1759年4月5日，黎明时分，清军开赴至哈喇哈什城附近。与此同时，一支由阿桂带领的商队护卫，在海宁的调动之下也出现在了附近，不过这两支队伍都因为突然间出现的大雾而失去了方向，这雾实在是太大了，即便面对面都很难看清对方，不过这对清军采取隐蔽行动而言，倒也不是一件坏事。
瑚尔起派人抓了几名俘虏，经询问得知，哈喇哈什的回军共有骑兵六百人，步兵百余人，但他们并不在哈喇哈什城内，而是扎营于城外十里左右的博罗齐。兵贵神速，瑚部立即趁大雾潜行，于中午绕至博罗齐敌营背后，趁其不备，发动猛袭。
直到清军冲到自己眼前，敌军才惊觉不妙，阿卜都克勒木所部有八百多人，虽然数量和战斗力要超过围攻额里齐的部队，但也比不上瑚部，事先又无防备，顿时被打得溃不成军，只得向叶尔羌方向奔逃。清军一口气追击了一百多里路，共杀敌百余人，阿卜都哈里克、霍集雅斯当场中箭身亡，负伤与阿卜都克勒木一起逃遁。
博罗齐之战一举奠定了清军在和阗的胜局，此后不需要清军再用兵，各城回人便纷纷献城归降，在最早失陷的克勒底雅，人们还将由阿卜都克勒木委任的头目抓起来献给了清军。
和阗如此顺利就得以全部收复，殊出兆惠、富德等人的意料之外，富德在给乾隆的奏报中承认，他们在刚刚派出瑚尔起时，根本没指望这么快就取胜，“未敢望成功如此之速”。这也证明，兆惠等人过于高估了敌军的实力，乾隆对形势的分析和判断是基本正确的。
其实，阿桂也早就已经从海宁那里得到了类似的分析。布拉尼敦和霍集占兄弟在得到之前的一系列失败之后，虽然从战略上还能意识到和阗附近城池的重要意义，但是在实际行动当中已经没有足够的力量去维系对这里的统治。整场战役当中，阿桂甚至没有寻觅了多少出手的机会。然后海宁在命令当中似乎也不认为他有必要掺和进这件事情当中。但作为一名清朝派驻在环球集团殖民地的官员，阿桂还是希望能够在接下来的一切的行动当中有所建树。
和阗既下，兆惠正准备遵照乾隆的最新谕旨，出兵进取叶尔羌，恰逢敌军头目和什克来降，他告诉兆惠，布拉尼敦和霍集占兄弟与浩罕汗国的关系很好，而喀什噶尔共有三条道路可通往浩罕，因此他断定他们必将逃往浩罕，同时建议兆惠，应首先进兵喀什噶尔，而不是叶尔羌。
和什克的建议与先前霍集斯的方案不同，霍集斯是主张先占领叶尔羌，认为只要控制住叶尔羌，喀什噶尔就会成为死地。不过清军初次进兵叶尔羌失利以及黑水营之围，又都表明霍集斯对布拉尼敦和霍集占兄弟的意图也不是掌握得特别透彻，倒是和什克做过喀什噶尔的伯克，或许在这方面还更胜一筹。
但这一步属于海宁的下滑，这是截然相反的从海宁的角度来讲，虽然霍集斯的战略选择带来了许多困难，但能够从根本上解决许多问题，困难这是暂时的，尤其是在足以总结经验教训的，时间到来之后，他们完全可以做出更好的部署，从技术层面上解决掉这些困难，进而达成战略上最初的构想，但清朝军队速来自认为是实时物业，因此他们因为技术上的困难而放弃了战略上最初的构想。
和什克除加以论述外，还专门绘制了地图，兆惠对照着地图进行了认真研究，最后觉得和什克言之有理，遂一面派人传檄浩罕，要求如果布拉尼敦和霍集占兄弟逃往浩罕，不得予以收留，一面改变计划，除派兵扼守和什克所说的那三条道路外，主力兵分两路，一路由他自己亲自带队，从乌什进军喀什噶尔，另外一路由富德率领，自和阗进军叶尔羌。
