护国军前锋抵达泸州对岸的蓝田坝一带时，张敬尧带领的北洋军吴佩孚旅和川军李炳之旅已先一步进入泸州。这样，加上泸州原有的川军熊祥生旅，袁军在泸总兵力达三个旅，一万五千人之多，且其装备优良，战斗力较强。
而蔡锷所率领的中路主军仅三千多人，加上刘存厚师川军约一千五百人，川边义勇军约九百人，总数仅为五千多人。而这五千多人中，战斗力较强的只有滇军的三千人。很明显，敌我双方兵力悬殊。
于是，二月八日，会攻泸州战斗一打响，护国军就处于极为不利的境地。
袁军依仗优势兵力和早有准备，不仅有效地阻击了董鸿勋支队的侧面进攻，而且于二月九日晚派兵乘夜偷渡长江，突袭月亮岩。
刚反水的陈礼门团因军纪涣散，遇袭不敌仓惶溃退。月亮岩、蓝田坝遂相继失守，团长陈礼门羞愧自戕。
董鸿勋支队孤悬江北，后无援军，随时有被敌围歼之虞。只好于二月十一日，原路撤回纳溪。这样，护国军初次会攻泸州的计划功败垂成。
蔡锷率护国军第一军总司令部于二月五日进入永宁后，十分关注攻泸战况，却一直未得战报。后接刘存厚来电方知守泸援军已到。
蔡锷分析，敌援军到后，“则彼我兵力，相差悬殊。而助攻之川军，恐未必能如我军之勇劲，殊大可虞”。
随即命随行的炮连、警卫连及机枪排兼程行进，驰援董鸿勋部，并令后续部队何海清支队和朱德支队迅速来永宁集结待命。尽管如此，但终未挽回攻泸败局。
十二日，袁军见护国军兵力单薄，即调兵遣将，渡江进攻纳溪，将董鸿勋、刘存厚两部包围在纳溪安福街一隅，妄图将护国军一举歼灭。董、刘两部一面奋力抵抗，一面急电蔡锷派主力增援。
护国军首攻泸州不遂，蔡锷正筹划调集兵力，再攻泸州。接到纳溪救援电后，急命刘云峰抽调精锐李文汉营由叙府顺江而下支援纳溪。同时，又命第二梯团长赵又新率何海清支队、禄国藩支队，总参谋长罗佩金及第三梯团长顾品珍率朱德支队紧急增援纳溪。一场保卫纳溪的战斗就此打响。
十三日晚，李文汉营、何海清支队、禄国藩支队相继赶到纳溪，冲破敌人包围，解救董、刘两部。十七日，第三梯团第六支队长朱.德奉命率队由永宁经过两天的急行军也赶到了纳溪东面的棉花坡战场(今纳溪区棉花坡镇)，加入纳溪保卫战。
二十二日下午，蔡锷抱病率第一军司令部抵纳溪，设司令部于安福街，亲自指挥战斗。此后，护国军中路军主力与数倍于己的袁军在泸州南岸的纳溪及其周边的棉花坡、菱角塘、蓝田坝、双河场等地展开拉锯式恶战，“川南部化为战场”。
叙府得而复失，纳溪三易其手，“实吾国有枪炮后之第一战也”，曾参加此役的第三支队长的朱德后来深有体会地回忆道：“打大仗，我还是在那时学出来的。”
激战一直进行到三月初，但由于袁军源源不断增加，而护国军既无援军可用，又乏饷械、弹药补充，部队也连续作战，极度疲劳。为保存实力，蔡锷不得不接受罗佩金、刘存厚等人的建议，于三月四日命令各支队撤出纳溪及其周边地区，向永宁方向徐徐引退。
秩序井然，袁军慑于滇军威风竟不敢发一追兵。
袁军冯玉祥旅首先进入纳溪。冯玉祥本想把他的部队撤到陕西去，可是还没有行动，正赶上护国军退出纳溪，他就乘机攻入。这样一来，冯玉祥便立了大功。
