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在这种危机时刻，天皇芳朗不得不放弃先前制定的一号作战计划，转而决定进行极度疯狂的二号作战计划。而二号作战计划的核心就是将联军死死的吸引在东京地区天皇宫20公里范围以内的核心区域，利用那颗即将完成的原子弹强大破坏力，将入侵的联军主力全部化为灰烬。
同时为了防止残存的联军从海上逃跑，当炸弹启动后，隐藏在水下的潜艇部队将借此混乱之机，对港口内停靠的联军登陆艇和运输舰进行自杀式攻击。就算不能将这些船只全部击沉，只要能耽误一下时间，那么资料中提到的所谓核辐射也足够让那些没有任何防护的联军士兵都去见上帝了。
只不过人算不如天算，原本计划周密的行动却因为李峰在资料中预先隐藏的病毒而功亏一篑。为了吸引三国联军皇宫被摧毁后天皇芳朗亲自驾驶着一台红色鬼王机甲加入了战斗，凭借着特制机甲的强悍性能干掉不少联军士兵，甚至还用其特有双联装防空飞弹击落了两架盟军的维和轰炸机。不过如此招风的目标，自然是遭到了联军的重点关照对象了。
但是也正因为如此，使得核爆东京的计划被提前启动了。只不过意外的是，袭击港口的迷你潜艇部队并没有完成它们的任务。港口中意外出现的华国反潜驱逐舰让这次奇袭前功尽弃。虽然在对方自杀式的冲击下，击沉了几艘运输舰和十几艘登陆艇。但这些对于港口内停靠的庞大运输船队比起来，完全是是九牛一毛的损失。对于阻止联军的撤退毫无任何意义可言。
而此刻在损失了将近一百多万台爆裂机器人后{这东西早就上黑名单了,根本就是强侦啊！}，天皇芳朗终于得到了港口的战况，只不过让其揪心的是港口内的联军的损失连计划中要求的百分之十还没有达到。
在这种情况下，天皇同学为了尽可能的挽留三国联军，只好命令在包围圈外的旭日帝国部队停止对皇宫方向的反攻。全部掉转方向进攻港口，如有机会一定要尽可能的摧毁港内一切运输舰艇。即使无法攻破也要给我在中间死守半个小时，绝对不能让城里的联军与港口内的敌人会合。
结果外围的一百多万旭日帝国大军，在接到命令之后就不顾伤亡的冲向了华国所守卫的港口。这些部队先是被外围部署的各种地雷炸弹蹦的死去活来，随后又遭到了港口内的大量远程武器一阵密集的轰炸。还没靠近第一道防线，进攻部队就损失了将近三分之一。
随后的阵地攻坚战更是被部署在上面密集的防御武器打的惨兮兮的，在40万克隆人守军与联军留守部队的紧密配合下，一度将旭日帝国进攻部队打的全线崩盘。不过问题是这一百多万旭日帝国部队中绝大多数都是仿生人，怎么可能如此轻易的就被打败呢！很快对方就凭借兵力上的优势再次杀了回来，而天皇芳朗同学为了尽快拿下港口拉更多的联军做垫背的，自然是将所有掩藏的力量全部派了过来。
天空中突然出现的三台超级要塞让港口的守军措手不及，在加上跟随而来的大量火箭天使，第一道防线几乎没费什么劲就被彻底毁灭了。不过当这些要塞遭遇了航母上紧急起飞的一个联队神罚战机时，情况就发生了根本性的逆转。保卫要塞的火箭天使无法对空中单位使用它们赖皮一般的瘫痪束缚鞭。而其火箭发射巢发射的光子火箭对于拥有变态防御的神罚战斗机来说很难构成实质性威胁。结果一边倒的大屠杀再次上演，大量的火箭天使就这样毫无悬念的被战机上的55毫米机关炮打的血肉横飞四分五裂，一朵朵血雾仿佛鲜花一般不断在天空绽放，场面极其血腥残忍。
三座超级要塞为了避免被摧毁，不得不改变模式回到了海中。而水上模式的超级要塞反倒是发挥了奇效。几架神罚战机在毫无准备的情况下被要塞上突然发射的大量VX脉冲导弹炸成了渣渣{有目标引导器，能够跟踪到死的导弹伤不起啊！}。而要塞上装备的四门四联装白田350能量舰炮使用那极其变态高能离子燃烧弹{弹着点温度达6000摄氏度，可以击穿任何装甲，变态的攻击力有没有}对陆上的防御部队进行疯狂的收割。
赶过来的联军舰队也被这些能够自动跟踪的导弹和极度变态的能量舰炮虐的死去活来。在付出了一艘盟军航母，三艘无畏巡洋舰，七艘各型驱逐舰{包括三艘突击驱逐舰}，两艘阿库拉潜艇以及25架各型战机{两架世纪轰炸机，十九架维护者轰炸机，四架神罚战机}的惨重代价下，才将这三座要塞炸成了一堆废铜烂铁。也正是此战的胜利成为了港口保卫战的转折点，使得双方的攻守关系迅速转换。在接下来的时间里，依靠着联军舰队强大的火力掩护，克隆人军团在付出了极大的代价下，终于解决了这支敌军力量。
