萧从他已经得到的那些推论中，进行了衍生分析，而分析的结果让他自己都觉得吃惊，不过排除?一切的不可能之后，剩余的那个可能性无论有多么的小，也是最终的答案，那个答案很可能是惊人的……
正因为如此，所以萧才有信心可以坑死阿星，当然了，前提是他的信息并没有被阿星给发现，若是被发现了，那就只能够作罢。
所以当加持良治到来之后，萧并没有立刻要求跟随加持良治去到联合**队中，而是继续在原地等待，依照他的话来说，就是要看到eVa初号机真正觉醒才会有下一步行动。
与此同时，在另一边，碇真嗣驾驶的eVa初号机渐渐压制了eVa三号机，在原动画里，碇真嗣驾驶的eVa初号机其实就是三台eVa中最强的，那怕明日香依靠自己的技术进行了弥补，但实际上这种差距依然存在，而此刻的碇真嗣，身体素质比动画里的他强了许多许多，同步率也比动画里高了许多，真正开始战斗时，侵蚀了eVa三号机的使徒根本不是他的对手，其实只要他愿意，可以很轻松的解决这个使徒。
只是碇真嗣心有顾虑，所以才会渐渐的压制，他还要小心保护使徒脖子后的插入栓，可以说几乎就是束手束脚，不过好歹也算压制住了，就等着他拔出插入栓，然后解决掉这个使徒了。
这是明眼人都可以看得出来的情景，而这时，在基地里的碇源堂却忽然说道：“启动傀儡系统。”
所有人都是愕然的看向了他，而碇源堂依然保持着那种冰冷的冷静道：“启动傀儡系统。”
“可，可是……碇君已经压制了使徒……”启动指令的人员顿时迟疑着说道。
这时葛城美里并不在这里，她在启动现场受到了使徒的爆炸波动，虽然没有生命危险，但是此刻依然还在昏迷之中，而整个基地里就没有任何人敢与碇源堂争执了，所以碇源堂第三次下令道：“速度太慢了，这是命令，启动傀儡系统。”
“……是。”启动指令的人员无可奈何，只能够输入了指令，启动了eVa初号机上面的傀儡系统。
傀儡系统一旦启动，eVa初号机的控制权就转移到了傀儡系统中，本来碇真嗣正在小心翼翼的准备取下eVa三号机脖子后的插入栓，猛然间，整个驾驶舱内一片红暗色，他接着就发现他再也无法驾驶eVa初号机了，而从他驾驶座背后就有一个奇怪的东西延伸了出来，扣住了他的操纵台，并且遮挡住了他的视线。
“怎么了！？这是怎么了？”碇真嗣顿时惊慌的大声叫喊了起来，他疯狂的使徒拉动操纵台，但是根本就是纹丝不动，他就大声喊道：“爸爸，我在战斗啊！我在战斗啊！不要这样，明日香还在插入栓里面啊！”
碇源堂冷冷的注视着画面，一句话都没有说出来，而在场所有人就看到画面上，eVa初号机猛的捏住了eVa三号机的脖子，然后用力一扭，eVa三号机就浑身软倒了下来，这还没完，eVa初号机此刻仿佛是变成了野兽那样，扑到地面上的eVa三号机身上就开始疯狂撕扯啃咬，直接就将eVa三号机给解体了，这还不算，eVa初号机甚至直接咬住了插入栓，就这样用力挤压，眼看着插入栓就要被挤压爆时，碇真嗣终于最后绝望的大喊道：“罗杰大叔！帮帮我啊！”
“嗯……那是肯定的啊！”
就在eVa初号机旁，一道空间涟漪出现，下一瞬间，罗杰从中闪现了出来，单单一拳打出，直接打在了eVa初号机的脸部位置，啪的一声，eVa初号机大半边脸都直接被打得了粉碎，而它嘴巴里叼着的插入栓也落到了地面上。
此刻在nerv总部里，碇源堂的表情依然没有丝毫变化，只是生硬的说道：“把罗杰归入使徒数据，然后……歼灭他。”
“这……”
这一下，不但是执行指令的人员，周围所有人员都一齐看向了碇源堂，所有人都不敢相信的看向了他，完全不明白他为什么下达这个命令，也不明白他到底想要干什么，因为任何明眼人都可以看得非常清楚，使徒已经消灭，这时候那怕是接触了傀儡系统也没关系，而且最后的插入栓里还有明日香，刚才若非罗杰的阻挡，可能明日香已经死掉了，而现在碇源堂却要连同罗杰一起干掉！？他疯了吗？
碇源堂冷冷的看着在场所有人，他依然冷淡无比的说道：“我不想每次命令都重复一遍，这是命令，你们只需要执行就是！”
“……是。”
指令被输入到了电脑中，然后很快就传递到了初号机的傀儡系统里，所有人就见得初号机仰天吼了一声，接着就疯狂的又扑又咬又撞，企图杀死浮在半空中的罗杰，但这真仿佛是大象打蚊子那样，罗杰的灵敏度远超过了初号机，而且又是悬浮在半空中，所以eVa初号机根本就是无功而返，就只能够徒劳的在那里到处乱砸乱吼。
而罗杰也没有再继续攻击，只是快速的来到了插入栓旁，也没直接打开插入栓的大门，而是将手放到了插入栓的金属壁上，放了一秒不到，罗杰的脸色就变得了非常难看。
“怎，怎么了，罗杰大叔，你倒是说话啊！”
此刻的碇真嗣根本看不到外面，但是他敏锐的感觉到了不对劲，而且感觉非常不好，似乎有什么最重要的东西失去了一样，而罗杰的话音就传到了他耳边。
“插入栓……里面没有明日香，明日香已经不在了……”
“不，不可能……哈哈哈，罗杰大叔在开玩笑，是吧？你是在开玩笑的吧？怎么可能不在了，明日香明明登上了三号机，插入栓也完好，为什么不在了，怎么可能不在了……”
碇真嗣的声音越来越小，他的头越来越低，他想到了一种可能，那就是插入栓中的明日香，进入eVa的程度太深，不单单是作为人的意识，甚至连形体都已经无法保持，就如同他的妈妈那样……直接融入到了eVa三号机中，而刚才……傀儡系统生生拆了eVa三号机，这样的事情，这样的事情……
猛的，eVa初号机停止了任何举动，就这样静默在了原地，而罗杰则敏锐感觉到一股庞大无比的心灵之光从eVa初号机身上爆发开来，这心灵之光量之庞大，甚至仿佛海洋一只压迫了他的心灵之光，这是……
觉醒！eVa初号机觉醒了！
碇真嗣猛的抬头，他的双目一片赤红光芒，eVa初号机身上也变得了赤红，机体眼中光芒一闪，一道激光样的波动直轰向了远处的nerv总部，nerv地表上的金字塔建筑瞬间而已，直接被蒸发了！
“爸爸……”
“把明日香！还我！”