“（崇祯三年）八月癸亥，上御煖阁，辅臣成基命等入对。
久之，出御平台，文武诸臣俱入；谕曰：『袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋款不战，散遣援兵，潜移喇嘛僧入城，卿等已知之；自当依律正法。今特流其妻子、兄弟，余不问』。
辅臣顿首谢。”
--------《崇祯朝实录》
崇祯帝查明民科军事专家的罪责一共有五项，其中第一项是“付托不效，专事欺隐”。
这个罪名怎么解释呢？
其实这个罪名说的是，你民科军事专家口口声声说什么“五年复辽”，结果后金兵却攻到北京城下，战争非但没有向胜利的方向迈进，却倒让身处后方的京畿地区受到了严重威胁，这是不是作为前线最高指挥官的民科军事专家的失误？
如果单纯是后金军技高一筹也就算了，毕竟战场上瞬息万变，民科军事专家也不是神，不能预料敌人的行动，可民科军事专家一开始就背着皇帝说什么“圣心焦虑，聊以是相慰尔”，这是什么意思？
难道民科军事专家，不是从一开始就准备欺君罔上吗？
崇祯帝查出民科军事专家的第二项罪责是，“市粟”，也就是资寇以粮。
天启和崇祯年间，中国北方连年天灾，百姓啃树皮，吃草根，甚至出现人吃人惨剧，明廷财政也极度困难，不得不停止了对几个蒙古部落的粮食资助。
崇祯二年，民科军事专家两次上书请求开马市，以粮资助科尔沁部，遭到崇祯的拒绝，并且警告他“西夷市买货物，明是接应东夷，藉寇资盗，岂容听许？”、“西夷通奴，讥防紧要。奏内各夷市买布帛于东，明是接应，何以制奴？着该督抚严行禁止。”
民科军事专家却认为开了马市，卖粮给科尔沁部，科尔沁部就不会“诱奴入犯蓟辽”了。
崇祯皇帝并没有同意民科军事专家将国内好不容易运到宁锦前线的粮食卖给科尔沁人的----或许是默许了----结果，民科军事专家不待北京同意就把粮食卖给了科尔沁部。
可是马市开放后不久，就有人发现了问题，证据确凿的明确告诉民科军事专家，科尔沁部已经把粮食转卖给了国中乏粮的后金后，但民科军事专家依旧不停止卖粮的行为，以至于大明千辛万苦运到前线的军粮，成了后金进攻大明的物资保证。
如果说，这还算不上卖国的话，那至少是误国殃民吧！
崇祯皇帝查明的民科军事专家的第三项罪责是“谋款不战”，也就是私自和后金议和。
事实上，民科军事专家私下里跟后金议和也不是一回两回了，早在天启年间，他就背着明廷，自行派人去后金吊唁努尔哈赤，这就是所谓的“潜移喇嘛僧入城”，结果，被后金骗了一回又一回，还是不知道悔改，不但坐视朝鲜被攻击，而且还“擅杀大将”，为后金扫除了腹背之敌、心腹之患，这就很难解释其所作所为了；当然，民科军事专家未必是为了叛国，更像是在无法完成“五年复辽”的承诺后的孤注一掷，试图以“两国议和”的成功消弭了自身的责任，明显是一而再、再而三的欺君罔上。
“散遣援兵”这一罪名，其实要分两点来说，其一，民科军事专家虽然事先说后金可能会从蓟镇实现突破，却从兵力有限的蓟州抽调兵马加强锦州防务，并且还汰淘所谓的“弱兵”，结果不但使得蓟州防务空虚，而且还让被汰淘的“弱兵”愤恨，结果正是这些被汰淘的“弱兵”在后金攻打遵化时打开城门，导致了顺天巡抚王元雅不得不自杀殉国。
其二，明知道后金已经突破蓟州防御攻入长城以南了，却不派主力驰援，只派了一个非嫡系的赵率教送死，并且，第一批援军已经开到了，民科军事专家却让他们返回原地驻防，结果导致了被朝庭寄与厚望的蓟西防线竟不经一战便完全失效。
也难怪朝野上下怀疑民科军事专家的行事动机，是不是故意放纵后金军长驱直入、围攻京师、逼迫明廷答应城下之盟。
除了以上四项可以公之于众的罪名外，还有一个不能宣之于口的罪名，那就是辽镇兵马只听民科军事专家一人指挥，民科军事专家一被抓，辽镇兵马就逃回山海关了，这tmd已经不是大明的军队了，完全是你民科军事专家的私军嘛！
十几万私军，而且位置是如此紧要的私军，你说，朝野上下能不担心害怕吗？
所以，如此多的死罪累计在一起，民科军事专家就只能是罪无可赦了。
崇祯三年八月癸亥（1630年9月22日），民科军事专家就被当众出于了“磔刑”，然后成千上万的北京市民冲上去分食了民科军事专家的血肉，以此宣泄对民科军事专家的满腔愤怒。
但东林党人和民科军事专家的幕僚们却将民科军事专家的死视作是阉党反扑的结果，再加上此前韩爌、钱龙锡等东林党高层因为受到民科军事专家的牵连----他们或是民科军事专家的举荐人，根据明代举荐制度要负责连带责任，要么曾经跟民科军事专家私下里合谋，让皇帝担心东林党是不是要用辽镇兵马做些大逆不道的事情----而被罢官免职，所以，为了洗白自身，这些人编造了大量的谎言，为民科军事专家进行粉饰，倒是搅得舆论纷纷······
鉴于江南和广东士林还是有很多人为民科军事专家打抱不平的，考虑到今后少不了还要跟东林党人对上的朱由崧命令道：“不能让东林党人在江南等处一手遮天，传我的命令下去，各报应该详细揭露袁承焕的罪行。”
王乾为难道：“世子爷，慎重啊，这么做，不但得罪了江南士绅，而且还会引起宫里的警惕，是不是有些不妥当呢1
朱由崧想起了自己在北京时被崇祯皇帝诘问的那一幕，便点头道：“你说的有些道理，这样吧，不要让三报出面，花些钱，多找些小报，但一定要把袁承焕和东林党的真面目揭示出来，尽可能的让更多百姓了解这些人光鲜的背后是何等的污浊······”