天文十五年，九月五日。就当上杉政虎以佐渡守护职的身份号召佐渡三郡诸将前来羽茂郡参阵后。消息一经传开，佐渡三郡各地的国人领主、地头武士们纷至沓来，前来参阵。
还不到一天一夜的时间，潟上城城主潟上秀敏、河原田城城主河原田贞兼（本间贞兼，河原田本间家家督）、北方馆馆主主北方满繁、梅津城城主梅津真茂（涉谷真茂，梅津涉谷家家督）、谷塚城城主谷塚高纳、二方潟馆馆主土屋照邦、新穂馆馆主新穂和泉守、羽黒城城主羽黑真经（涉谷真经，羽黑涉谷家家督）、加茂城城主加茂真清（涉谷真清，加茂涉谷家家督）、歌代城城主歌代真正（涉谷真正，歌代涉谷家家督）等大大小小的佐渡三郡领主们先后率本部军势前来羽茂郡荒矶山一带参阵。
瞬间，越后上杉军的兵力便膨胀至一万一千之众，之后上杉政虎便对外号称三万大军，以壮生气。同时，河原田贞兼、羽黒真经、加茂真清、歌代真正、梅津真茂等佐渡诸将还向新任的佐渡守护上杉政虎控诉本间泰高、久知正泰（本间正泰，佐渡本间四天王之一，久知本间家家督）、下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人早有反心、骄纵不法、擅自筑城等等，并且联名上书恳请新任佐渡守护上杉政虎速速发兵征讨。
上杉政虎随即颁布了一项政策——“顺者以德服，逆者以兵临！”，只要主动降服者皆可赦免先前的罪过，但是负隅顽抗之人则尽皆杀戮。
既然有人投奔越后上杉家，那么也就有人愿意站在本间总领家和佐渡一向一揆众一方，准备与越后上杉家继续为敌。
久知城城主久知正泰与潟上秀敏、梅津真茂等人交恶已久，在见潟上秀敏、梅津真茂等人主动倒向了越后上杉家一方，并且向新任佐渡守护上杉政虎控诉自己后，他自然是极其不愿与他们为伍的。久知正泰在一气之下便主动与本间总领家和佐渡一向一揆众联络，打算作为他们的友军前去加势，并不打算就此降服越后上杉家。
但是，久知家的援军与本间总领家和佐渡一向一揆众加起来，一共也就四千五百余军势，在越后上杉家的一万一千大军面前，就显得有些杯水车薪，似乎救不了什么燃眉之急。
九月十日，越后上杉军抵达了国分寺西南方的高立川西岸，并且全军上下摆成五层阵势。
先阵为长尾景信所率的一千栖吉众，次阵为长尾为重所率的一千藏王堂众，三阵为长尾藤景所率的一千下田众，四阵为八条景定所率的两千刈羽众，五阵为上杉政虎所统帅的本队六千军势，层层巩固。
下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人在得到了本间泰高、久知正泰的援助下，自认为有了与越后上杉军一战的资本，甚至觉得上杉政虎亲临佐渡也不过如此，若是能将越后上杉军的总大将上杉政虎讨取以后，那么佐渡三郡就是他们这些一向一揆坊官们的天下了。之后，下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人以四千五百余军势从国分寺内蜂拥而出，呐喊着向严阵以待的越后上杉军发起了进攻。
先阵的长尾景信在等佐渡一向一揆众半渡高立川之后奋力迎战，但不久便假装败退，让佐渡一向一揆众从自己阵中的缺口冲了过去。随后，次阵的长尾为重也同样奋战一段时间后假装不支，让佐渡一向一揆众继续破阵而入。紧接着，三阵的长尾藤景更是依样画葫芦。最后，四阵的八条景定亦不例外。
然而，下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人所不知道的是，越后上杉军的一阵到五阵早在行军至高立川之前便已约定好了，如此一来便将突入高立川西岸的一向一揆众四千五百余军势全部分割包围了起来，大声喊打厮杀。
这时，下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人在接连率军突破越后上杉军四阵之后，才发现自己突进的竟然过于顺利了，甚至都能看得到骑着放生月毛、身穿二重织纹绫直垂、外披丝缀紫裾大铠、头戴锹形犄角头盔、腰佩白银雕饰太刀的敌方总大将上杉政虎了。
