于右任就任陕西靖国军总司令后，以张钫为副司令，井勿幕为总指挥，下辖郭坚、樊钟秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、卢占魁等六路。
十月中旬靖国军誓师讨陈，先渡渭水。渭南守将姜宏谋与胡景翼原有私交，即开城迎降，胡单骑入城接洽收编，不料是诈降，当场将胡扣留，并解往西安。
陈树藩不杀胡，要胁胡写信给他的部下投降。胡也答应写信，但他在信中使用暗号，表示自己决不投降陈树藩，于是胡的部下便推举支队长岳维峻代理司令。陈树藩派员赴胡部招抚，又派第三旅旅长李天佐到板桥，均被靖国军击毙。
民国七年十一月下旬，靖国军总指挥井勿幕，去叶荃军会商共同作战方略，归途经凤翔到兴平防地。陈树藩指使民军内奸李栋材伪造郭坚的函件，邀井到兴平南仁村开会。井大意上当，于十一月二十一日前往而中计被杀。
陕西靖国军先后受到胡景翼和井勿幕两起挫折，但仍不屈不挠，南北和会召开时，陕西靖国军的六路军在陕西境已占据很大的地盘。
其分布是：
第一路司令郭坚驻防乾县、武功、岐山、扶风、眉县。
第二路司令樊钟秀驻防盩厔。
第三路司令曹世瑛驻防交口、高陵、三原、乾城、洛川。
第四路代司令岳维峻驻防泾阳、三原、富平。
第五路司令高峻驻防郃阳、澄城、关山、兴市。
第六路司令卢占魁驻防三原、高陵、同安、耀县。
还有云南督军唐继尧所属川滇靖国军也进入平利、兴安、镇巴、紫阳一带。
而陈树藩所保有的地盘，一天比一天小。
南北两军的主要战场在湖南，陕西不算是重要战场。因为湖南战场发生了变化，段祺瑞便想在陕西开僻第二战场，借以继续南北战争。因此在和谈进行前，调遣大批北军投入陕西战场，试图在短期内消灭陕西民军。
段称陕西靖国军为土匪，不承认为南军，并把陕西的军事行动说成是剿匪，以示与南北战争无关。
段派出的先行赴陕的军队是奉军许兰州部，和会召开时，又调第四混成旅张元部开入陕西，并令甘肃督军张广建出兵长武、邠县，与驻防凤县的陕南镇守使管金聚（兵力有一混成旅），以及由四川逃到汉中的刘存厚（兵力约有两师），合力进攻靖国军。这样一来，陕西境内的北军与靖国军双方兵力共达二十万人。
和会召开前，南北双方都曾下过停战令，约束双方军队各守原防，一切问题留待和会处理。但是段祺瑞却要了一个花样，提出所谓南北两军占领区应当维持战争发生前的状态，这就是说，陕、闽、鄂西南三个地区内的南军都是在战争时期发展起来的，这些地区都应当退还北方。他又进一步提出所谓剿匪问题，诬蔑陕、闽、鄂三省南军为土匪，剿匪不是打南军，剿匪区域不应当划在停战区域内。
由于北方提出剿匪问题，南北双方于是又展开了“匪”与非“匪”的笔战。北方把郭坚、樊钟秀、卢占魁等都说成是土匪。南方质问说，难道于右任也算是土匪吗？北方承认于右任不是土匪，劝他快快离开匪巢。南方又质问说：“难道陈树藩所收编的王飞虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪吗？”
南方议和代表到上海后，提出条件，要求面停战包括陕西在内。
李纯提出五项建议：
（一）停战区域包括陕、闽、鄂三省。
（二）北方援陕、援闽军队均停止前进。
（三）双方议和总代表共同派员到陕西监视停战。
（四）陕、闽、鄂三省由双方将领划定停战区。
（五）双方在划定区域内剿匪卫民。
除了陕西停战问题外，还有一个是参战军问题。
第一次世界大战已经结束，参战问题已不存在。可是段系的人已把参战督办改为边防督办，参战军改为边防军；同时把参战借款用来编组边防军。
边防军成立了四个师，由傅良佐、曲同丰、陈文运、马良为师长。这明显是在扩充兵力，继续实行武力统一。
西南方面在和谈前即提出撤消参战督办，停止参战借款，废止中日军事协定，解散参战军等问题。
不过西南方面也知道，如果要北方履行这些条件，徐世昌是无能为力的，这样一来等于堵死和谈的路。所以，南方未把参战军问题当作先决条件，而作为议题交付和会讨论，从而表明南方是带着诚意而来。
中国派遣代表出席巴黎和会的人选问题也是南北双方争端之一。北京政.府指定以陆徵祥为代表团团长，顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组为代表。这个代表团名单中只有王正廷一人是西南方面的，西南方面曾要求加派伍朝枢和王宠惠二人为代表。
前面曾提到北方议和总代表人选问题。
本来徐世昌主张由李纯担任，皖系力反对，梁士诒也被安福系反对。
段想要王揖唐担任，王是安福系首领，西南护法就是反对安福国会，王揖唐自然不是一个适当人选。
徐世昌也不同意王揖唐为代表，称王是众议院议长，与梁士诒是参议院议长同样不适宜于担任议和总代表。
