此时桓玄战败的消息已经在建康传播开来，局面彻底失控了，不仅有逃兵地痞趁乱抢夺财物，而且有了上次桓玄大开杀戒的先例，官员们也拼命地往外逃，以致于各衙门都陷入了瘫痪，更加剧了城内的混乱。不过此时谢重已经顾不得这些，将昨晚的事告诉桓玄之后，苦笑着说：“当初殿下不肯听我的话杀了刘裕，又纵虎归山才落得今天这般地步，早知今日何必当初呢1
桓玄情不自禁，哭着自责道：“是孤不听先生的话才酿成大错，孤愧对先生。”
谢重伸出手擦拭着桓玄的眼泪，安慰他说：“千秋功过后人谈，英雄末路亦从容，殿下是当世枭雄，死也要死的顶天立地，我先走一步了。”说完拱了拱手驾着马车就往北门的方向逃去。
桓玄回想起刚入建康时意气风发，到如今一败涂地还不到一年，真是应验了那一句老话：“江山万古传，皇帝轮流做。千古英雄梦，岁月几度秋。”他从容地收拾了一下仪容，率领仅剩的亲兵头也不回地往前走去。
刘裕很快就带领着士兵们攻入建康，将桓玄团团围祝桓玄看着身边伤痕累累的将士，不忍心再让他们给自己陪葬，于是对刘裕说：“将军要杀的不过是孤一个人，只要能放过他们，孤情愿一死。”
刘裕想都没想就回答：“只要殿下投降，末将可以答应殿下。”
桓玄见刘裕应允，转身对身边的士兵说：“你们也有父母妻儿，没必要跟着孤白白送死，回去好好过自己的日子吧。”说完猛地推开了身旁的士兵，将宝剑架在脖子上又对刘裕说：“季布一诺，千金不易，孤这就随了将军的心愿，希望将军可以信守承诺1说完一抹宝剑倒在了地上。
士兵们看到桓玄死了，于是纷纷放下武器投降。而一旁的赤炎麒麟忽然变得狂躁起来，围着桓玄的尸体一边转圈，一边嘶吼，转了几圈后竟然一头撞向了边上的墙垣，顿时脑浆迸裂鲜血满地。
刘裕看到这一幕惋惜地说：“真是难得的宝马啊1说完冷眼看了看那些幸存的士兵，转身偷偷给刘道规使了个眼色，刘道规心领神会，率领手下忽然杀向桓玄的亲兵，这些士兵猝不及防又无处躲藏，很快就被全部杀光了。
这时有个士兵跑来向刘裕报告，说就在刚才谢重驾着马车从北门逃走了，何无忌与谢兆业已经率人前去追赶，刘裕仅仅回了一声知道了，就动身去皇宫寻找皇上。找到皇帝后刘裕恭敬地给皇帝下拜行礼，然后说：“逆贼桓玄犯上作乱，臣京口内史刘裕率领诸将讨逆，现在逆贼已经伏法，请皇上不必害怕。”
一年前上一任皇帝就是在这样的场景下被桓玄杀掉的，连带遭殃的还有半数以上的二品官员，皇上怎么可能不害怕，战战兢兢地回道：“爱卿劳苦功高，有功之臣还劳烦爱卿替朕厚加褒奖。”
“诺，皇上先休息，臣告退。”刘裕不愿意和皇上多废话，于是找了个借口就走了。经过桓玄的事情，天下都知道现如今皇上只是一个摆设，大晋朝已经名存实亡了。刘裕急着要和刘道规一起稳定住局面，好等何无忌与谢兆业回来商议下一步的行动。
另一边谢兆业与何无忌入城后，便按照事先的约定往城北走，北边是官员们居住的地方，他们的任务是稳住还留在建康的官员。这时有人报告说谢重驾着马车从北门逃走了，何无忌一听立刻带着骑兵去追赶，谢兆业听到是父亲也赶紧追了上去，他心里急得不行，想赶在何无忌之前拦住父亲，但是他的马哪里跑得过千里雪，不一会儿就被远远地甩在了后面。
