尽管明知若接受议和，就能立即把部队从困境中解脱出来，但兆惠仍按照乾隆的既定政策，在回信中向布拉尼敦表明态度，即朝廷这次兴兵，就是为了讨伐霍集占，布拉尼敦本不在被问罪之列，然而若是他想要议和，就必须将霍集占等人“一并擒献”送来，以示诚意。
兆惠在将回信交给来使的同时，还特地让他将乾隆的相关谕旨捧去给布拉尼敦阅看。布拉尼敦接到回信和谕旨后，就没了下文——这并不奇怪，他们兄弟二人早已联合成一体，议和都是两人共同议定好的，布拉尼敦当然不可能擒捉霍集占。
在议和未成的情况下，布拉尼敦将大队撤回喀什噶尔，用于对付布鲁特人，霍集占则率本部兵马继续对黑水营进行围困。自此之后，双方已经没有大的交战了，其实就是互相干耗着，看究竟谁耗得过谁，如果谁先支持不住倒下去，那么另外一个自然获胜。
和兆惠拼意志力，或者说与此人比约束部下的严苛程度，布拉尼敦和霍集占兄弟实在是找错了对象。一年前的伊犁突围，早已证明兆惠不但能打硬仗，而且特别擅长打苦仗、恶仗，甚至是绝处逢生的仗。
黑水营前前后后被困了整整三个月，兆惠和将士们就硬熬了三个月，其间不管发生什么困难，哪怕接近山穷水尽，都没有能够动摇他们固守待援的决心。
关于黑水营之役，清代笔记中的一段记载堪称黑历史，上面说兆惠军在被围后断粮，饥饿难忍的官兵竟然“掠人充食”，也就是抓获当地的平民，宰杀了充当粮食。这种骇人听闻的事情，其实是应该严肃谨慎的调查取证，才能够诉诸于历史记录之上的，然而，由于相关资料的缺乏，这件事情的真伪实在是难以辨识，不过有学者也认为，若认真推敲，这种说法其实并不可信，因为战前霍集占就已经将城外的回人和粮食全部移入城内，兆惠军的官兵又到哪里去掳掠回人？
再者，黑水营之围与库车之围不同，敌军基本将黑水营围得密不透风，自被围后，兆惠与阿克苏方面的联络就完全中断了，倘若清军能够轻轻松松地冲出去掳掠回人，兆惠恐怕早就让他们去阿克苏报信了，又何至于要写五份同样的告急文书，专门选派五名信使分路突围？黑水营之围时，正值鄂对等人接受和阗六城的招抚，他们曾尝试派人前来与兆惠军接头，却发现包围着黑水营的回军营垒里三层外三层，且“互相结寨放枪”，根本无法进入，这也可以间接证明当时被围困的严实程度。
事实上，兆惠军从未完全断粮，否则他们不可能坚持那么长的时间，在布拉尼敦和霍集占兄弟提出议和时，兆惠的态度也不可能那么坚决。就像人们后来所评论的那样，吉人自有天相，兆惠军在黑水营得到了上天的不少眷顾，其中之一就是意外地得到了一批粮食：扎营时，他们在施工的二十余处地方都挖出了粮食，每处都有一两石米。
当地的百姓确实有掘地藏粮的习惯，据说是过去为逃避准噶尔搜括所形成的，老百姓通常将余存的粮食埋于地下，需要的时候再挖出来吃。虽说这在南疆并不稀奇，不过能这么巧，正好埋在兆惠军的扎营地点且被官兵挖出，则不能不说是一个奇迹。兆惠军在建营前，军粮就已经够支撑一两个月，再加上多出来的这批粮食以及必要时可宰食的马驼，不能说让大家吃饱吃好，但起码能维持着官兵们的生命和战斗力，使部队不致垮掉。
除此之外，黑水营还有其他“灵迹”相助。营地距叶尔羌河虽然仅有两里之遥，但在遭到铁桶式包围的情况下，官兵们都不可能到河边打水，否则只会增加无谓的伤亡。在营中的储备水以及敌军为灌营所“送”的水快用光的时候，兆惠一度也很着急犯愁，“初忧乏水”，大家试着在营地内掘井，还以为可能要费一番周折，结果随地一掘，泉水就汩汩地冒了出来，水源问题迎刃而解。
要想守住黑水营，不仅得坐地固守，还须时时抓住机会进行反击，缺乏弹药则很难做到这一点。兆惠军的弹药本来在被围之初就不足了，但这个时候敌人却帮助他们解了燃眉之急。