由于并没有按照海宁的计划进行部署，海宁属于勒令自己的良知相对采取观望态势，同时又征调其他地区的军队，增加对这一地区的威慑力量，因为他知道浩瀚韩国必然会在接下来卷入于清朝的战争当中，那样的话就会给他带来攫取中亚的绝佳机会，这个时候他是断然不能放弃这种机会的。
至于接下来发生什么，他也已经漠不关心了，由于之前他小心翼翼的没有去改变历史，所以接下来的状况大概仍然会如同历史上的那样。
1759年7月，兆惠、富德分别直逼喀什噶尔、叶尔羌。按照以往库车、黑水营的经验，他们认为即便布拉尼敦和霍集占兄弟要逃，也一定会在逃跑之前死守城池，清军势必迎来一场苦战，但结果却得知那兄弟两个在他们到达的二十天前，就各自弃城逃跑了。
原来经过一年多的反复较量，大小和卓已经对清军的战斗力存有畏惧之心，也明白自己终非清军的对手，所以早已失去了与清军继续角逐的信心和勇气。兄弟俩别的不考虑，一心只想着逃跑，至于逃跑的目的地，则与和什克所分析的一般无二，即前往浩罕。兆惠派兵扼守那三条道路是对的，但还是迟了一步，让他们两个给逃走了。
其实在布拉尼敦和霍集占兄弟出逃前，其政权在当地就已经很不得人心，特别是小和卓霍集占只信任自己从伊犁带回的人，对其他人则课税征兵，令老百姓不堪重负。
相反，清廷在平回战争中则采取了“攻心之策”，没有延续平准战争中杀戮过多的政策，乾隆在谕令中再三强调：“大兵进剿，唯欲擒获布拉尼敦、霍集占，与众无涉。”除此之外，清廷还在南疆大幅削减赋税，减轻民众负担，这些都促使回人对清军采取了极为友好的态度。据记载，兆惠军至喀什噶尔，当地人“献牛酒果饵，歌舞庆幸”，富德军至叶尔羌，“城中观者堵道，争献果饵”。
喀什噶尔、叶尔羌是天山南路的西部地区最为重要的两座城池，也是布拉尼敦和霍集占兄弟在此处的最后堡垒及叛乱基地，清军兵不血刃地收复二城，标志着整个南疆都已处于清军的控制之下，但是只要那两兄弟仍然在逃，此番战争就不能说取得彻底的胜利。在乾隆的严令下，清军兵分三路对大小和卓进行追击，其中明瑞率前锋骑兵首先追进帕米尔高原，也就是中国古代所称的葱岭，并在霍斯库鲁克岭追上了布拉尼敦和霍集占兄弟。
然而让他们意想不到的是，这两兄弟的后方部队就有六千余人，清军只有九百人，而且他们在发现遭敌追击之后立刻跑到了山上，清军在山下，仰攻一方肯定吃亏，明瑞便想诱敌下山，但那两兄弟已经知道清军精锐有多厉害，死活就是不下来。在劝降无效后，明瑞怕时间拖长了对己方不利，只得下令仰攻，双方打了三个小时，互用火器攻击，难分高下。
发现清军兵力不多，布拉尼敦和霍集占兄弟便打算拉开距离，重新集结后对清军进行包割围歼。明瑞是从黑水营杀出来的将领，马上便明白了敌军意图，于是将计就计，率部佯装败逃，暗地里却部署人马，寻找有利地形进行伏击。敌军不知是计，一头撞进了伏击圈，清军伏兵四起，从两侧向其放枪、射箭，明瑞也立即掉头冲杀，敌军大败，被歼五百多人，不得不“越山遁走”。
由于帕米尔高原上缺少草料，早已蓄谋逃跑的兄弟二人携带了喂马的大麦，而清军对此缺乏准备，导致战马疲乏，无力追击，但布拉尼敦和霍集占兄弟的逃走路线和方向也由此被牢牢锁定。