谢重一直在刻意保持速度等待着追兵，所以何无忌很快就追上了马车，看到有人追来，谢重抽了几下马鞭，马车跑得更快也更加的颠簸了，在山路上发出“吱呀吱呀”的声音。何无忌见状也赶紧抽了几鞭子，隔空向着谢重喊：“谢大人，我们家将军礼贤下士，一定会重用大人的，桓玄已死，天下已经没有大人可以容身的地方，大人不要逃了。”
谢重只顾赶车并不理会他，何无忌无奈只能在后面紧紧地追赶，眼看前面到了一个转弯的地方，借着转弯的空隙，何无忌瞅准机会一箭射向马匹。谢重等的就是这个机会，看到一箭射过来，就假装躲避弓箭令马车失去控制，连人带马车翻下了悬崖。众人追至崖边看到马车经过翻滚之后跌入了滔滔江水之中，谢兆业内心悲痛万分却又不得不掩饰自己，何无忌摇摇头说：“可惜啊可惜，谢重也是难得的人才，没想到最后竟是这么一个下常”
谢兆业想说些什么，又感觉如鲠在喉说不出话来，盯着江水看了一会，转身就走了，在场的人并没有发现谢兆业的情绪变化，七嘴八舌说了一阵也回去复命了。
晚上刘裕与大家聚在一起商议，刘道规先向刘裕汇报了白天的战况：“除桓玄的亲兵之外，其余士兵都安抚妥当编入了兵营，另外还收拢了近千名的散兵游勇，也都一并编入了兵营。目前士兵们还都安份，并没有扰民、抢夺之类的事情发生。”
谢兆业接着刘道规说：“由于上一次桓玄杀了不少官员，所以这次很多人趁着混乱逃走了，目前还留在建康的官员不足一半，各个衙门几乎都瘫痪了，当务之急是尽快选派新的官员就任，让朝廷重新运作起来。”
何无忌叹息了一声说：“如果谢重还在，这件事交给他做是最好不过的了。今天谢重驾着马车从北门出逃，我和谢大人率领士兵追赶，在栖霞山时谢重为了躲避我的弓箭，连人带马车跌落山崖掉入江中，如今恐怕尸骨无存了。我仔细检查了车辙，从车辙的深浅来看车上应该还有一个人，楚王府的下人们说破城之前谢重派马车将桓玄的妹妹接走了，因此车上应该就是桓玄的妹妹，只可惜。。。”何无忌摇了摇头不再说话。
刘裕安抚何无忌说：“既然已经这样无忌就不要再难过了，我们商量一下下一步该如何行动吧。”刘裕并不关心谢重，他现在更关心如何应付接下来的局面，以免自己成为第二个桓玄。
谢兆业轻轻叹了口气，看着刘裕回答：“这些年朝廷混乱不堪，任意放纵官员导致百业废弛，大族豪门趁机横行霸道欺压良善，以致百姓愁怨哭诉无门。如果想要避免重蹈覆辙，必须先要用威严约束住宫廷内外，再以严刑峻法约束百官，重整朝廷秩序。另外现在那么多空缺急需有人来填补，因此我们不得不借助士族的力量，王谧这个人虽然没有本事，但是在士族中很有名望，为人也颇正直，我看不如加封他录尚书事，由他负责填补百官的空缺，也能借此笼络士族；再用朝廷的名义命令刘毅去剿灭桓玄在各地的势力，我们趁机坐收渔利。至于封赏的话，将军功高勋重，不能直接要求担任要职，否则朝廷疑畏交加，必然引出大祸。京州最为重要，由二将军出任京州刺史作为羽翼，留孟昶在京州协助二将军一同管理；将军只需要留在朝中，遇到大事他们就不敢越过将军自行决定。其他的等到朝局稳定之后再从长计议。”
何无忌点点头，接着说：“京州距离建康太近了，只有二将军担任京州刺史我们才能睡得安稳。”
刘裕想了想，又看了看刘道规，有些舍不得将刘道规派去京州，他原本是想将刘道规留在朝廷里辅助自己，但京州刺史的确重要，给别人他又不放心。刘道规看出了哥哥的顾虑，宽慰哥哥说：“哥哥尽管坐镇朝中，朝廷的事有无忌和谢大人帮哥哥分担，弟弟替你守住京州，哥哥才能放得开手脚呀。”
