在军机阁扩编改组的同时，也对梁山军团进行改编，梁山军团之名保持不变，军团长之职仍由卢俊义担任，林冲、鲁智深分任军团总教习及副军团长，吴用任总军师长，增补朱武、朱贵为副总军师长。
而原军团右总军师长公孙胜不愿受俗事牵绊，对于担任任何职务都已厌烦透顶，就找到王伦要辞去军师长之职，王伦拗他不过,也只得同意，只是又请公孙胜如张叔夜一般，挂个军机阁副总顾问的闲职。
这回公孙胜倒是没有拒绝，只是有个条件，便是他要出去云游，等什么时候再次与金国开战，他再回来，这期间任谁也不得前去寻他，王伦实在拿公孙胜没有办法，只好同意,由他任性来去。
梁山军团各部也重新进行整编，军团原来下辖的五军四师，外加新近并入梁山军团的史文恭部中原义军全部重组，混合改编为六大兵团。
第一兵团由原梁山军团林冲所部第一军改编而成，由林冲任兵团长，刘唐为副兵团长，董平为军师长。
第一兵团组建之后，随即渡黄河北上，只因自从金军南下劫掠之后，河北之境已是残破不堪，留下空城无数,第一兵团北上之后便要立即占据沧州，并以沧州为基础，兵锋前指燕州，镇守山东北方门户。
第二兵团由原梁山军团鲁智深所部第三军改编而成，由鲁智深任兵团长，孙立为副兵团长，徐宁为军师
长。
第二兵团组建之后，立即西进，进驻菏泽地区，屯军于黄河两岸，直抵汴梁东部，镇守山东西部门户，一旦中原形势有变，便可择机西向进军应援。
第三兵团由原梁山军团杨志所部第四军改编而成，由杨志任兵团长，呼延灼为副兵团长，关胜为军师长。
第三兵团组建之后，仍然驻军于北京大名府，扼守中原咽喉之地，与林冲第一兵团互呈犄角之势，共抵抗金一线，绝不容失。
第四兵团由原史文恭部中原义军改编而成，由史文恭任兵团长，石秀、秦明为副兵团长，花荣为军师长。
第四兵团组建之后，立即南下进驻琅琊，暂时屯军观望，日后得机便可兵出山东，潜入徐埠之地，监视江南动静，并与淮西王庆部取得联络。
第五兵团由梁山军团第五军，即李俊所部水军改编而成，由李俊任兵团长，张顺为军师长，下辖四大舰队，由费保、倪云、卜青、狄成分任舰队长。
第五兵团组建之后，李俊亲率费保所部舰队进驻宁海州水师防地，收编宁海水师，清剿海陆盗匪，拱卫海防。
张顺率领卜青所部舰队回防大名府，跨永定河建立水寨，与杨志第三兵团形成门户之势，镇守黄河以北水陆要冲。
狄成所部舰队则走海路随史文恭第四兵团南下，游弋于东海之上，从海面方向对第四兵团形成支撑之力。
改编后的五大兵团均为梁山军团野
战部队，而在五大野战兵团之外，再行组建节度府本部近卫兵团，由赵云任兵团长，史进为副兵团长，调原宿卫师扈成为军师长，下辖龙骧、虎贲、朱雀、玄武四个军。
龙骧军由索超任军长，纳牙阿为副军长，铁木华为军师长，下辖前锋、骁骑、玄甲、陷阵四个旅，分别由韩涛、彭玘、邹渊、邹润为旅长。
虎贲军由雷横任军长，李逵为副军长，穆弘为军师长，下辖先登、善扑、锐健、破阵、神锋五个旅，分别由陈达、燕顺、李云、龚旺、丁得孙为旅长。
朱雀军由张清任军长，凌振为副军长，宣赞为军师长，下辖火、云、风、雷四个旅，分别由魏定国、欧鹏、邓飞、杨林为旅长。
玄武军由阮小二为军长，张横为副军长，阮小七为军师长，下辖神威、驱逐、巡卫、陆战四个旅级舰队，分别由阮小五、单廷珪、童威、童猛为旅长。
节度府近卫兵团抽调梁山军团各部精锐组成，总计八万兵力，驻扎节度府本部，由军机阁总部直接指挥，是为梁山军团的中坚力量，其中包含马军、步军、水军、铳炮、战车、攻城等作战部队，可谓兵种丰富，配置齐全。
而在六大兵团之外，直属王伦的宿卫师也进行了改编扩建，由原来的师级建制提升为兵团级，由武松任宿卫兵团兵团长，小舞、小虎为副兵团长，马麟为军师长。
宿卫兵团下辖十四个
