布拉尼敦和霍集占兄弟乃政教合一的首领，在当地的号召力和煽动力很强，在他们下达号令后，叶尔羌、喀什噶尔、和阗等城的数十余万回户都群起响应。当然也有例外，库车城大伯克（天山南路对官员的称呼，有大小之分，此处为城主）鄂对深感清军兵力强大，不可轻视，库车在地理位置上是进入南路腹地的门户，一旦清军征伐此地，届时库车将首当其冲，第一个倒霉。
鄂对是黑山派信徒，与作为白山派领袖的布拉尼敦和霍集占兄弟之间本身就存在隔阂，他思前想后，觉得不能给布拉尼敦和霍集占兄弟当炮灰，便带着亲信直奔伊犁投奔清军。
坐镇伊犁的兆惠已经按照乾隆的旨意，任命副都统阿敏道为回部招抚使，准备让他前去天山南路执行招抚任务。鄂对的到来及其报告让兆惠更加确信布拉尼敦和霍集占兄弟有不轨之心，但他又被另外一个渠道的不实情报所误导，以为布拉尼敦和霍集占兄弟慑于兵威，还在首鼠两端，观望形势，尚不敢贸然与清廷决裂，因而“回城地方并无事故，毋庸多带兵前往”。
兆惠让鄂对与阿敏道同行，一道前往天山南路对布拉尼敦和霍集占兄弟进行劝谕，但只交给他们一百名索伦兵和三千名厄鲁特兵。
当招抚部队行至库车城附近时，突然在路边发现了三具被害者的尸体，鄂对骑马过去一看，竟然都是他的亲属，不由下马大哭。哭完之后，他对阿敏道说：“这都是我留在库车城内的家人，如今被杀害，说明霍集占已发现我的行踪并控制了库车。我们只有八旗兵一百人，其他的厄鲁特兵都是新附的，人心不一，焉能与战？我们不能贸然进城，而应该立即报告朝廷，重新部署，这才是万全之策。”
阿敏道对此地的情况不太了解，觉得鄂对未免草木皆兵，大惊小怪，就没有听从其建议，又继续前往库车城。
不出鄂对所料，正是霍集占杀害了鄂对家人，他在控制库车城后，重新任命了库车城伯克，并增兵加以防守。清军到了库车城下一看，新任伯克克呼岱巴尔不但紧闭城门，拒绝他们入内，还派出一千多人的骑兵出城进行攻击。
阿敏道是蒙古镶红旗人，父亲在康熙朝的征讨噶尔丹之役中立下过军功，阿敏道子袭父职，在平准战争中亦屡建战功。他们这些职业军人来到此处，最不怵的就是打仗，于是当即挥师掩杀。
清军虽远道而来，却远不像霍集占所认为的那样不堪一战，转眼间，四十余名当地骑兵便人头落地，其余军队赶紧逃回了城内。
阿敏道下令包围库车城，他质问站在城头上的克呼岱巴尔，说你们为何还不归顺“天朝”。克呼岱巴尔给他打马虎眼，回答说我们早就归顺“天朝”了呀，但是准噶尔是我们的仇敌，你现在身边带着这么多厄鲁特兵，我们害怕，不敢开门，更不能放厄鲁特兵入城。
阿敏道本为招抚而来，开战并不是他的本来使命，打一打也只是要给对方一点颜色看看。听了克呼岱巴尔的话后他一琢磨，好像还真是这个理，就说既然你有此顾虑，那我进城就只带八旗兵，不带厄鲁特兵。
这一入城条件被克呼岱巴尔所接受，但却遭到鄂对等人的极力反对，认为太过冒险，如此入城恐有杀身之祸。阿敏道慨然答道：“我们的目的是招抚此处民众，只希望对国家有利，哪里还能考虑那么多呢？”当下便带着一百名索伦兵驰入城内，而鄂对等人则带着另外三千厄鲁特兵火速返回伊犁，向清廷进行报告。
阿敏道率部入城后，克呼岱巴尔即按照霍集占的指令，将他们加以软禁。乾隆闻报降旨让霍集占予以释放，霍集占料定清廷“新得准部，反侧未定”，对此置之不理。
随着准噶尔再次爆发大规模叛乱，霍集占认为“自立国”的时机已到，便准备杀害阿敏道。
克呼岱巴尔其实并非霍集占的心腹，他是先前提到的那位当地首领霍集斯的次子。霍集斯曾请求清廷释放布拉尼敦和霍集占兄弟，又帮助布拉尼敦和霍集占兄弟消灭黑山派，但霍集占并不真正信任他，而他也觉得这帮人的叛乱胜算太低，时刻想着要为自己留条后路。在霍集斯的授意之下，克呼岱巴尔向阿敏道透露了霍集占要杀害他们的消息，阿敏道及其手下死中求生，在干掉看守后逃出了库车城，可惜的是他们没能抢到战马，只能步行出逃，最终还是被霍集占所派的部队追上，一百余人全部殉难。
杀害负有招抚使命的重臣及使团成员，是布拉尼敦和霍集占兄弟公开进行叛乱的一个标志性信号，霍集占就此自称“巴图尔汗”，以反对“异教徒”为名，正式宣布叛清，一时间，天山南路黑云压城城欲摧，大有与清廷全面对抗之势。