刘裕点了点头没有答话，谢兆业接着说：“现在还有一件事可做可不做，不知道将军敢不敢去做？”
刘裕看着谢兆业疑惑地问：“什么事谢大人但说无妨。”
“皇上。。。”谢兆业在头颈上比划了一下，惊得在场人脸色一下子都变了。
谢兆业顿了顿继续说：“扶立小皇帝既有利于掌控朝局，还可以借机把皇宫的太监全换了，彻底掌控皇宫。”
刘裕转头看了看其他两个人，见他们没有表态，心里有点打鼓，犹豫了一会半推半就地挤出一句：“这件事做不好恐怕是会引火烧身的1
“如今整个建康都在将军的控制之中，找一个小太监偷偷下点药，事后再把小太监除了，神不知鬼不觉。只有桓玄这种蠢货才会在大庭广众之下弑君1谢兆业说完抬头看了一眼，发现刘裕的表情很复杂，又转过头看了看刘道规和何无忌，他们两个人听得很认真。”
刘裕还是没有吱声，大家明白了刘裕的态度，心照不宣默默退下。过了几天宫里传出了皇帝驾崩的消息，刘裕作为顾命大臣主持皇帝的葬礼，并遵照“遗嘱”扶立了新皇帝，开始筹备登基大典。由于连续的战争，建康遭到很大的破坏，一切都百废待兴，事务也繁杂紧急，谢兆业辅助刘裕果断决策，无不妥帖适当，这让刘裕对他刮目相看。
刘毅这时还在荆州，接到朝廷的敕令之后他不得不转战征讨桓玄的残余势力，并且派自己的堂弟刘藩代表自己入朝述职朝拜新君。鉴于自己曾和刘毅结盟，而且刘毅征战有功，刘裕便在自己的府中设宴款待刘藩，邀请了何无忌、刘道规、谢兆业以及众多的大臣陪同。席间刘藩多喝了几杯，竟然借着酒劲对刘裕说：“将军自京口起兵讨逆，劳苦功高，如今逆贼已灭，将军却留在朝中迟迟不肯回京口，岂不是让天下人误会将军有意仿效桓玄把持朝政？”
刘裕听到这番话脸色非常难看，但是又不便发作，一旁的何无忌见状反击说：“大将军天资英迈，赏罚严明，仁德兼著，不世之有，自起兵以来十战十胜，攻无不克。如今天下初定百废待兴，正需要将军留在朝中安定人心，何来把持朝政一说？而刘大人以蕃臣身份入朝参拜，却妄议朝政诋毁功勋，岂不是让天下人误会刘大人心怀二心？”
何无忌每个字都说在了刘裕心坎里，只见刘裕面露欣喜之色，朝着何无忌频频点头。
刘藩横着眼看了看何无忌，轻蔑地说：“朝廷之事自有朝廷公论，岂是你一白丁可以评头论足的？今天在座的都是朝廷官员，只有你一个人无功名在身，应该谨言慎行才是，竟然还在这大言不惭1
何无忌本就看不起出身高门又无真才实学的刘藩，嘲讽道：“我虽无功名却也在为朝廷出力，不像刘大人素位餐食，桓玄篡位的时候闭口不言，这时候倒出来摆谱了。”
刘藩被何无忌说得脸上青一阵紫一阵，只得摆出士族的架子回击道：“我家世代公卿，哪里轮得到你评头论足，你不过是个不入流的角色，还真当自己是个人物了？”
何无忌听到这番话气得火冒三丈，一脚踢翻桌子跳起来，拔出宝剑说：“都说寒门无上品,下品无世族，连你这个猪狗一样的蠢货都敢这样羞辱我，今天不杀你岂不是让天下的寒门寒心1
众人一看事情闹大了，赶紧出面打圆场劝说何无忌，刘裕也出自寒门，因此刘藩这番话不仅是骂何无忌，也是暗指他刘裕不要有非分之想，心里恨不得杀死刘藩，但是出于大局考虑也不得不劝说何无忌。
