根据学生领袖张国焘的回忆，学生队伍准备向天安门出发时，蔡元培校长曾出来劝阻。
他还谈到，一位叫易克嶷的同学当场向蔡校长痛陈学生的内心积愤，恳求校长不要阻拦大家。其他的多数同学颇感不耐烦，发出了“嘘！嘘”的吵嚷和怒骂声。
看看时间已到，张国焘忙挤向前去，高声向校长说：“示威游行势在必行，校长事先本不知道，现在不必再管了，请校长回办公室去吧。”
于是他和其他几位同学连请带推地将蔡校长拥走。
这和其他人的回忆有些不符。
据罗家伦在一文中回忆，“五月三日那一天，清华大学举行纪念典礼，许多北大的人，都到清华去参观，那天我也去了。直到晚上八九点钟才回来，不料三号那一天，邵飘萍到北大来报告，说是山东问题已经失败，在校的一班同学，于是在北河沿法科第三院召集临时会议，最初由邵飘萍报告，以后由许德珩等一班人慷慨激昂的演说，还有一个刘仁静，当时还不过十八岁，带了一把小刀，要在大会场上自杀。还有一位，要断指写血书的，于是当场主持的几个人，不能维持我们以前决定的五七发难的成议，当场议决在第二天联合各学校发动，并且当场在北大学生中推出二十个委员负责召集，我也是其中一个，由他们各学校联络进行。”
关于蔡元培，罗家伦给出的评价是：“这一次蔡孑民先生确是有一种特别的表现，就是五四事情出来以后，他不和前次一样的辞职，反而联合各大学的校长，负责的要求北京政府释放被捕的学生。”
罗家伦所说的“前次”，指的是1918年5月21日，北京大学、高等师范、工业、法政四校的学生，以及回到国内的留日学生4000多人，赴新华门向代理大总统冯国璋请愿，要求政府废除中日两国的。蔡元培闻讯后一大早来到学校加以劝阻，劝阻无效后向当时的大总统冯国璋提出辞呈，经多方挽留才答应留任。
许德珩在一文中，提供的说法大致相同：“北大校长蔡元培先生是负行政责任的人，他同情学生，而又不愿意闹得过火，……”
而根据蔡元培自己的说法，他应该也没有阻拦学生上街。
蔡元培晚年在回顾五四运动的历史时，总结自己对学生运动的看法：“五四运动发生的时候，我对于学生运动素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格，参加政治团体，不必牵涉学校。”他从1918年夏北京学生运动谈到1919年五四运动的过程，“民国七年夏间，北京各校学生曾为外交问题，结队游行，向总统府请愿；当北大学生出发时，我曾力阻他们，而他们一定要参与，我因此引咎辞职，经慰留而罢。到八年五月四日，学生又有不签字于巴黎和约与罢免亲日派曹、陆、章的主张，仍以结队游行为表示，我也就不去阻止他们了”。
张国涛说得那么具体，好像不应该有错，当然，回忆还是有可能有误的，比如把五月四日那次记成“罗家伦所说的“前次”。
但是，肯定地说，蔡元培打心底对这次活动是支持的。就算张国涛说的是真的，也不过是做做姿态而已，他毕竟是体制中人，毕竟是一校之长。
3日晚上北大学生召开大会时，蔡元培在校，他对大会的决定应该知情。
大会结束后，蔡元培“即召学生会干事狄福鼎等，嘱其转告同学，途中须严守秩序”。当时他“向狄表示，他对学生们很同情”。
5月4日上午11时左右，就在北大学生即将出发之际，教育部派员随同几个军警官员到场，意欲劝阻学生的行动。如果蔡元培出来做做样子，做为校长，不是再正常不过了吗？
因为有部员和军警到场劝阻这个小插曲，事实上北大学生是最后到达天安门广场的。
蔡元培也是个有血性的人，如果不是有碍于校长这个身份，如果不是责任所在，他肯定会走在游行的队伍里的。
因为，就在北大学生出发后不久，蔡元培接到教育总长傅增湘奉命打来的电话，“责令蔡校长召回学生，不准游行及干预政治”，并请他到部商讨对策。
蔡元培的态度很明朗，回曰：“学生爱国运动，我不忍制止。”
人也没有去教育部，4日那天，“蔡先生一日未离校，亦未进食”。
很长的时间里，意识形态在批判胡适之的时候、常把他反对学生运动当作“反动”的证据，其实当时许多人都不主张游行示威的。
鲁迅是反对的，因为他看到中国学生的游行示威的结果与外国不同，最终只能得到牺牲。
李大钊也并未走在五四游行的学生中间，因为他不希望看到太大的牺牲。
