孔有德部叛变之后，连续攻陷陵县、临邑、商河、齐东等地，每到一处必劫掠当地府库，释放囚犯来壮大自己的兵力，声势闹得很多，因此被此时正在平原周边地区巡视的山东巡按王道纯侦知----平原与齐东可是很近的。
王道纯立刻通知身处济南的山东巡抚余大成，可令人啼笑皆非的是，余大成居然不相信王道纯的消息，坚定的认为孔有德部不会叛变，无可奈何的王道纯只能接二连三的向济南报警，余大成觉得厌烦了，直接称病，拒绝处置这件事。
因此直到崇祯四年十二月初六，叛军攻陷青城，更多消息传到济南后，余大成才如梦初醒，意识到了问题的严重性，于是慌慌张张的派中军沈廷谕、武德参将陶廷鑨率数千人去讨贼。
十二月初八，济南和武德两部明军与孔部会战于阮城店一带，在这种紧要关头，沈廷谕居然还坐轿指挥，由此可见其麾下部队的战斗力有多“强”了，因此，一场激战下来，结果显而易见，沈廷谕部济南兵一击即溃，叛军见有机可乘，便一鼓作气的击败了陶廷鑨率领的武德兵，随后，在孔部叛军的追杀下，济南和武德两部明军几乎伤亡殆尽，沈廷谕、陶廷鑨“仅以身免”。
此时形势已经十分严重了，余大成手中没有兵，所以无计可施的他只能派部下乙邦才去招抚孔有德部----万历、天启年间，山东有兵额24700人，但崇祯二年，因为国用不足，采取了汰弱留强的方针，将山东兵裁撤至了15900名，随后的乙巳之变中，山东派遣5600名精锐入卫北京，至今未归，又为了增援大凌河，派出了水陆两师数千人，所以在孔有德叛乱并击破沈、陶两部后，山东只剩下不足4000人的部队，且分散在全省各地，根本来不及收拢了，应对孔部叛军。
桀骜不驯的叛军也知道山东实情，所以根本不想现在就被招抚，于是他们将乙邦才捆起来打了40军棍后放回，余大成见此也无可奈何，只能手忙脚乱的收拢山东各地官军，集结会剿，但这就有些缓不应急了。
作为孔有德上司和恩主的孙元化----若不是孙元化，孔有德等人在前次于东江镇叛乱时，就应该被镇压和严处了，所以从这方面说，孙元化对孔有德等人是有救命之恩的----却认为自己出面是可以招抚孔有德等人的。
所以，孙元化命令山东各地州府，不许对叛军相加一矢，以表示朝廷招安的诚意。
孔有德似乎也被感化了，在夺取阮城店之后，就再也没有沿途攻打济南到登州的州县。
于是，孙元化得意洋洋的给余大化写信道：“抚局已定，我兵不得往东一步以坏事。”
除了给余大化写信外，孙元化还解散了被余大化召集到登莱的援军，见孙元化信心十足，且孔有德部的动向也有些扑朔，所以，余大化将信将疑的也解散了会剿叛军的各路明军，坐视孔有德部于当年十二月二十二日全须全尾的抵达登州城下；只有莱州知府朱万年保持了清醒头脑，在叛军抵达登州的前10天，他便动员全城百姓严守城池，做了应变的十分准备。
十二月二十二日，孔部叛军抵达登州城下，孙元化派人携带粮秣酒肉前往叛军营地慰问并招抚，但谁也没有料到孔部一面继续忽悠孙元化，一面又连夜组织士兵攻打登州西城，幸好总兵官张可大有所警觉，率南兵严防死守，这才用大炮击败了意在偷袭夺城的孔军。
击败夜袭之敌后，张可大向孙元化痛陈厉害，建议于崇祯五年元月初一，集合各路大军合攻孔有德部，然而孙元化拒不发兵，至此，在孔部叛乱早期扼杀叛乱的最后一个机会，就这样被孙元化白白浪费了。
崇祯五年正月初二，在登州城下好整以暇的休整十日后，孔有德部再度对登州发起了进攻，孙元化这才害怕了，因此，急调张可大的南兵与张焘率领的辽兵共同迎战孔有德部，然而正当张可大所部南兵奋战之时，张焘所部辽兵又一次发挥了坑队友的天赋，独自逃跑了。
张可大部孤军奋战，虽然给予孔有德部以较大的杀伤，但包括中军管维城、游击陈良谟、守备盛洛、姚士良在内的大部分官兵都战死当场，只有张可大侥幸突围；而在张焘这边，虽然提前逃跑，但依旧有一半军士投降了孔有德。
正月初三，投降孔有德的34名明军突然出现在登州城门外，要求入城。
两军交战，投降的士兵被无缘无故的放回，本就疑点重重，但一错再错的孙元化却不顾张可大等人的劝说，对这些士兵不加甄别，一意孤行的允许这些士兵进入登州城，就这样，叛军便轻而易举的混进了登州城。
随即，这些混入登州城的叛军联络上了中军耿仲明、都司陈光福等城内原东江镇的军官，唆使他们充当内应，并于当天深夜与城外孔部叛军里应外合，不费吹灰之力，就拿下了登州的东门，至此，被明廷完善多年，可谓坚不可摧的登州城就这样落入了叛军之手。
随着登州城一并落入叛军掌握的还有各路援兵及张焘旧部在内的7000士兵、3000匹军马、10万两饷银，并由红夷大炮20余门、佛郎机炮在内的其余火炮300余门，各种火器甲仗更是不可胜数，倒是让叛军的实力一下子膨胀起来。
更为可气的是，叛军及部分城内辽民面对后金屠刀是怂的一逼，但屠杀起登州城内的其他百姓来却如狼似虎、残暴异常----明末乱世，类似的情况可不少啊，但凡是打不过后金军的，投降后金军的，对本国子民举起屠刀来，可都是连眼都不眨的----让昔日繁华的登州城，一下子就陷入了人间炼狱之中。
至于孙元化本人，据说想要挥刀自杀的，可惜跟日后水太凉一个德性，刀架在脖子上了，却始终下不去手，最终为孔有德部所俘获，而与之鲜明对比的是，总兵张可大在斩杀其妾陈氏后，果断的上吊自尽了······