何无忌见众人只劝自己，觉得他们拉偏架，于是心中更加不快，满脸怒气地拂袖而去。众人只道他心里不痛快，没有多想便继续饮宴。酒过三巡刘裕起身对刘藩说：“今日本想和刘大人一醉方休，奈何明天一早还有朝会，暂且早些休息，朝会之后再宴请刘大人。”
刘藩起身谢过刘裕，打算回馆驿休息，谁知刚到刘府门口只听耳边“嗡”的一声，箭到人亡仰面栽倒在地，何无忌纵马上前对着尸体又狠狠地连射两箭。
话说刘裕送走刘藩，刚想转身忽然听到一阵“嗡嗡”声，心头一惊赶紧冲出去，一边跑一边大喊：“无忌不要冲动1等奔到门口刘藩早已气绝身亡，刘裕拍着大腿喊：“无忌啊无忌，刘藩乃疆臣特使入朝参拜，你这是何必啊1
在场所有人都吓得面如土色，何无忌却神情坦然地说：“今天不杀他，以后天下人岂不都小瞧我何无忌？我擅杀朝廷官员理应由朝廷论处，请将军将我绑了，明天朝会上定罪，要杀要剐悉听尊便1
刘裕摆摆手命人将何无忌绑下去，又命人将刘藩尸体整理好，士兵们走上前想拔下尸身上的弓箭，才发现箭身透入地下，无论怎么用力都拔不出来，可见何无忌心中对刘藩有多愤恨。刘裕沉默不语，板着个黑脸走上前单手握住箭身缓缓拔出，众人惊诧于刘裕天生神力，无不大骇。
第二天朝会之上，何无忌被绑上大殿，廷尉专司刑狱，率先说道：“何无忌公然射杀朝廷官员，藐视朝廷法度，按罪当诛。”
刘道规赶紧出面求情说：“无忌虽然有罪，但是这次讨逆立有大功，功过相抵罪不至死，否则恐怕会凉了功臣的心。”
中书令谢混一向和刘毅交好，立刻反驳道：“刘毅占据荆襄拥兵自重，如今又追击桓玄余部功不可没，何无忌杀了他的堂弟，如果不杀何无忌恐怕他不会善罢甘休，一定会以此为借口反叛朝廷。不如杀何无忌安抚刘毅，以免重开战事。”
何无忌不愿意让刘裕为难，大声说：“大丈夫死则死尔，我既然杀了刘藩就不怕死，就请将军用我的人头安抚刘毅好了。”
其他朝臣也纷纷附议要求杀了何无忌安抚刘毅。
刘裕全程黑着脸一言不发，听到这里已经恨得咬牙切齿太阳穴凸起，忽然暴怒道：“我待无忌如同己出，杀他就如同杀我！刘毅若反我自挡之，谁再说杀无忌，我先杀了他1
刘裕张大眼睛瞪着众人，声如霹雳响彻大殿，吓得众人再不敢说话，谢兆业看到这个情形立即说：“刘毅外宽内忌，自伐而满，现在不反以后也一定会反，而且刘藩公然要求将军还于京口，这是以蕃臣身份妄议朝廷大计，僭越之心昭然若揭，今次若杀无忌则日后正义之士人人自危，狂悖之徒比比皆是，这事亲者痛仇者快，万万做不得。”
刘道规也赶紧接话：“无忌自起兵以来每战必身先士卒不畏箭矢，屡出奇谋料敌机先，于国于民都功莫大焉，今天如果因为这个事情杀了无忌，就不怕世人诟病朝廷鸟尽弓藏吗？”
有刘裕暴怒在前，众人谁还敢顶嘴，都低着头不说话。刘裕趁机问：“还有何人反对？”
大殿上鸦雀无声，刘裕环顾四周等了一会，走到何无忌身边，拔出佩剑砍断绳索说：“既如此我们说正事，如今逆贼已灭，有功之臣应该立即封赏，今日朝会正是为了此事。百官之中以尚书为尊，最要紧的就是先确定尚书的人选，王谧王大人雅量高俊，深得人望，我属意由王谧王大人录尚书事，不知道大家意下如何？”
王谧没有想到刘裕会推举自己，赶紧推让说：“”我才疏学浅恐怕难堪大任，刘将军功勋卓著，理应由刘大人加录尚书事。
刘裕给王谧行礼说：“王大人切莫多心，我才识浅陋，是真心推荐王大人。除了王大人没有人能够胜任了。”
刘道规在一边也附言说：“是啊是啊！我等皆真心推荐王大人出任尚书。”