特别是鼓吹“直接行动”和“牺牲精神”的陈独秀，1918年5月21日因为北大学生不听劝阻而上街游行，曾经与蔡元培一起向教育部递交过辞呈。五四运动爆发时，已经被免去文科学长职务的陈独秀，也没有像著名报人邵飘萍那样走到前台去直接煽动学生。
有记载：“1919年6月11日晚上，陈独秀到新世界散发时，身边没有带一名青年学生，而是邀请安徽籍的成年人胡适、高一涵、程演生、邓初等人陪同前往。被捕之后他虽然表示认罪，却没有牵连到任何一个人。”
从倾向性看，蔡元培对学生运动的看法其实是比较负面的，尤其反对罢课，但五四运动于他或许是一个例外。5月4日的学生行动，可能是他在校长生涯中唯一一次“不去阻止他们”的经历。
在五四运动一周年后，各方都比较心平气和了，蔡元培在回顾五四时的一番公开讲话，仍能反映他对运动之“损失”的深深遗憾：
“人人都知道罢工、罢市损失很大，但是罢课的损失还要大”，他甚至说这场运动“实在是损失的分量突过功效”，故他告诫学生以后“无论何等问题，决不再用自杀的罢课政策”。在他看来，罢课不啻“自杀”，它杀掉的是“学问”，是“学术上的效能”，并会导致“虚荣心”，这样的损失是没法计算的，也是没法弥补的。
五四运动即使在那个时代，也应该是被肯定了的。特别是出席巴黎和平会议的代表，最终没有在合约上签字，当局为了回应民意，罢免了曹汝霖和章宗祥等后，可以说五四运动是大获全胜了。按着某些喜欢推过揽功的政客们的喜好，是要想尽办法和这运动扯上些关系，拉拉近乎的。
1924年12月4日，正在欧洲访学的蔡元培在写给傅斯年、罗家伦的回信中，坦诚地谈到了自己在五四运动中发挥的作用：“校中同人往往误以‘天之功’一部分归诸弟，而视弟之进退为有重要之关系。在弟个人观察实并不如此，就既往历史而言，六七年前，国内除教会大学而外，财力较为雄厚者惟北大一校，且校由国立而住在首都，自然优秀之教员、优秀之学生较他校为多，重以时势所迫，激刺较多，遂有向各方面发展之势力。然弟始终注重在‘研究学术’方面之提倡，于其它对外发展诸端，纯然由若干教员与若干学生随其个性所趋而自由申张，弟不过不加以阻力，非有所助力也。”
蔡元培这里的所说的“天之功”，应该是纵向的历史走向与横向的社会合力。蔡元培在这里所展现的，是自觉顺应时代潮流和社会合力，是既能兼容并包又能激流勇退的不居功的精神境界。这是很多的人最为缺乏也最为难能可贵的一种高尚境界。
蔡元培是最早发起纪念五四运动的北大人。
1920年“五四”一周年之际，他就在开辟的“五四纪念增刊”发表一文，这是蔡元培第一次比较系统地评述五四运动。
该文名为纪念，实为反省。它首先肯定学生在五四运动中发挥的先锋作用，“自去年五四运动以后，一般青年学生，抱着一种空前的奋斗精神，牺牲他们的可宝贵的光阴，忍受多少的痛苦，作种种警觉国人的工夫。这些努力，已有成效可观。维尔赛对德和约，我国大多数有知识的国民，本来多认为我国不应当屈服，但是因为学生界先有明显的表示，所以各界才继续加入，一直促成拒绝签字的结果。政府应付外交问题，利用国民公意作后援，这是第一次”。蔡元培特别肯定学生的政治的、社会的觉悟，“因为学生有了这种运动，各界人士也都渐渐注意国家的重要问题”。学生们“知道政治问题的后面，还有较重要的社会问题，所以他们努力实行社会服务，如平民学校、平民讲演，都一天比一天发达。这些事业，实在是救济中国的一种要着”。
另一方面，蔡元培又以为学生罢课损失不小，“全国五十万中学以上的学生，罢了一日课，减少了将来学术上的效能，当有几何？要是从一日到十日，到一月，他的损失，还好计算么？……至于因群众运动的缘故，引起虚荣心、倚赖心，精神上的损失，也着实不小”。权衡成效与损失之间的比重，他以为“实在是损失的分量突过功效”。
最后，蔡元培寄希望学生：“专心增进学识，修养道德，锻炼身体。如有余暇，可以服务社会，担负指导平民的责任，预备将来解决中国的—现在不能解决的—大问题，这就是我对于今年五月四日以后学生界的希望了。”
蔡元培这些对学生运动的评论，可能有些出人意料，他并没有高调赞扬学生的“五四”游行活动，而是在一扬一抑之间，对学生爱国运动作了平实的估价，显示了他作为一个职业教育家的品性。