长江方面目前设置了操江和巡江两个水师，其中操江水师又分黄蜚统帅的夷陵水师和郑鸿逵统帅的镇江水师，不过受到湖广、四川两省已无战事的影响，前者已经削减为6个营80条船，总兵力3600人船，后者只有3个营40条船，总兵力2100人船。
至于巡江水师则分为荆州、岳州、汉口、富池口、湖口、安庆、太平、仪征、江阴、狼山、吴淞和太湖等12营，每营按15条船500人计，总兵力是6000人船。
珠江方面目前设置有巡江水师，共有新会、横琴、夹洲、枭洲、长洲、马口、博罗、金沙围、云涪梧州、桂平等11个营，每个营的兵力从400到800人不等、拥有船只10~30只，全水师总兵力是6600人船。
黄河方面，目前设置了巡河水师，下设有清河、梁家寨、赵皮寨、孙家渡、孟津渡等五个营，每营20艘船800官兵，合计4000人船----但该水师随时可以得到漕军方面的支援，实际可用船只远超100条。
川江方面，目前设置了重庆、叙州（宜宾）两个水师营，每营各1000水兵，大小船只30余艘。
漕军方面，为了维持黄河前线及郧阳、兴安前线的作战所需，设立有运河和襄阳两支水师，前者编制8个营，每营30条漕船600船夫，合计是4800人船；后者编制5个营，每营25条漕船500船夫，合计2500人船。
这些水师部队或肩负地方治安巡逻、防止走私，或用来确保前线需要以及战备任务，因此已经是削无可削了；因此对于兵部和户部来说，唯一能动手裁减的是沿海水师。
尤其是在琼州、济州、小琉球三大外洋水师已经牢牢掌握中国海岸线的制海权后，诸如福建水师、浙江水师的存在便显得有些鸡肋了。
在朱由崧的示意下，时任兵部尚书张缙彦出列言道：“如今军需浩大，户部难以维系，是故为减少岁支，经户部与兵部会商，以为沿海卫所及浙江、福建水师必需加以整顿裁撤。”
说起来兵部是宁愿撤了浙江和福建水师，也不愿意撤销沿海卫所、把卫所的辖地移交给吏部设县的，但一方面是户部的压力，另一方面是宫廷的暗示，再加上新《爵律》施行以来，爵职分离，卫所官已经对自身所在的卫所失去了影响力，因此，早就有心修正卫所制度不利一面的兵部这才略有些不甘心的，同意撤废沿海卫所，将卫所所在地转为民县。
将卫所转为普通的民县科不是说说那么简单的，这不但标志着军户摆脱农奴身份，更能厘清行政体系，让文官接手施政，是文官集团欢迎、武官们反对的一种进步，但既然朱由崧和张缙彦在朝会上一唱一和，这就说明这件事已经定下来了，所以，在朝会上根本没有话语权的大都督府都督、都督同知、都督佥事们自然就只能眼观鼻鼻观心的用沉默表示对抗----是的，朱由崧现在所作的就是携手文官集团摧毁旧的武官集团，打破武官门阀化，及武官对地方、对军户的控制，从而为新武官集团的出现保驾护航；至于文官集团，朱由崧在陆续收拾了宗室、勋贵、武官后，自然就轮到他们了。
沉默其实是一种软弱，既然旧武官系统表示出了固有的软弱，朱由崧便毫不客气了：“张卿家，撤废沿海卫所，将属地移交各道各府的事朕准了，接下来说说福建和浙江水师的事吧。”
张缙彦便解说了起来，按照张缙彦的说法，虽然浙江和福建水师不再肩负海上御敌的责任，但一样要承担缉拿走私商船、清剿沿海海盗的琐碎事务，所以，浙江水师将分为乍浦、镇海、石浦、白沙、玉环、三门等6个营头4400人船后，与长江巡江水师、珠江巡江水师、黄河巡河水师一样，分归各道总兵官和副总兵官管辖。
而福建水师则分为平潭、金夏、南澳、汕尾等4个营3400人船后，一样转给福建、乂安两道的总兵官、副总兵官统帅。
然后：“各巡江、巡河、巡海水师营营官，具都为正从五品衔，并不置参将、游击之衔职；济州、小琉球、琼州、夷陵、镇江等处水师一样撤废参将、游击等称谓，不过保留提督、总兵、副总兵三职务。”
朱由崧便顺势问道：“兵部可是对提督等官职有修改之意。”
张缙彦回复道：“兵部有意更定现有营兵官职，保留提督、总兵、副将，撤销参将、游击、都司、守备、千把总等级称，改以某某将军署某营营官、某某校尉署某哨哨官，如此可稍稍减抑营兵官职乱授之局面。”
其实比起另一时空的南明军来说，本时空已经算好的了，没有出现500人就称总兵的现象----对，说的就是郑成功的部队----也没出现是总兵就是伯爵的场景，但由于军队数量持续膨胀，营的数量越来越多，所以总兵、副将、参将、游击一箩筐，还出现了以世职来说，游击比副参高的混乱局面，说白了，这其实是跟普通明军在营编制以上缺少层级是有关系的。
虽然这种混乱在世职转为世爵后，有所减少了，但朱由崧却觉得还是需要一劳永逸的用军衔来替代现有的副参游击的称谓，以便为下一阶段明军实现全面京营化做准备。
朱由崧问道：“兵部可有详细的方案？”
张缙彦回应道：“兵部拟以武散官修改后为定制。”
朱由崧点点头：“具体说一说。”
张缙彦便详细说明道：“正一品武臣，初授车骑大将军、年资深厚者授予骠骑大将军；从一品武臣，初授车骑将军，年资深厚者授予骠骑将军。”
这就与明代武散官正一品，初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫，从一品，初授荣禄大夫，升授光禄大夫明显不同了。
“正二品武臣，初授镇国将军，年资深厚者授予定国将军;从二品武臣，初授安国将军，年资深厚者授予宁国将军;正三品武臣，初授昭勇将军，年资深厚者授予昭毅将军，从三品，初授怀远将军，年资深厚者授予昭武将军······”
明眼人此时已经听出了端倪，没错，张缙彦和朱由崧的对话其实意味深远，似乎又对勋官、散官体系动手的样子······