、五台山小学、汉中路小学等25个难民收容所。
在红线游走的同时，镜头叠化，安全区的四周屋顶插上了红十字会会旗，难民们向潮水般涌进安全区。随后地图消失，出现在观众面前的是金女大校门口。
在金女大校门前，站着数千从周边城市逃过来的难民，扶老携幼，神情惊慌而又恐惧。魏特琳和程瑞芳站在在大门外让难民以家庭为单位有序地进来，学校的工人负责引导。魏特琳的中文老师王耀庭的三个孩子，以及程瑞芳的孙子都只有几岁，但也都过来帮忙。他们都带着安全区的袖标，这非常重要。
这些难民很多都是全家一起逃过来的，但金女大是女校，只接受妇女和儿童。很多难民不愿意和家人分开，就哀求魏特琳放他们一家进去。一个十五六岁的年轻姑娘，苦苦哀求道：“求你让我们进去吧，我爸爸生病了，我不能把他扔下不管啊！”
魏特琳为难地道：“我们是女子学院，只向妇女和儿童开放，接纳男人们来住不合适。”她看着女孩温和地道：“如果你要照看爸爸，那就去其他安置点吧，安全区有很多安置点，可以接纳一家人，也不远的！”
有人问道：“哪里有能够接纳全家的难民营？”
魏特琳回答道：“五台山小学、汉口路小学、交通部、南京大学图书馆，有20多个呢，除了南京大学宿舍楼，其他难民点都接纳男人。”
年轻女孩向魏特琳道了声谢，带着父亲走了。妇女和儿童继续往难民营里走。不过魏特琳她们很快又拦住了一个女人，她带了一个十多岁的男孩。妇女见魏特琳她们不让进，就道：“我儿子只是长得比较高，他实际上只有十三岁！”
魏特琳就道：“可是他看起来已经像是成年人了，这真的不合适。”
妇女哀求道：“你就行行好，让我们进去吧！”
程瑞芳看了看妇女，又看看看她的儿子，皱了皱眉，提高嗓门道：“金女大没有接纳我们任何人的义务，可东洋鬼子要来了，它为我们提供了庇护所，但也请你们体谅学校的难处。这是女校，收容男性不合适！”
镜头切换到神学院后的小山上，拉贝和参谋部的龙应钦上校和周上校发生了冲突。现在安全区已经启动，并开始接受难民了。但就在这时拉贝和施佩林发现国军没有按约定从安全区撤出来，而且重新布置了工事和高射炮阵地。拉贝他们要求部队和军事设施从安全区撤出，否则日军进行轰炸，会造成大量的伤亡。
在争吵的过程中，日军的轰炸机过来轰炸，而就在离拉贝他们不远的高射炮阵地猛烈开火射击。这无疑加剧了拉贝的担心，一旦日军发现安全区有高射炮阵地，过来轰炸，那么对安全区的难民来说，无疑是一场大屠杀。
拉贝与龙少校争吵后，决定去找唐生智，让他解决来这个问题。
汽车开到半路上，一辆运粮卡车呼啸而至。拉贝看到是韩湘琳在开车，就问是怎么回事。韩湘琳告诉他，刚才他们遭到了轰炸，司机一只眼睛被弹片炸瞎了。拉贝见司机满脸是血，当即对韩湘琳说，你把粮食运回去，我们送他去鼓楼医院，让委员会负责照料他。
等受伤的司机上车后，汽车便飞驰电掣般向鼓楼医院而去。随后镜头切换，汽车在一栋三层的白色小楼前停下，张纯如从车上下来，抱着一个大纸箱向房门走去。这是邵子平博士的家，时间回到了1995年。
邵子平的妻子见张纯如情绪不对，就问她怎么了。张纯如告诉邵子平的妻子，自己在耶鲁档案馆找到了魏特琳写的日记，魏特琳在南京期间保护了上万妇女和儿童。她说自己读了魏特琳日记，但里面的内容太让人心碎了。说到这里张纯如控制不住情绪，失声哭了起来。
张纯如一哭，银幕前的华人以及中国人眼眶也都湿润了，大家知道张纯如为什么会哭。但在场的外国嘉宾和记者则没什么反应，他们中的一些人甚至觉得奇怪，张纯如到底看到了什么，为什么会哭成这样？
镜头切到戴维-马吉的家，戴维-马吉告诉张纯如，他父亲正是在南京期间，心理受到了眼中的创伤，导致了他过早死亡。说完之后，戴维-马吉开始为张纯如播放他父亲当年拍摄的影片。
出现在观众眼前的是一段南京城的大全景，在镜头的远处，漂浮在空中的浓烟告诉所有人，这是一座战火中的城市；随后画面渐渐有了色彩。张然通过两段完全相同的影像完成了转场，从戴维-马吉家转到了南京城；时间也成1995年回到了1937年。