近代以前，福建的地位似乎并不那么重要。
究其原因，主要是福建“八山一水一分田”，以山区丘陵为主，只在沿海地区分布着少量平原，难以养活大量的人口。传统中国是个农业社会，福建农业条件差，自然不会受到朝廷的重视。
晚清以后，中国沿海对外开放通商，福建北接浙江、南连广东，重要性才日趋凸显出来。
尽管如此，福建内陆大部分都是山区，交通闭塞，极为不便。
一个历史冷知识是，八年抗战期间，日寇经营台湾已久，与福建只有一海之隔，却只派兵占领了福州、厦门、泉州等沿海城市。福建的广大内陆，仍牢牢地掌握在手里。因为福建内陆山区实在太多，军事占领的成本太高。
革命军进攻福建，同样面临着这个问题。杨烜定下的策略是，擒贼先擒王，先集中兵力攻下福州，再扶植杨国桢重掌福建，号令各府县投降。
杨国桢做过三年闽浙总督，在福建还有不少门生故吏。他又是杨烜的叔父，由他出头劝降内陆府县，最是恰当不过。
正月初八，革命军正式发动二次东征。
以往革命军打仗，往往是水陆并行。这次东征，因为福建地形特殊，杨烜又要求集中兵力打下福州，陆军主力只好乘坐海军战船，走海路直趋福州。
海军运输船数量有限，陆军野战步兵师装备又多。革命军只得大量动员民船，勉强满足作战需求。
革命军二次东征，照例抽组形成东征军司令部。国事繁杂，杨烜不宜再深入前线。陆军司令陈虹是杨烜最信任的战友之一，此次担任东征军司令，全权负责指挥二次西征。
行军以海路为主，共编为四个梯队。
第一梯队由海军南洋舰队组成，担任东征军先锋，负责荡平福建海面，清剿清军福建水师。
第二梯队由海军陆战队组成，负责扫清福州外围炮台。
第三梯队由陆军步兵第四师组成，负责主攻福州。野战步兵师人数太多，足有两万五千多人，缺少运载船只，只得分出一部分兵马走陆路。
步兵第四师三个步兵团一万多人，乘坐战船直趋福州，负责进攻福州。剩下一万五千多人，从广东潮州走陆路进入福建，负责进攻福州以南的漳州、泉州、兴化三府。
第四梯队主要由辎重队组成，专门负责运输辎重，保障作战。
正月初十，东征军第一梯队经过两天航行，顺利抵达泉州府厦门岛。
厦门位于泉州府，与金门隔海相望。清军福建水师提督驻地就在厦门，而金门则是福建水师金门镇总兵的驻地。
厦门与金门，一向都是清朝在福建的海防重镇。但福建水师废弛已久，根本就不是革命军的对手。
令革命军海军担心的是，英国人可能会横加干涉。因为厦门是满清对外通商的口岸，英国与满清地方有过协议，由英国缉私船代为打击中国沿海海盗、走私商。
福建地处上海、广州两处贸易中心的结合部，对外贸易十分活跃。加之广东严禁鸦片，不少鸦片商人北上福建，带来大量的鸦片走私活动。
满清官府无力打击鸦片走私，对此无动于衷。英国公使文翰征得两江总督同意，由英舰代为打击海盗、走私贩。
英国方面的缉私船，其实只是一艘小型护卫舰“侦察”号。这艘并不起眼的蒸汽战舰，却把福建海盗、走私商打得丢盔弃甲。
而福建水师连海盗都敌不过，其战斗力就可想而知了。所幸现在克里米亚战争已经爆发，英国即将参战，把远东的军舰都抽调到了近东。
中英已经建交，军政府又对外声明承认《南京条约》，继续维持厦门、福州等地的通商口岸地位。
英国公使文翰审时度势，下令“严守中立”。革命军没有洋人掣肘，作战行动更加得心应手。