最后徐接受了梁士诒的意见。梁北返前在香.港曾和唐绍仪见过面，唐表示朱启钤是个适当人选。徐便提出朱为总代表。
王揖唐和朱启钤都是徐世昌的拜门学生，王后来变成段的死党，而朱则是旧交通系，所以和徐仍保持良好关系。
对于朱启钤为北方总代表，也曾遭致西南方面一些人的反对。
南方非常国会中约有一百名议员联名通电指责北方增兵陕、闽两省，缺乏和谈诚意；同时认为朱启钤是安福国会的副议长，又是洪宪王朝的帝制犯，表示反对。
南北双方既然在和谈前意见分岐而不能调和，因此和谈的进度非常迟缓。
这时，五国公使在北京接触频繁，准备向南北双方提出措词严厉的第二次劝告。
这个消息传出后，使段和主战派大感不安，南北的主和力量大为增加，议和问题才得急转直下。
一九一八年十二月二十九日，北方议和代表团朱启钤、吴鼎昌、王克敏、施愚、方枢、汪有龄、刘恩格、李国珍、江绍杰、徐佛苏等十人由北京动身南下。南方议和代表团唐绍仪、章士钊、胡汉民、缪嘉寿、曾彦、郭椿森、刘光烈、王伯群、彭允彝、饶鸣銮、李述膺等十一人也于一九一九年一月二十五日到达上海。
上海和会于一九一九年二月二十日上午开幕，旧德国总会会场这天布置一新，南北总代表各引所属代表鱼贯入场，相对而坐。双方代表多为旧识，如今相聚一堂，各有不同心情。
开会后先由南方总代表唐绍仪致辞说：“国内战争至今日告一结束，但推厥祸源，外力实有以助长之，旧武人派苟不借助外力，则金钱无自来，军械无从购，兄弟阋墙早言归于好矣。何至兵连祸结，延至今日，使人民痛苦，至于此极。今北方已经觉悟，开诚言和，舍旧谋新，请自今始！”
北方总代表朱启钤也接着致辞说：“民国成立以来，国家政权多握于武力派之手，故战争纷乱，迄无宁岁。迩者时势所趋，潮流所迫，将化干戈为玉帛，换刀剑以赎牛，一切干羽戈矛，皆应视为过去陈旧之骨量。从此战争当无从再起，和平统一，请视诸斯！”
南北代表致辞后，双方体代表遂起座向国旗行礼，并欢呼中华民国万岁，和平统一万岁！然后进茶点，略作寒暄而散。
二十一日正式开会，南方总代表唐绍仪首先提出陕西停战问题，双方共同推定了久居陕西的山西人、旧国会议员张瑞玑到陕西监督停战。
北方总代表朱启钤承诺立即电告北京政.府切实办到陕西停战，如果不能办到，北方议和代表愿意体辞职以谢国人。双方代表决议催促张瑞玑兼程赴陕执行监视职权。
二十二日唐绍仪又提出停止参战借款，取消参战军和宣布中日密约等问题，朱启钤也当即承诺电达北京政.府请示。
朱出发前，徐世昌一再叮嘱他努力促成议和，因此在态度上对南方表现得很迁就，姿态也很高。安福系本就反对和谈，便借此大做文章，提出朱的意见不能代表体，这就使得朱的处境愈发艰难。
在和会开始时，西方外交团也对北京政.府发出质问：为什么世界战争已经停止，中国还要招募参战军？是不是用以对内作战？
二十二日北京政.府答复外交团说：中国已经进行和议，不会再有内战。
徐世昌借了外交团有压力，劝段祺瑞将参战军移交陆军部管辖。因为陆军总长靳云鹏也是段系的大将，段没表示反对，但却遭到段的另一位大将，和靳云鹏水火不容的徐树铮的坚决反对。
这时候，徐世昌曾拟就一套裁兵计划。国军队有一百三十八万人，军费占去国家财政收入的五分之四，这种负担，是任何一个政.府都无法承受。
徐的计划是在和平实现后，统一的中国即向国际银行团借款裁兵，把国军队缩减为五十万人。裁兵完成后，进一步实行军民分治，军人不得兼任省长。这个计划既可减少军费支出，又可以削弱地方，加强中央政.府的控制力。
徐树铮毕竟足智多谋，他针对徐世昌的计划，向段献策，提出“保存参战军用以监督裁兵”。这样既可以拒绝南方取消参战军的要求，又免外交团的责难。
南方代表要求停止继续参战借款，段自然也不肯答应，徐世昌无力反对。因此，北京政.府以财政困难，军费无着为理由拒绝了南方的要求。
关于陕西的情况，由于南方代表和陕西靖国军方而没有直接的联络，陕西靖国军和南方代表通消息只能靠邮局寄递。
唐绍仪在二月下旬所接到靖国军的报告还是这个月上旬寄邮的。
根据这些报告，北军管金聚部由凤县攻占宝鸡，继续向凤翔进攻。奉军由潼关、吊桥移向兴平、武功。刘镇华的镇嵩军则进攻盩厔。张锡元部则进攻渭南。
这说明徐世昌虽然下过停战命令，陈树藩部阳奉阴违，并未执行。而段祺瑞则继续透过参陆办公处调兵遣将。
二月二十五日唐绍仪因为陕西战争并未停止，所以向北方代表团提出严厉的质询，要求撤换反停战协议、破坏和平的陕西督军陈树藩。
二十六日唐绍仪又接到靖国军一月中旬的报告靖国军在北军强大的攻势下，先后退出乾县、盩厔、郿县、扶风。同时北军还向凤翔、岐山、蒲城、富平进攻。
南方代表团大为震动，乃宣布北方不履行停战诺言，从二十六日起停开正式会议，改开谈话会。同时郑重向北方声明，在北京政.府未撤换陈树藩以前，不讨论其它案件。