朱由崧没有管新兵招募中产生的猫腻----朱由崧认为现在一切为明年挡住清军进攻让步----但东林党人却似乎发现了机会，于是左都御史刘宗周、右都御史吴甡领衔，就义勇招募中的乱象向他们一直看不惯的阮大钺开炮了。
然而，在东林党人集体发难的前一天，奉朱由崧之命，内书房掌印兼提督内行厂的钱禄秘密拜会了马士英，向马士英通报了东林党人将集火阮大钺的消息；马士英随即紧急与阮大钺、刘孔昭等人会商，并连夜对参与倒卖义勇入选名额的人员进行了清理和转移。
1644年十月初一的朝会上，刘宗周、吴甡等东林党御史果然对阮大钺发起弹劾，已经基本收拾了手尾的阮大钺毫不示弱，公然表示绝无此事，一切纯属东林党方面捏造，乃是东林党党同伐异的又一表现。
马士英表面中立，然后以持重的名义要求朱由崧派人仔细清查，于是朱由崧便派吏部郎中李迟、御史孙道祥、锦衣卫北镇抚司某人及内行厂某人一起参与调查；但参与调查的4人中，有3人是秘密站在一起的，因此，经过十天的调查后，在孙道祥不同意的情况下，得出了都察院风闻有误的结论。
虽然朱由崧并没有因此怪罪风闻言事的都察院，但刘宗周自觉自愿的提出了辞呈，朱由崧挽留了两次，刘宗周坚持辞职，朱由崧便御准了。
刘宗周致仕后，朱由崧便任命吴甡继任左都御史，以原崇祯朝兵部尚书张缙彦出掌兵部----张缙彦原在北京投降了顺军，但后来潜逃回了河南老家，并纠集地方士绅反对顺军统治，因此适用半年内逃归者可赦免的条款，但其能被任命为兵部尚书，主要是朱由崧设立某种样板的考量，以及有把柄可拿捏的张缙彦必然成为事事听命的帝党的计算----并以原崇祯朝兵部尚书丁魁楚出任右都御史、调阮大钺为工部尚书、原工部尚书王应熊专任大学士。
见到阮大钺不但没有受罚，而且还升了尚书，黄道周、姜曰广、黄配玄等朝中东林党大臣便一气之下，也向朱由崧主动请辞了。
对于姜曰广、黄道周、黄配玄的辞呈，朱由崧一方面照批不误，另一方面又以大理巡抚左光先、应天府尹孙嘉绩等东林党党人继任之----之所以朱由崧会继任让大量东林党人留在朝中，一方面是为了削弱东林党对地方的控制，另一方面也是为了让东林党人继续制衡马士英、阮大钺、刘孔昭等人的联盟。
对于朱由崧异论相搅、平衡朝局的手段，高弘图、王铎都看明白了，所以，两人的态度相继发生了转变，其中高弘图与王应熊一样转向中立，而王铎则逐步背离了东林党的小团体，向朱由崧靠拢，由此东林党在内阁中的力量也受到了削弱。
于是，为了确保东林党在内阁中有一定的话语权，朱由崧便于当年十月末，任命吴甡为东阁大学士，其左都御史的遗缺有丁魁楚继任，右都御史则由刚刚召回南京的河南总督田仰担任----田仰与刘孔昭的关系密切，因此他被任命为左都御史可以视作朱由崧对马士英一派的补偿，也是可以视作在都察院内进一步掺沙子，削弱东林党声音的手段。
但吴甡出任东阁大学士后，朝中东阁大学士的数量就太多了，所以，朱由崧便晋马士英和高弘图为武英殿大学士，王铎为文渊阁大学士，并免去王铎礼部尚书的兼职，由原吏部左侍郎钱谦益接任······
“皇爷，山东急报1万世向朱由崧报告道。“青州生变，清虏委任的招抚山东、河南两省户、工二部侍郎王鳌永被杀1
今年九月末，原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州；九月二十九日晨，赵、杨两人以入城拜会为名，乘机夺门而入；当时清廷委任的招抚山东、河南省的户、工二部侍郎王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。
王鳌永以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中；但赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”；在赏金的刺激下，王鳌永很快被军士搜获，赵应元便下令把他处斩了。
“随后赵应元于本月初拥立扶衡王坐殿，并于‘四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱’，昌乐、寿光等县土寇赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚蜂拥而至，然可惜的是，清廷派遣梅勒章京和讬率兵赶至山东，迅速扑灭了赵应元军、夺回了青州城。”
朱由崧听罢冷冷的评价道：“山东仍由可为，可见史可法误国之甚。”
万世不敢接话，就听朱由崧又道：“史可法没有交青州的报告吧？”
万世回复道：“奴婢不太清楚济宁是不是知道青州之事1
朱由崧起身在大善殿内走了几步，对万世说道：“朝中大臣一个个都对联虏制寇抱有信心，但朕以为关外苦寒，清虏窥视中原良久，断不会轻易罢手的，联清灭顺，不过是镜花水月而已，如今青州生变，虽然是由顺逆引起的，但也足以提醒清虏，我大明正统的影响力，所以，要做好迎接大战的准备。”
朱由崧吩咐道：“命令李保立刻出京，北巡江北、山东防务，再于御马监中捡练可靠之干员，为江北四镇并山东监军。”
万世领命而去，朱由崧看着万世的背影，对着阴影的某人说道：“告诉钱禄，让他加紧渗透进江北四镇，最好能与监军形成明暗两重监控，务必确保各部之忠诚、敢战·······”