就在东北的形势再度恶化之际，万历二年正月间，四川的军事形势出现了向好的迹象。
以石砫兵为首的各路援军相继赶到了成都附近，并收复了安岳、乐至等县；在外围军事压力增加的情况下，永宁叛军内部对何去何从产生了争议，不少叛军将领认为，眼下奢军已经陷入了明军夹击的势态下，不应该拘泥于攻陷成都，而是该壮士断腕的舍弃成都，向明军力量薄弱处扩张，但奢崇明父子却不以为然，坚决要抢在明军合围前攻占成都。
在奢崇明父子拒不纳谏的情况下，奢崇明的部将罗乾象意识到奢部失败在即，于是产生了跳船逃生的念头，遂秘密与成都城内明军联络，表示愿意弃暗投明，并且反戈一击。
成都城内主持大局的四川布政使朱燮元决定接受罗象乾的投诚，并布置了一个顺势反击的计划，就这样，在当年正月二十八日的晚上，罗象乾命人在奢崇明部的营地内纵火制造混乱，而此时朱燮元便通率城内明军趁机夹攻，致“崇明父子遁走泸州，乾象遂以众来归”，由是，被围102天的成都终于解围了。
成都解围之后，朱燮元便趁着奢崇明父子溃逃、贼军人心不稳之际，迅速组织各路援兵进行追剿，进而先后恢复了资阳、内江、简州（简阳）等四十多处州县，成功的将奢崇明叛军分割在了重庆和其老巢永宁两地。
然而，正所谓按下葫芦浮起瓢，这不，正当四川的形势已经大为的好转之际，当年的正月二十七日，在听闻奢崇明已经攻陷成都的谣言之后，水西宣慰使安位之叔、实际掌握水西地方实权的安邦彦便裹挟安位起兵叛明了。
水西叛乱伊始，为了扩大自己的声势，安邦彦便自称罗甸王，然后声称自己将起兵数万攻打贵州；见水西宣慰使举起了反明大旗，周边的罗鬼、仲苗各族纷纷响应，据说一共有四十八家土司土目跟随安邦彦行动。
这些叛军很快攻陷了毕节，又夺取了安顺、龙里等地，其等的兵势很快扩大到了十余万人的规模----其实不一定都是兵，实际可能是全部男丁----并于二月初七包围了贵阳城。
当时防守贵阳的提学道刘锡玄记录道：“二月初七日，果从城楼见城飞蚁集，数万猡兵、数万仲苗，铁骑金戈，环五门外山头，于辰时扎营，午时战北门，转战东门矣······”
此时，贵阳守兵“不计三千”，守城将领便紧急“募兵四千”，但面对绝对优势的水西叛军，贵阳城还是岌岌可危，幸而抢在围城之前，总兵官张彦芳统率一部援兵冲入城中，这才让城内守军扩大到了一万余人（对外宣称2万），从而有了一守之力。
但紧接着副总兵徐时逢、参将范仲仁等部援军在强渡瓮城河时被安邦彦的叛军击败，贵阳的外援断绝，至此陷入了长达十个月的围困之中······
水西叛乱，贵阳被围的消息传到明廷，刚刚因为四川方面的好消息，而松了一口气的明廷上下再度紧张起来，是的，眼下等于明廷在三个方向用兵，这绝不是财力困顿的明政府能够承受的，于是关于放弃辽土、退守山海关的主张便成了某种主流意见。
而对于这个意见，当时主持大局的东林党人是不同意的。
要知道，天启二年正值外计之年，礼部尚书张问达和都察院左都御史邹元标等东林党人正欲借此机会追杀政治对手，此时若是朝廷放弃了整个辽西走廊，那就会在舆论上失去了道德的制高点，恐怕追杀不成，还会被三党联手反击，所以，东林党人此时是无论如何不同意放弃辽西的。
由此，某位审时度势的人物出现了，此人官位不高，不过是区区一个兵部职方司主事而已，却敢下重注押宝，所以，在众人还争论不休的时候，一个人请假骑马去观察关内外的形势，对山海关一带的山川地形进行了“细致”的调查。
由于此时后金军根本无力越过数百公里的无人区进攻山海关一线，所以此人很顺利的完成了调查，等他从山海关前线回到北京后，便高调的宣布“予我军马钱谷，我一人足守此。”
这句话实际在逻辑上存在重大问题的，但却让东林党如获至宝，便将此人从正六品主事提升到了正五品的山东按察使司佥事，调往辽东任职。
然而此人到了山海关后很快与接替王化贞担任辽东巡抚的王在晋发生了冲突。
说起来，万历二十年（1592）进士，历任中书舍人、工部署郎中事、南京礼部署郎中事、福建按察副使衔兴泉兵备道、湖广参议、湖广提学参议、浙江右参政兼佥事、浙江按察使、浙江右布政使、江西左布政使、都察院右副都御史衔巡抚山东等处督理营田提督军务、兵部侍郎的王在晋可是老干部了，在兵事也有多有经历。
因此，王在晋到任后分析了当前辽东局势，认为现而今不能指望辽镇官兵能与后金军交战，而这个交战是包括了夜战和守城的，所以，他认为必须优先考虑先确保山海关的安危，在山海关外的八里铺修建一座屏障山海关的重城，在修完八里铺后再修中前所、中前所修完修前屯，等把这七十多里辽西道给搞得固若金汤后，再派兵收复宁远，但也不是死守宁远，而是将宁远作为预警前沿，一旦侦得后金军来进犯，便撤出宁远，以漫长的补给线拖垮后金军。
王在晋的计划一开始是得到了天启帝的批准的，甚至面对王在晋要求的九十三万两白银的巨额建城费用，天启帝也从已经捉襟见肘的内库里拨出二十万两来予以部分满足。
可是，那位大言不惭的民科军事家到任之后，却看不上王在晋如此缓慢的推进之举，他认为这么做没必要，应该直接在宁远筑城并坚守宁远，然后以宁远为基地，向北推进，所以，他便置王在晋让他干的收拢难民的正经事不做，直接向叶向高打报告。
接到此人的报告后，东林党立刻派身为天启帝师的内阁大学士孙承宗出马“调查”实情了······