而在旭日帝国主力部队正在与港口的驻军激烈交战时，皇宫那头的战斗已经有了结果。命运有些时候就是那么巧合，为了帝国的天命甘当诱饵牺牲自我的天皇芳朗终于作死成功，被苏军的天启坦克阴险的电磁拖叉碾压成了碎片。而此时距离核爆的时间只有不到10分钟了。
不过此刻的联军还蒙在鼓里，要不是天皇芳朗死亡激活了隐藏的病毒程序，恐怕参加这次战斗的堡垒国防军也会跟着苏联和盟军一起遭殃。只用了不到五分钟，旭日帝国的两台最强大的中央主机就已经被完全控制。紧接着关闭的传输装置以及卫星也在一分钟之内重新启动。直到爆炸仅剩下不到4分钟的时候，李峰才得到了旭日帝国核爆东京的坑爹计划。只不过这时留给自己反应时间已经不多了。在从最初的惊讶彷徨中反应过来后，李峰下达的第一道命令就是撤退！使用一切手段离开爆炸核心地区。
当二号得知这一消息后也是异常惊讶，不过由于时间太紧在加上死道友不死贫道的思想作祟，根本就没有通知还蒙在鼓里的盟军和苏联军队。而且对于自己的队友也是区别对待，国防军自然是用超时空传送装置直接传回堡垒，而自己的直属部队克隆人军团只能尽快穿上紧急传送过来的三防服。而中共的军队就有点坑了，他们只是被告知部队必须尽最大的可能向港口方向靠拢。不过四分钟再快又能跑的了多远呢！
由于炸弹的爆炸设定是单项的，所以一旦启动就无法阻断，即使控制了帝国的中枢中央电脑也无济于事。不过炸弹的爆炸位置以及爆炸范围已被探明，为此李峰决定进行最后一搏。使用旭日帝国仅剩的一座纳米蜂箱发射纳米虫群屏障将爆炸隔离，可惜最后还是未能阻止联军大范围的伤亡。虽然屏障减小了爆炸的威力，阻止了冲击波的蔓延，可是面对恐怖的核辐射与随风飘散的的放射性尘埃，明显李峰做得还是远远不够的。
不过唯一幸运的是严密的海上封锁导致了制造核弹的铀矿石严重不足，而旭日帝国本土又没有铀矿可以开采。所以核弹的爆炸威力并不大只有10万吨当量。而爆炸最终也只造成了5平方公里的城区遭到毁灭性破坏，而这点范围和整个东京2000多平方公里的面积比起来根本就不算什么。
那些不知道核爆的友军自不必说了，除了一部分负责押送俘虏的联军乘坐直升机及时的赶在爆炸之前到达横滨，其余在爆炸核心附近的部队大都葬身于此了。巨大的爆炸瞬产生的高温一下子就将他们彻底蒸发干净了，一点痛苦都没有。反倒是那些处在爆炸核心外围的部队，虽然一部分侥幸活了下来。不过由于接触辐射尘埃太久，已经没有治疗的意义了，他们反倒是在痛苦和折磨中走完了短暂的一生。
两支联军的指挥官运气比较好，由于自己身在后方指挥所以并没有赶上这一惊天一爆，不过精神上却暂时出了一点小问题。当最终伤亡统计出来后，结果让人非常震惊！这次爆炸至少造成了15万人的直接死亡，存活的人中大部分又受到辐射的损害，在今后的几个月里又有超过40多万人付出了宝贵的生命。还好李峰资料里传给对方的只是第一代原子弹的资料，要是第二代氢弹的话那光是爆炸后产生的电磁脉冲就够联军部队受的了。
这场爆炸可以说震惊了三国领导人，特别是苏联的查丹科总理更是被吓得不轻。这家伙可太知道画面上传回来的场景是什么东西造成的了。作为现在仅存的历史改写者{一死一失踪}，对于核子武器的招牌画面蘑菇云那是太清楚不过了。
而华国的军队在爆炸4分钟前的意外移动，以及随后派出解救联军的三防部队更是让这只老狐狸嗅到某种不一样的味道。因为这次袭击伤亡最小的就是华国部队{只有不到2万人，苏联8万，盟军5万}。于是基于先入为主的观念，在加上对于核弹恐惧。查丹科总理做出了一件十分错误的决定！
于此同时在朝鲜与华国军队作战的旭日帝国皇太子达郎，在得知东京发生的一切后。强忍着内心悲痛与复仇的渴望，做出了极其明智的决定。那就是投降，彻底投降三国联军。不过他的决定并不能让所有人理解，在冲绳岛与美军鏖战的指挥官长间晋三就是其中之一。他并不赞同达郎的决定，不过冲绳岛上的大势已去，自己也只能坐着迷你潜艇偷偷的返回自己的封地，积聚力量为接下来的战斗坐着准备。而在库页岛与苏军鏖战的天西贤治，得知消息后也偷偷的从前线返回了自己的大本营大阪，并开始整军备战，为接下里可能发生的一切坐着准备。不过这两人还不是最大的麻烦，一位前任火箭天使第一营的指挥官佐藤高良才是联军占领军今后最大的麻烦来源！
查丹科总理在旭日帝国皇太子达郎宣布投降后，就十分迅速的同意了对方的请求。随后的盟军也为了尽快结束战事{实际是伤亡过大，国内反战呼声太严峻}也干脆同意了旭日帝国的请求，在这种情况下华国也只能随波逐流的在停战协议上签了字。
只不过一波为平一波又起，刚解决了旭日帝国这个大麻烦！而我们不甘寂寞的查丹科总理又再次挑起是刚刚平息的战火，发动了前所未有的逆袭！