以神农为本草之宗的神话已经流传了几千年，近年来随着考古发掘的深入，发现一些早期古代文献的记载并非仅仅是旨在尊圣尚古，而是以历史真实性为依据的。神农和药的关系最早见于《淮南子修务训》：“神农乃始教民，尝百草之滋味，当时一日而遇七十毒，由此医方兴焉”。说尝百草，有了药而医学勃兴。后又见于《史记补。三皇本纪》：“神农氏以赭鞭鞭草木，始尝百草，始有医药”，既尊神农为三皇之一，又是医药的创始人。《世本》也说：“神农和药济人”。可见神农不只是尝百草认药，还有遣药之能。宋代刘恕又把以上诸论综合起来，他在《通外纪》中说：“民有疾病，未知药石，炎帝始味草木之滋，尝一日而遇七十毒，神而化之，遂作方书，以疗民疾，而医道立矣”。近年考古尚没有发现方书，但确认了尝百草的历史年代和活动区域，说明古人以神农尝百草之说溯本崇源言大道的立意正确不谬。
现代考古认定，距今五千至一万年前，是我国新石器时代的早、中期，即传说中的神农时代，距今五六千年是新石器时代晚期向青铜时代过渡的时期，即传说中的黄帝时代。神农、黄帝既是氏族领袖，又是氏族和部落的称号，分别代表着两个时代。神农氏族，姜姓，又称炎帝，《大戴礼记五帝德篇》又称赤帝，原是西戎族的一支，以牛为图腾。最早居住在大西北的新疆维吾尔自治区和甘肃、青海、陕西等省，炎帝族先于黄帝族自西北进入华北、中原等地区，后来又逐渐向南方转移至湖湘。炎帝族在进入中部地区时，与最早进入中部地区的南方“蛮族”的九个部落联盟的九黎族发生冲突：蚩尤是九黎族的首领，兄弟八十一人，即八十一个氏族的酋长，炎帝族被迫逃避到涿鹿，后来炎帝族与姬姓、号轩辕氏又号有熊氏的黄帝族联合，在涿鹿大械斗，攻杀蚩尤。继后炎黄两族在阪泉发生了三次大冲突，黄帝族统帅以熊罴、貔貅、虎的各族打败了炎帝族，之后炎帝族逐渐在中部定居下来，延续了炎帝的文化。
神农氏族时代，以农业为主，畜牧业也是重要的部门，并有制陶、纺织等手工业，已经用弓箭，有货物交换。在陕西半坡遗址出土有石斧和骨锄，有一陶罐粟在居室内发现，另一陶钵粟是作为殉葬物放在墓葬里。在湘南，八千年前左右的澧县八十?遗址，发现稻谷和大米两万多粒，是全世界史前稻谷物发现最多的地方；还有木耒，木铲和骨铲等农具，以及木杵等加工工具，与《周易?系辞》“神及氏作，木为，揉木为耒，耒耨之利，以教天下”的记载完全相合。成书于战国中期的《尸子》说“神农氏七十世有天下”，《续三皇本纪》记载炎帝称帝“五百三十年”。近年史家据澧县八十?遗址发掘出的一些台基式建筑，认为该处曾是6500年前神农氏族的中心所在。第一代神农当是从这里出发南巡为民治病，因误尝断肠草而崩葬于长沙茶乡之尾，这也与神农氏尝百草而遇毒的传说相合。神农氏族因缔造农耕文明而被拥载为中心氏族，其子孙从此繁衍于四方。最后一代炎帝榆罔部落，因败于阪泉之战，叶落归根于先祖的寝陵附近。
据以上考古资料，足以说明中药起源于先民的农业文明时代，尝百草遇毒，果然实有其事，故《墨子贵义》说：“譬若药然草之本”，后世以此称中药学著作为“本草”。汉代把药学名著冠名《神农本草经》，既是“言大道”(《尚书孔安国序》)，又是对先人发现药物的尊崇。