同时，上杉氏虎为了震慑越前、加贺两国的一向宗信徒，就下令将搜捕到的下间赖继、下间赖全、黑崎源五郎等石山本愿寺坊官、一向一揆众首领等二十余人尽数押至九龙头川南岸斩首示众。之后，他就将这些首级送往石山御坊外，令围城的今川氏定派人徇首绕石山御坊一周。
这一做法其实也是一个重要信号，那就是上杉将军家与一向一揆众之间已经完全不存在和平共处的可能，上杉将军家绝不会允许国中之国的出现，更不会给予一向一揆众休养生息、重整旗鼓的机会。
因此，上杉将军家在兼并越前一国以及加贺江沼郡之后，就腾出手来可以再度调集大军攻打石山御坊，计划一劳永逸解决盘踞在南摄津的一向宗问题。
元龟二年，八月二十日。
下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙等石山本愿寺高层因石山御坊之中粮草即将告罄，以及见城外围城的上杉军数量锐减后，便有了主动出击的想法。
首先，下间赖廉就率一万余一向一揆军与石山御坊西面的井尹直绪所部交战。
井尹直绪并没有倾尽全力与一向一揆军交锋，反而是率部稍稍退却，与邻近的朝比奈信置、朝比奈泰朝、冈部元信等部合流，共同坚守阵地，坚壁不动，使得一向一揆军无法取得进展。
此时，今川氏定派遣饭尾连龙、加贺爪政丰等部从侧翼向一向一揆军发起突袭，意图直接拦腰斩断一向一揆军。
下间赖廉见无力突破上杉军的阵地后只能率残部退回石山御坊之中，其反攻也以失败而告终。
此战之后，今川氏定为了加强石山御坊西面的防线，就从自己的领国之中调大泽基胤、小原镇实、安井定重等将归井尹直绪节制。
虽然下间赖廉率军向上杉军发起反击失败了，但他并不甘心，在第二天就趁着大风再度率军出城向上杉军发起突袭。
但这一次上杉军有了之前的经验，直接以大量铁炮、大铁炮、手铳等火器，直接对出城一向一揆军造成重创，自常乐寺证贤、定专坊了显、上原织部、八木骏河守、下间大进等数名一向一揆军有力武将以下三千余人先后丧命于上杉军的火器之下，下间赖廉为了减少损失，只能再度退回石山御坊之中。
此时的上杉军已经占据了绝对的优势。败退回石山御坊的下间赖廉也明白己方很难突破上杉军在石山御坊外构建的阵地，而播磨的一向宗信徒也无法通过海路为石山御坊输送粮草辎重。
此后，今川氏定在获得了三门佛郎机炮后，不断对石山御坊发起轰击。
从八月下旬至九月中旬，这时的石山御坊已经俨然一副地狱景象——城中粮草断绝，互相杀食，人用黄泥细者，以人油炸而食之。
虽说石山御坊已经陷入了弹尽粮绝、内外交困的窘境之中，但上杉军依旧久攻不克。
其主要原因除了今川氏定所统辖的和泉、河内之兵在此前的连续作战，已经较为疲惫的因素外，还有因八条景定、上杉氏虎二人为了不让关东八国的守备空虚，将原本用于围城的五万余军势遣返原籍。这才导致今川氏定以疲惫之师攻石山御坊如此坚固之城，自然是困难重重。
元龟二年，九月三十日。
坐镇京都的八条景定自然不能容忍石山御坊的战局持续胶着，他直接下令准备西进攻打播磨的摄津守护上杉景信节制三好康长、有马丰氏、池田直正、和田惟长等摄津诸将，以八千余军势再加西近江上穴太众（石匠团体）的后藤基国（原别所家家臣）、藤冈九兵卫等人立即南下，协助今川氏定攻打石山御坊。
而上杉景信所率的这一支生力军抵达，成为压死石山御坊守军这匹骆驼的最后一根稻草。
为了尽快攻落石山御坊，今川氏定与上杉景信所部合流之后，就以穴太众为主，对石山御坊开堀地道向御坊之中进攻。
即便守卫石山御坊外围的出丸、西之丸、东之丸等曲轮的一向一揆军仍然进行顽强的抵抗，但终究无力阻挡上杉军的凌厉攻势，先后被攻落。上杉军也因此突入石山御坊的寺内町（由东町、西町、南町、北町、清水町、桧屋町、青屋町等町以及所组成）之中。
由于寺内町中存在着大量沟壑、望楼，上杉军并没有仓促对位于寺内町中心的御影堂、阿弥陀堂进行攻击。
也就在此时，本愿寺显如不忍石山御坊之中的信徒大量被害，就说服了下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙等石山本愿寺高级坊官，并派遣使者，前往上杉军本阵，向今川氏定说明石山本愿寺方面愿意开城并退出石山御坊，希望上杉军能保全寺内町信徒的生命。
随后，本愿寺显如还与下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙、如春尼（本愿寺显如正室）、本愿寺教如等人联名写下誓书，并希望时任关白近卫前久能从中尽力斡旋。
鉴于石山御坊的寺内町房屋多达两千余间，今川氏定也担心己方军势突入其中后遭遇一向一揆军的伏击，就将此事上报至二条城中，交由自己的父亲八条景定来决断。
对于本愿寺显如准备退出石山御坊一事，景定自然是乐于见到的。
因为，本愿寺掌握了富可敌国的财富，就连葡萄牙人传教士加斯帕·费乐拉给印度耶稣会所写的报告之中就提到过“本愿寺宗主所掌握的金银数量甚多。（永禄四年八月十七日）”
在本愿寺证如担任法主时期，本愿寺就与界町的会合众合作，试图发展对明、朝鲜、琉球等周边国家进行贸易，其经济实力不亚于界町。
因此，景定想尽可能的保全石山御坊的寺内町，不让其毁于战火之中。