等到下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人环顾四周后便发现漫山遍野已经全是越后上杉军的旗帜和军势后，感到惊惧不已，但是却欲逃无路，方才知晓己方已是中计。下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人在忿恨之余，仍然目不斜视，舍生忘死，仿佛当此战是此世的最后一战，朝着上杉政虎的旗印所在地攻去。
在战斗中，越后上杉军各部无不奋勇当先，死战不退，反观佐渡一向一揆众的军势则是进退失据，自相践踏，乱成一团。
上杉政虎见状，认为发起全面反击的时候已经到了，随即下令挥舞乱龙旗，长尾景信、长尾藤景、长尾为重、八条景定等将在见到越后上杉军本队的乱龙旗不断挥舞后，立即率麾下军势趁机掩杀过去，佐渡一向一揆众随即大败。
此时的越后上杉军上下更是人人抢先上阵，并且大喊着：“抓住敌军大将下尾佐渡守、本间六郎太夫等重重有赏啊！”
两军战至日暮时分，佐渡一向一揆众彻底崩溃，被讨取达两千余人，其中在高立川之中溺死的更是不可胜数。先前主动投降佐渡一向一揆众的白井义延、井田寻直、南条隆景、山口光行、小泊元道、柳生则连等人见势不妙后皆选择了向越后上杉军投降，并希望复归羽茂本间家。然而上杉政虎却并不打算留着他们，直接以不忠不义为由勒令他们于国府川边切腹自尽，之后更是将他们的领地全部没收。其族人则是免除一死，全部分别发配至大须银山、鹤子银山、三川砂金山、相川金山等地充当矿工。
佐渡一向一揆众积尸数里，所搜刮佐渡三郡各地的粮草辎重、金银、军械等更是尽被丢弃在国分寺之中。下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人身旁仅剩下五十余骑。四面八方依然被越后上杉军重重包围着。眼看着己方已经大败，根本无法挽回战局，更不知还有何逃生之路。
忽然，下尾佐渡守决定率残部直捣密集如云的敌阵，竟然成功的杀出了越后上杉军所设下的重重包围。然而，下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人麾下幸存下来的二十余骑，无不浑身伤痕累累，惨不忍睹。但是，他们至中泽田川又被八条景定麾下的左控鹤军骑马武士所追及，一向一揆众再次大败。高阶师家、本间资久等人皆被八条景定所部先后讨取。
最后，下尾佐渡守更是孤身一人突围而走，他就只能继续向北不停的逃窜，打算逃往杂太郡北方的金北山藏匿，就此放弃了先前苦心设防的国分寺一带。
越后上杉军更是一路追击佐渡一向一揆众溃兵直至杂太城下，此战更是极大打击了本间总领家、久知本间家和佐渡一向一揆众的锐气。
据守在杂太城的本间泰高听闻高立川一战后佐渡一向一揆众全军覆没以及越后上杉军大军兵临城下消息后，惊惧不已，自知无法抵御上万越后上杉军袭来的他就只能急忙询问已经退隐数年的其父本间有泰（佐渡本间四天王之一）该如何应对。
而已经隐居多年的本间有泰此时此刻也想不出什么更好的办法来挽救大厦将倾的本间总领家，便只能选择带着本间总领家一族上下剃发并开城向越后上杉军投降。
本间有泰毕竟曾经与羽茂高季（本间高季，本间高信之父，佐渡本间四天王之一）一同收留过上杉政虎之父长尾为景，并且资助过一部分军势、钱粮、船只，让长尾为景东山再起。鉴于这样的情形，上杉政虎便不能对本间总领家处罚过重，只能免除本间总领家家中主战派本间泰高等人一死。但是，本间总领家位于杂太郡的四千六百石领地则是被越后上杉家尽数没收，其一门郎党也全部流放至越中新川郡，由庄田定贤、椎名景直（长尾景直，椎名康胤养子）等人负责看管。