海军南洋舰队新装备了一艘200吨级的铁甲舰，定名为53式炮艇。这艘炮艇正是杨烜巡视桂北时，乘坐的那艘试验舰。
战斗中，这艘铁甲舰一马当先，冲入清军福建水师泊地。福建水师战船仍以老旧的赶缯船为主，火炮落后。炮弹打到铁甲舰上，只留下一个轻微的弹印，就被弹了回去。
对铁甲舰稍有威胁的，是炮台上的重炮。为对付炮台，海军陆战队在炮台两翼登陆。这一屡试不爽的方法，居然在厦门再次奏效。
南洋舰队在厦门、金门扫荡一天，基本消灭了福建水师主力战船。
厦门以西的泉州府、漳州府清军风声鹤唳，以为革命军将要进攻泉州、漳州两府。
不曾想，南洋舰队在厦门休息了一晚，第二天早上直接北上，目标直指福州。蒸汽战舰在海上来去自如，清军只能望洋兴叹。
正月十二，南洋舰队抵达马江，在此与福建残余水师发生战斗。
马江，实际上就是闽江。从福州东南乌龙江与南台江汇合处，至入海口的一段的闽江，俗称为马江，又名马尾。
马尾有一处天然良港，四周群山环抱，港阔水深，可泊巨舰。列强军舰在福建海面遭遇台风，常常驶入马尾躲避风浪。
历史上，左宗堂担任闽浙总督时，看中了这处海港，在此创建了马尾造船厂、福建船政学堂。
马尾距离福州仅百里，又是福建的重要屏障，战略地位相当重要。
南洋舰队司令李锐率舰闯入马尾，与福建水师残余战船交火，再次大胜。他被马尾的地形所吸引，当即产生了以马尾为军港的念头。
从马尾往西至福州，沿岸皆为崇山峻岭，清军在此设有多座炮台。但清军的大炮实在过于拙劣，以发射实心弹为主，射程又短，威力相当有限，对革命军战船威胁不大。
倒是清军在闽江上凿沉战船，阻塞航道，有效迟滞了革命军的行动。
兵来将挡，水来土淹。革命军派出潜水员潜入闽江，在沉船船舱内安装高能炸药，使用爆破法清除水中沉船。
怡和公司已经发明了高度稳定的高能炸药。这种炸药成品为胶质，可制作成各个形状，即便撞击都不会引爆。要想引爆这种炸药，只能通过雷管。
历史上，雷管是由诺贝尔于65年发明的。诺贝尔使用雷酸汞制作雷管。雷酸汞十分活泼，受潮后容易引发事故。杨烜则指导怡和公司弹药厂，使用叠氮化铅制作雷管，安全性、稳定性大为提高。
清军只见革命军在水下沉船处进进出出，却不知道他们要以新式炸药作水下爆破，以疏浚河道。
不少民船堵塞在闽江上游，躲在远处围观两军交火。清军堵塞河道，民船受阻，船民皆敢怒不敢言。
下午三时，水下炸药敷设完毕。革命军对外发出警报，驱散沉船附近的民船，自身各战船也撤到安全距离以外。
三时二十分，南洋舰队司令李锐一声令下，引爆水下炸药。只听“咚咚咚”一连串巨响，闽江江面上掀起巨大的水浪。
沉船被高能炸药炸得粉碎，木船碎屑浮上水面，顺着水流飘向下游。清军、船民都惊得目瞪口呆。
在时人的认知里，炸药都为黑火药，黑火药遇水受潮将失效。不知革命军装备了什么火器，能够在水下爆炸威力大到能够炸碎清军的沉船
不等清军反应过来，南洋舰队已经冒险通过沉船区，向闽江上游的福州进发。
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清军守卫福州，以沉船、炮台为凭恃，却都被革命军轻易突破。闽浙总督瑞麟听说清军接连败北，守军人心涣散，心里早就怂了。
瑞麟听取了徐师爷的计谋，决定移驻杭州。他把福州防务托付给福建巡抚王懿德，自己带上囚犯杨国桢，经福州北门逃往浙江。