其中，木下秀吉还是参与了三濑之变的主要人员之一。
北畠具亲、北畠政成等人在横扫尹势一国绝大部分地区后，就节制长尾种常、细野藤敦、三濑左京进、藤方朝成、上木九郎左卫门、木俣隐岐守、茂福左卫门尉等尹势诸将迫近长岛愿证寺所割据的桑名郡以及木下秀吉所据守的一江城。
木下秀吉、木下秀长、仙石秀久（木下秀吉马廻众出身）等一江城守将之所以不愿开城投降，就是因为前来围攻的主将是北畠具亲、北畠政成等人。他们非常担心自己开城投降后会遭到北畠一族的清算，只能被迫继续坚守城池，以待时变。
不过，很快木下秀吉就发现包围一江城的上杉军表面上兵力雄厚，实际上却是混乱不堪。他当即抓住战机，派遣蜂须贺正胜、前野澄定、前野景定（前野长康之子）、松原内匠、坪内利定、大泽次郎左卫门、青山新七郎等川并众诸将趁夜向上杉军阵地发起突袭。
负责包围一江城的上木九郎左卫门、木俣隐岐守、茂福左卫门尉等人措手不及，根本无法阻止起有效的反击，大部分军势溃散而逃。
在木下势的突袭下，上杉军甚至自相践踏，还有人甚至被迫跳入木曾川或左屋川中溺亡。上木九郎左卫门、木俣隐岐守、茂福左卫门尉等人也在逃亡途中先后被木下势追上讨取。
然而，木下秀吉此举仍然是困兽犹斗，并不能一举扭转东海道诸国不利于反上杉将军家一方的局势。
就在木下秀吉击溃一江城外围的上杉军后不久，织田军于尹木城外惨败、足利嗣知被击毙、岐阜城陷落、织田信长生死不明等噩耗就传到了一江城中。
“兄长······岐阜城被上杉军攻落了······”就在一江城守将集体欢呼击退上杉军之际，木下秀长摇摇晃晃的走进了本丸大广间里，将几份书状递给了正在兴头上手舞足蹈的木下秀吉。
“小一郎你说什么？！主公他······”木下秀吉听完木下秀长的话后瞬间面如土色。
“西浓州四人众被上杉军寝反，他们还劝诱西浓州诸将倒戈，之后发兵突袭岐阜城。大殿生死不明，明智十兵卫殿也不知所踪······”木下秀长说着说着就痛哭失声起来。
“什么？！”原本一旁还在欢呼的仙石秀久、三轮吉高、梶田直繁等人犹如遭遇了晴天霹雳一般，纷纷低着头一言不发起来。
“若没有主公的赏识，我也不会从一介足轻摇身一变成为一城之主，更不会有独自领军的机会。”木下秀吉悲痛的说道。
“如今尾州仅剩这一江城还在我军的掌控之中，势州也仅剩桑名郡一郡之地。南江州诸郡多半被孤立，无法指望柴田修理亮殿出兵支援我等。”木下秀长开始绝望起来。
“当家气数已尽，我等就算是讨取了八条中务大辅也是无济于事。近畿诸州尚有上杉军本队近十万之众，上杉家甚至还能从奥羽两州征调军势经海路抵达东海道诸州。为了无害城兵、领民，还是尽早向上杉军开城投降吧。”木下秀吉在长叹一口气后，无奈的说道。
“兄长······”木下秀长话到嘴边还是停住了，他虽然不太愿意开城向上杉军投降，但如今所面临的形势已经对一江城的守军愈发不利起来。
其余守将也都没有异议，毕竟织田家的大势已去，自知在外援断绝、粮草告罄的窘境之下根本就无法继续支撑下去。他们就算是天神下凡都不可能挽狂澜于既倒，扶大厦之将倾。
于是，木下秀吉就派遣使者前往北畠具亲的本阵之中，请求投降。
北畠具亲、北畠政成等人本来就对木下秀吉击溃了一江城外围的己方军势而感到愤怒不已，如今木下秀吉竟然在突袭得手后要求投降了，这不是在戏弄他们吗？现在知道要投降了，早干嘛了？
很快，北畠具亲、北畠政成等人就想出了一条毒计——先勒令木下秀吉、木下秀长、仙石秀久、蜂须贺正胜等守将切腹自尽，而后将一江城的守军尽数驱赶至愿证寺所控制的尹势桑名郡之中。
木下秀吉、木下秀长、仙石秀久、蜂须贺正胜等守将不知是计，他们为了保全守军的生命，只好在一江城外面向岐阜城切腹自尽。
之后，北畠具亲、北畠政成等人就下令将一江城剩余的三百余守军尽数驱赶至桑名郡之中。
这时，前野澄定、前野景定、松原内匠、坪内利定、大泽次郎左卫门、青山新七郎等川并众诸将才意识到北畠具亲、北畠政成等人并没有放过他们的打算。他们随即商议趁着上杉军不备之际，突围前往南近江诸郡，前去投奔柴田胜家。
但川并众诸将的密谋很快就被北畠具亲、北畠政成等人得知，他们当即将前野澄定、前野景定、松原内匠、坪内利定、大泽次郎左卫门、青山新七郎等川并众诸将一一诛杀，以除后患。
而割据桑名郡的愿证寺显忍、下间源次郎、下间秀敏等人并不知晓上杉军为何会将一江城的守军驱逐至桑名郡，出于心软，他们还是将这三百余人尽数收留。
可这世上并没有后悔药吃，愿证寺显忍、下间源次郎、下间秀敏等人不久后就意识到这是他们做出的最后悔的决断，没有之一。
元龟元年，九月五日。
承受长期围困以及海路封锁的一向一揆众粮草本就不多，再加上多出三百余人的负担，使得一向一揆众的粮草早早耗尽了。
随着海、陆皆被上杉军封锁起来，桑名郡中已是饿殍遍地，甚至还有不少人因忍受不了而投河自尽的。
愿证寺显忍、下间源次郎、下间秀敏等人多次乞求投降，但北畠具亲、北畠政成等人并没有同意，就算是远在美浓的八条政定也对此置之不理。因为八条政定还在联合西美浓诸将围剿南近江势，并不打算介入尹势一国的战事。
北畠具亲、北畠政成二人还因此致信八条景定、上杉氏虎，自信满满的告诉他们桑名郡即将平定的消息。
元龟元年，九月二十五日。
桑名郡的一向一揆众因粮草告罄而瘦弱疲敝，不得不再一次向围困的上杉军乞求投降。
这一次，北畠具亲、北畠政成点头同意了。