旅，共计兵员二万八千人，由焦挺、黄信、鲍旭、杨春、郑天寿、郁保四、解珍、解宝、吕方、郭盛、项充、李兖、孔明、孔亮等十四人分任旅长。
除去六大主力兵团及宿卫兵团，又再建立两支特殊部队，用以执行秘密任务。
第一支特殊部队由一个万人师的兵力组成，以朱仝为统领，朱仝领军长之职，在蒙古乞颜部牧民的引领下，秘密穿过金国之境，潜入漠北草原，藏身于金国背后。
现在金国正在全力准备第二次南下攻宋，暂时无暇北顾，漠北草原上已经出现权力真空，借此大好时机，朱仝率部到达漠北草原后，便要立即全力协助乞颜部首领哈撒儿，一统草原各部，等金军主力南下之时，就从金国背后进行攻击袭扰，使其首尾不能相顾。
而等宣布组建第二支特殊部队之时，王伦便起身走到山河大厅墙壁上悬挂着的巨幅地图前，这幅地图是王伦是按照自己前世从军之时所学的知识，命人绘制出来的中国全境地理图。
图上将中国的山川地形，以及各处险要之地尽绘其中，极是详细，而除了中国之外，更是将周边邻国也都包含在内，只是图中地名皆以宋时名称为主，至于外国地名有一些不知道古称的，王伦便以后世现代的名称标注。
“杨雄听令。”王伦用长杆指着地图上辽东外海，高丽国所在半岛之下的一座小岛说道。
杨雄
立即起身听令，王伦点了点地图上的小岛，又道：“这座小岛名为皮岛，现属高丽国管辖范围，之前我已经让倪云登岛查看过了，这岛上只有原著百姓近千人，高丽国也未在此驻军，可说是无主之岛。
杨雄，现在我给你一个师的兵力，也领军长之职，并将倪云的舰队归你统辖，由倪云舰队运送你部登岛，而你的任务就是牢牢地将皮岛掌握在手中，屯兵以待，一旦我方与金国开战，你便可从皮岛出兵，登陆金国境内，骚扰攻击金军侧后，使其后方不宁，从而不能全力攻宋。”
杨雄走到地国之前，看着皮岛的位置，忽地眼睛一亮，笑道：“这个地方好啊，进可攻，退可守，金国人要是出去打仗，我就跑到他们家里去打秋风，金人回来，我便再退回到岛上，金人骑马打仗或许还行，但要说这海上行船，恐怕他们就只能是望洋兴叹了。
而且这皮岛的位置地处要冲，介于宋、金、高丽三国交界之地，距离倭国日本也不算太远，完全就是个三管三不管之地，要是在这岛上收聚流民，囤积货物，再进行中转，倒卖于周边各国，可是能赚不少钱啊。”
王伦看着杨雄，心想这家伙还行，算是有点眼光，不但能看出这皮岛位置的重要性，还能想出利用地理优势的生财之道，是个人才，自己没有看错人。
“大人。”杨雄继续看着地图，目光却
是一路向上越过高丽，看向位于日本诸岛之上的一座大岛，向王伦问道：“这座岛叫什么名字？”
王伦扫了一眼地图，便道：“这座岛名为苦叶岛，又称库页岛或是黑龙屿，在盛唐之时也曾属于我国，只是后来被渤海国给占了去，现在又归属了金国。
不过这苦叶岛处于苦寒之地，又孤悬海外，岛上更是丛林密布，鸟兽众多，荒无人烟，但也正因如此，这苦叶岛虽然名属金国，然而金国人却从未实施过真正的管辖，倒也算得上世外桃源。”
“大人。”杨雄看着地图沉思了一下，才道：“我有个想法，我可不可以在先占据皮岛并且立稳脚跟之后，再乘船北上，占了这苦叶岛。”
“为何？”王伦看了看杨雄。
杨雄道：“皮岛虽然好，但还是有些过于靠近金国腹地，现在这皮岛隶属于高丽，我们偷袭金国尚能进退有据，但以金国现在的扩张形势来看，征服高丽肯定也是迟早的事，等金国再得了高丽水师，到那时距皮岛就只有一水之隔，我们要想守住皮岛便必是万分艰难。
而苦叶岛远离海岸，距苦叶岛最近的陆地上也尽是崇山峻岭，野莽森林，无处可建码头，舰船不得下海，金人若想从他处来攻，便必要涉海远洋，费时费力，到那时无论攻守就都由得我们做主。
另外苦叶岛上各种资源丰富，地广人稀，我们只要先行占据此岛，建
立城关码头，屯兵于上，再开荒种田，同时又可以以皮岛作为支点，将各种给养源源不断地送上苦叶岛，如此在岛上养兵数万也是毫无问题。”