明崇祯十七年、清顺治元年、顺永昌元年、西历1644年四月二十九日夜，李自成全军撤出北京，第二天一早，相关消息就被人报告给了多尔衮，多尔衮便于当日上午下令诸王、贝勒、贝子、公等率八旗兵追赶，吴三桂此时也接到了命令，同在追击行列。
顺军离开北京后，李自成以左光先、谷大成两部率二万骑兵断后，又使出当年对付明军的那套丢弃辎重的战术来减缓敌军的阻击速度，从而暂时摆脱了后方的追兵，得以一路安全西行。
当年五月初一，李自成率部退到涿州，但城内原明军官绅冯铨已经得知顺军在山海关战败的消息，因此率城内军民坚决拒绝李自成部入城；顺军当然发起了进攻，但由于担心后方追兵，所以，初战未能得手，便放弃了继续进攻，然后向保定逃去。
五月初二，也就是朱由崧登基称帝以及多尔衮进入北京的当日，清军前锋在保定附近追上了顺军，双方大战一场，顺军再次战败，不得已，继续向南逃亡。
五月三日，顺军后卫与清军前锋在定州北清水河岸展开交战，此战中谷大成牺牲、左光先负伤，但总算迫使清军停下了追击脚步，李自成部这才得以安全的退往山西。
虽然接下来清军为了稳固京畿周边形势，并未立刻南下西进，但此时，大顺制将军白邦政、巡漕户政府从事方允昌对陈州、归德等地的进攻，被许定国、刘洪起等明军将帅所粉碎；大顺德州权防御使阎杰和德州牧吴征文等被诸生、明大学士谢升之弟谢陛所率领的地方民团杀死；大顺沧州守将被原明尚宝司卿程正揆率部推翻；原明职方司主事凌駉于临清起事，俘虏了大顺防御使王皇极；原明宣化镇总兵姜瓖杀死了大顺大同守将张天琳。
因此，一时间，大顺政权在直隶、山东、河南等地的统治已经处在了土崩瓦解的状态下。
所以，为了确保尚余统治区的稳定，李自成便借清军主力回缩至京畿周边的时间机会，在力所能及的范围内对反叛者进行了军事镇压----顺军在榆次、太谷、定襄等地进行了三次较大规模的屠杀，造成了总计万人的伤亡，朱由崧刚刚册封的淑妃梁氏的母族就在顺军屠戮太谷时被杀了干净----此外，顺军还大量迁徙缙绅富户，将他们从山西、河南前线，迁往了陕西西安，同时还集中兵力“分守山西诸隘”。
顺军开始收缩力量，以应对比起明军来更可怕的清军了，但南明这边却一时没有抓住反击的机会：
西线这边，朱由崧册封左良玉为武提督，命其以襄樊为基地，向北收复南阳，向西收复荆州、郧阳的诏书，差一点被左良玉给撕了，只是迫于孙传庭、路振飞率部西进的消息，左良玉才捏着鼻子承认朱由崧成为大明皇帝的现实，不过，左良玉承认了朱由崧的帝位，却也始终没有出兵北上，就此丢失了夺取襄樊的机会。
东线这边，史可法于五月初五才离京北上，行动迟缓的他于五月十五日才抵达徐州，然后，史可法在徐州以召集睢州许定国、陈州刘洪起、鹿邑刘洪礼、太康周道玄、单县徐良臣等部会攻济宁、复夺兖州的名义整整滞留了十天，这才在朱由崧派出的内监的催促下，率部北上夺取了顺军董学礼、傅龙两部一早放弃的济宁和兖州；但在夺取济宁和兖州之后，史可法除了飞檄山东、南直隶外，就再也不肯前进一步了。
按下前线将帅不肯用命不说，当年五月初四，也就是朱由崧称帝后的第三天，经过反复的磋商后，东林党暂时占多数的南京官员们向朱由崧呈报了弘光朝第一份六部尚书、侍郎、都察院左右都御史的人选名单。
朱由崧审定名单后，正式任命马士英为兵部尚书、张慎言为吏部尚书、王铎为礼部尚书、高弘图为户部尚书、周堪赓任刑部尚书、王应熊为工部尚书、顾锡畴为左都御史、吴甡为右都御史、解学龙为刑部左侍郎、吕大器为兵部右侍郎、黄配玄为工部左侍郎、练国事为户部右侍郎、毕懋康为礼部左侍郎、姜曰广为工部右侍郎、李清为工科都给事中、章正宸为礼科都给事中、黄道周为光禄寺卿······
六部侍郎以下的确还没有填满，这主要是因为东林党主张对复起某些正人君子，拿这些职务虚席以待，对此，朱由崧也是认可了，那么接下来就是弘光朝的第一大事，组建内阁了。
五月初七，关于内阁人选，南京朝堂上发生了第一次激烈冲突。
当时，东林党推举高弘图、王铎、王应熊为内阁大学士，把马士英排除在外，马士英当然十分不满，立刻冲着自诩同为帝党的诚意伯刘孔昭使了眼色，刘孔昭便自己推荐自己进入内阁，群臣以“勋臣不入阁”的祖制加以反对，刘孔昭便转而推荐马士英入阁。
刘孔昭自我推荐的举动让部分朝臣产生了某种不安，所以便在两害取其轻者的想法下，把马士英纳入了廷推上报名单。
收到这番廷推名单后，朱由崧问王铎道：“先帝庙号、谥号定了吗？福忠王的庙号、谥号定了吗？先毗的尊号定了吗？”
王铎回报道：“礼部为先帝拟了怀宗、思宗、毅宗、威宗等四个庙号，钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝、绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝两个谥号；为福忠王拟了恭宗、共宗等两个庙号，贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝、贞纯肃哲圣敬仁懿孝皇帝两个谥号，陵号熙陵；姚老娘娘尊号则也有两个，一为孝诚恭皇后、一为孝诚懿皇后；至于邹娘娘，臣等上尊号恪贞仁寿皇后。”
王铎顿了顿：“以上还请陛下审定。”
朱由崧把王铎报的尊号、庙号、谥号都写了下来，然后仔细的品砸了一番，这才说道：“先帝的庙号就定毅宗吧，谥号定绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，毅宗烈皇帝······”