获悉阿敏道等人被杀，招抚政策归于失败，乾隆悲愤不已，表示绝不会“忍心于死事之臣，而不为之复仇也”，同时他也绝不允许回部趁清军用兵准噶尔之际分裂割据，进而成为又一个准噶尔。不过此时第三次平准战争才刚刚打响，清军主力正集中于准噶尔，暂时无力顾及天山南路，因而当兆惠、成衮扎布等将领先后上书，要求出兵讨伐布拉尼敦和霍集占兄弟时，乾隆还是决定：“俟平定准噶尔后，再行办理。”
自1757年8月以后，准噶尔各地的叛乱被陆续平定，阿睦尔撒纳再次外逃，平准战争已经进入扫尾阶段，在这种情况下，驻准清军开始加紧对平回战争进行准备。
乾隆原定兆惠为主帅，当年年底，他命兆惠为定边将军，车布登扎布为副将军，负责率部平定天山南路的叛乱，但由于平准战争尚未完全结束，准噶尔盆地和伊犁河谷还有相当数量的阿睦尔撒纳叛军没有被消灭，兆惠请求彻底解决这部分叛军后，再进军南路。乾隆准其所请，遂改派兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，统兵对回部进行征讨。
1758年2月，在确证阿睦尔撒纳已死的情况下，乾隆正式下达了进军南路，讨伐回部叛乱的命令。在上一年的平准战争收尾中，清军大开杀戒，曾令西北风云变色，乾隆在怒气渐渐平息后，也感到如此滥杀不仅有损他和所谓“天朝上国”的声誉，也不太利于今后平叛。为了消除影响，分化敌军营垒，以减轻进军阻力，他在相关谕旨中特地申明，此次评判与平准不同，矛头只对准霍集占一人，不会株连当地无辜的普通民众，就连布拉尼敦也可以从宽处理。
按照计划，靖逆将军雅尔哈善将从吐鲁番出发，率一万余人兵进南路。雅尔哈善是平准战争中沙克都尔曼济杀降案的始作俑者，由于当时乾隆还不知道事情真相，才使他得以通过此案申报战功，并先后被授参赞大臣、兵部尚书等职，直至以靖逆将军的身份挂帅征回。
雅尔哈善是文人出身，其实他不太懂将略兵法，打仗主要靠裨将出策出力。虽然乾隆当时还不知道杀降案的真相，但他对雅尔哈善的弱点并非一无所知，之所以仍以此人为前方主帅，不是因为觉得他很强，而是认定敌人比较弱——“准噶尔等既皆铲除，则回部自可招服”。
清军以往出征，惯用“两路出击、一正一奇”的战术，起初廷臣们也仍建议两路进兵，夹攻回部，正好阿睦尔撒纳叛军已被基本消灭，兆惠也能腾出手来了，以兆惠的能力，自然可当一路。可是乾隆却认为讨伐回部不需要太多人手，同时又觉得如果一军两将，反而会造成掣肘，因此否决了廷臣们的建议，并降旨调兆惠回京，以便商办在伊犁驻军的屯田事务。
库车是清军从吐鲁番进入南疆的必经要隘，在原库车城伯克鄂对的引导下，雅尔哈善率部于当年6月进抵库车城下。城内敌将阿卜都克勒木是霍集占的心腹，指挥一千精锐骑兵及城内部众守城，雅尔哈善在招降无效后，即下令四面围城，予以强攻。
此处居民与以游牧为主的蒙古人不同，他们主要以种植小麦等农产品为生，平时都聚居于城堡内，而不是像准噶尔人一样四散游牧。按照雅尔哈善的设想，攻打固定的城池自然要比四处搜捕来得容易多了，大军一到，“自易成功”。殊料城内回兵虽然不多，但阿卜都克勒木守城却颇得古法，而且手下军队的火器也不差，喀什噶尔、叶尔羌乃联系中亚的重要商埠，当时流行于中亚的火器大量流入南疆，使得这批军队普遍都装备有鸟枪（火绳枪），在清军攻城时，他们便不断施放鸟枪，城头枪矢如雨，加上库车倚山而筑，地形险要，给清军攻城造成了极大困难。
火炮向为攻坚利器，但库车城虽是土筑城池，却是用红柳枝条、沙土密筑而成，城墙十分坚厚，连“威远将军”大炮都无法摧毁。除“威远将军”外，清军此次所携的“四大神炮”尚为前明所造，那就更不济事了，由于年代久远，炮身已不太坚固，轰击城池时炮身甚至都会自行裂开。
清军连攻两日，结果毫无成效，让雅尔哈善等人大为吃惊。参赞大臣额敏和卓原为吐鲁番的贵族，早在康熙末年，他即率众归顺清朝，随征这一年已经六十四岁，老爷子不顾年力已衰，始终奋战不止，即便脸上负伤，亦不肯轻下火线。与雅尔哈善等人不同，他对库车城的易守难攻倒是一点都不感到意外，据他介绍说，从前准噶尔围攻库车，用了整整九个月才得以攻克！
可是乾隆皇帝那里有9个月的时间可等，待他得到这个说法之后，只能将主意打到他那位老朋友身上了，于是海宁就收到了这封信件。