百官之中多为士族，因此大多与王谧交好，也随即附和，王谧见大家都一致推他，也不再推辞。
刘裕顺势建议：“如今朝廷有很多职位空缺，还劳烦王大人选拔合适人选填补。”
王谧谢过刘裕，投桃报李道：“勘核百官查缺补漏本就是尚书职责，我自当尽心为朝廷分忧，不过此次刘藩死于何无忌之手，应由朝廷发布诏令，公布刘藩罪状以正人心，不能给刘毅落下口实。另外有功之臣也应该论功行赏，我回去拟个章程，然后和刘将军一起商议如何？”
刘裕回礼说：“那一切就有劳王大人了。不过此次起兵得到两件宝物，分别为龙鳞乌金盔和水火软金甲，何无忌劳苦功高，我想赏给何无忌，不知道王大人有何异议？”
王谧是官场老鸟了，一听就知道刘裕是想借自己的名号给何无忌正名，好堵住天下人的嘴，因此假模假样地吹嘘了一番何无忌，也表示赞同。
于是刘裕命人呈上两件宝物，亲自送给何无忌，然后宣布朝会结束，等待王谧进一步的安排。
王谧自从领了尚书之后非常开心，一改之前的懒散拖沓，做事认真负责，而且非常乖巧，事无巨细都会主动和刘裕商量。没过多久他就拟好了封赏：刘道规出任京州刺史；何无忌青云直上加封为散骑侍郎，进镇南将军，都督江夏、义阳两地一切事务；刘裕自己则仅仅挂了个都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事的头衔；还有刘毅，孟昶等人都得到了任命，只有谢兆业仅仅被任命为尚书祠部郎，刘裕府主簿兼纪室录事参军，充其量也就是刘裕的贴身秘书，并没有任何实际的权利。
任命出来之后，谢兆业没有表露任何的不满，兢兢业业地做着刘裕的贴身秘书，不得不说谢兆业这个秘书是非常称职的，凡是经他手的公文都按照轻重缓急整理得清清楚楚，处理完得文件按照地域、类型、完成度归档得整整齐齐。而且谢兆业有着过目不忘的本事，只要看过一遍的公文都可以记住，这让他总能及时地提醒刘裕，因此刘裕非常倚重谢兆业，渐渐地就养成了习惯，什么事都要问一下他。
转眼就来到了中秋节的晚上，刘裕处理完公事之后叫住了谢兆业，邀请他一起赏月，酒过三巡刘裕忽然问谢兆业：“现在建康已经安定，朝廷也都运转正常了，谢大人何不将家人接来建康一起居住？”
谢兆业顺着话说：“下官并不是没有这个打算，只是建康的房子太贵了，这拖家带口的过来日常开销也大，下官俸禄不够埃”说完谢兆业故作委屈地看着刘裕。
刘裕哈哈大笑，豪爽地说：“谢大人只管把家人接过来，保证到时候有个大院子给你们住，不会委屈了你们的。”
“那下官可就谢过将军了，不过除了宅院，将军能不能考虑给卑职加一点俸禄？否则这一大家子卑职也养不起埃”谢兆业顺着杆就往上爬。
“我看你不像个当官的，倒像是个商人，活脱脱一副奸商的嘴脸，我是从来没见过如此厚颜无耻之人，要了宅子还要加俸禄。”刘裕觉得又好气又好笑，一边笑一边骂谢兆业，骂到后面谢兆业也忍不住笑了起来，两个人笑作一团把一桌子的酒菜都打翻了，弄得一地狼藉。刘裕气得张口大骂：“你个臭小子，把我这一桌的好酒好菜都给糟蹋了。”说完抡起拳头就揍谢兆业。
谢兆业一边躲一边回骂：“是将军打翻的，关我什么事，你都这么大的官了，怎么还赖别人。”两个人绕着花园一个逃一个追，一边跑一边骂，累了又靠在一起休息、聊天，不知不觉到了半夜谢兆业带着醉意回府去了。