敌军进攻黑水营时一般不敢近身用冷兵器搏杀，都是隔着一定距离用鸟枪朝营内放枪。当时鸟枪所用的弹丸是铅丸，打出去以后捡回来还能再用，黑水营处于林中，这些铅丸大多没有打到清军，而是镶嵌在树木上或落到了枝叶间。清军伐木做饭，每砍伐一棵树，铅丸就落下一大堆，最终他们获得的铅丸竟达数万颗之多，于是他们“反用以击贼”，再不用担心弹药不够了。
“灵迹”也被兆惠有意识地用来对敌方进行夸大宣传，以打击其围困黑水营的信心和士气。后来有一位从叶尔羌城逃出的当地人就曾听人说，兆惠军共掘得粮食“一百六十窖，收马千余匹，驼千余只”，这显然都是兆惠故意放出的风声，其中挖掘到粮食虽是事实，但数量却被夸大了许多倍，所谓收得一千匹马、一千峰骆驼纯属子虚乌有，至少也是夸大其词。
兆惠一面率部固守黑水营，一面眼巴巴地期待着援兵到来，而来援的希望又主要寄托于后方能否尽快收到求援信息。
第一个负有传递信息使命的是爱隆阿，但爱隆阿本身只带一支人马，沿途还要收集台站的驻防兵，目标较大，因此一路都遭到布拉尼敦和霍集占兄弟所部的攻击，好在这些部队都是小股部队，不足以阻挠其前进，他们边打边走，直至抵达阿克苏。
在爱隆阿之前，已经有信使赶到了阿克苏，他们就是兆惠亲自选派的伊萨穆等五人。兆惠没有看走眼，五名告急使者皆为勇者中的勇者，他们不负所托，当时就一个不少地冲出了重围，之后被敌军追赶时，又凭借神乎其技的箭术和马术摆脱了追击。五个人的运气也不错，路上眼看坐骑快跑不动了，正好遇上阿克苏方面的负责人、头等侍卫舒赫德派出来探听消息的人员，于是得以“换马行走”，比爱隆阿提前一步到达阿克苏报信。
阿睦尔撒纳在还未叛乱时，就有两个前线大臣觉得他不可靠，主张将阿睦尔撒纳部的士兵及家属分开安置，这两个大臣的其中一位就是舒赫德。当时乾隆正要以阿睦尔撒纳为导引攻入准噶尔，对他们的提议很不以为然，不仅予以申斥，还进行了处分。舒赫德被降职为参赞大臣，到北疆效力，后来阿睦尔撒纳果然反叛，舒赫德又做事勤勉，遂被重新提拔，由副都统、都统一直做到兵部尚书。可是舒赫德的官运没能延续太久，因为报送的奏折行文不规范，再次遭到处分，而且这次更惨，居然由堂堂大吏降为了前线的一个小兵！
自金川战争起，乾隆便致力于用严刑峻法的办法来澄清吏治，振作营伍，像舒赫德这种轻者被降职，重臣被一抹到底的情况早已成为常态。当然，即便是暂时被降为小兵，也只是作为一种惩戒和教训，其本人实际仍处于乾隆的考察范围之内，一旦需要，仍将作为候选将官予以提拔，如在兆惠进军叶尔羌后，南疆急需用人，乾隆便又重新起用舒赫德，任命其为头等侍卫，驻守阿克苏。
乾隆反复强调他这么做，“并非有意从严”，为的是整顿官场侵贪和军营怯懦两大痼习，从而使得“文官不要钱，武官不怕死”成为官场风气。就实际效果来看，新一代八旗贵族虽然因为身份问题而得到重用——这并不能视为是一种崛起，但他们能够处理的问题仍然只占一少部分。偶尔出现兆惠这个级别的人物就已经是让人非常欣慰的事情了。不过乾隆皇帝面对这样的局面，其实也别无他法，何况前线的这些将领还不至于蠢到一无是处的地步。
舒赫德在经历几上几下，特别是自己也做过小兵后，不光是更加熟悉和了解前线实际，而且也不会像雅尔哈善等人那样高高在上，因为不把小兵放在眼里而耽误大事了。
首先赶到阿克苏的信使是一名叫五十保的士兵，身份低微，但舒赫德除认真他所携带的告急文书外，还亲自予以接见。确认黑水营的情况极其危急，他一面移文富德、阿里衮等，催促他们马步兼行，迅速赶来阿克苏，一面在将兆惠的奏报予以誊写后，连同自己的奏报，一并上奏乾隆。
由于海宁在召回，上次战败之后就另寻地方躲藏起来了，所以虽然环球集团重新回到了西域战场上，但因为兵力太少，而且位置飘渺，导致这次奏折传递仍然只能用传统的方式进行，而不能借助环球集团的通讯链路。这显然耽误了时间。