三月七日，袁世凯因此而破格封冯玉祥为三等男爵，策令中称赞冯是：“忠勇奋发，极堪嘉奖。”
同日，张敬尧得授勋三位加陆军上将衔，旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田都晋级陆军中将，熊祥生部团长刘湘也得到勋五位和陆军少将。
这个时期可算是护国军最黯淡的一个时期，在袁军攻占纳溪的同时，护国军右翼军退出了綦江。广西方面龙觐光军攻占剥隘，湖南方面袁军周文炳师于三月十三日攻占麻阳。
大皇帝袁世凯这时收到的尽是捷报，最使他兴奋的，是川军统领杨起元从宁远来电。
杨起元电称：二月十三日他率部偷渡金沙江，夜袭摩鱼鲊，已由江驿过江进抵芝麻口。
袁世凯发表命令盛赞他：“出奇制胜，深入滇境，占领要隘，骁勇绝伦。”授他勋五位。
此为洪宪称帝后，这位袁皇帝最得意时期，也可说是袁世凯的回光反照。
袁军捷报频传，袁皇帝连日来情绪都处于亢奋之中。
为了鼓励前方士气，袁政.府采办了大批咸牛肉、咸猪肉、罐头食品、绍兴酒、彩缎、贡绸、金银用具、时钟、衣帽、刀剑、古玩字画、碑贴、相片、磁器等运往前线，分别慰劳将士。
对立功将领给以一等至五等荣光宝星勋章，得到勋章的人按勋章等别，每年可以分别领到年俸三千元、二千元、一千元、五百元、二百五十元。
同时发行洪宪元年六厘内国公债以充战费。
护国军退出纳溪后，袁军并没有勇气进行追击。而护国军只经过了十天的整顿，就于三月十七日卷土重来。
仅在几天之内，护国军便势如破竹地收复了江安、南川、纳溪、彭水、綦江等县。张敬尧抱头鼠窜地逃回泸州。
张敬尧是袁世凯称帝时的死党，最是替袁世凯卖力气，而蹂躏人民最凶恶的也正是他的第七师。
蔡锷曾写信谴责张敬尧说：“帝制未成，先屠百姓，何以为国？足下媚兹一人，已属罪不容死，况复虐我同胞，人将不食尔肉”
蔡锷还有公开通电，描绘袁军的种种暴行：
电一：“……逆军数千据油罗坪，经我军连日痛击，渐次溃散，余均伏匿不出。七号夜半，突有油罗坪多数百姓，纷纷渡河，团首保正亦在其中，据其口述：北军占油罗坪后，于昨午十二时大四掳掠，装运财物二十七船，每船能容百人，经三溪向綦江方面进发。又该逆军大四奸.淫，妇女扑水死者数十人。
“查油罗坪为四川天险，四周壁立，中现平原，周围八九十公里。前经张献忠之乱未遭蹂躏。自前月起，綦江富户大都迁徙入内，计其财物不下数百万。乃逆军形同盗贼，任意掳.掠.奸.淫，应请将其罪状宣布国等语。查此次我军所到之地，凡其中人民惨遭逆军种种蹂躏者，莫不泣诉军前，研讯所获俘虏，亦供认不讳，且擒逆军各官长，在其身上搜出袁逆伪谕，纵四淫掠，证据确凿，现值军事孔亟，未可逐一揭布，先请将此通电中外，使众周知……逆状如是，人道安在？凡我国民，应当怒发冲冠，速起而诛此獠也。……”
电二：“……逆军在川，奸淫掳掠，无恶不作，举其所目睹者而言，逆军败后，其散兵壕内，民间被褥、媛女衣袴，狼藉满地。其遗弃尸骸，戒指、手镯辉煌满手。非男非女，怪状难名。每至回攻紧急，或溃退时，纵火毁烧民房几成定例。旬日以来，牛背石、双合场及纳溪附郭各处，焚烧民房殆近千家。有时发见伪示，尚谓滇军纵火，贻害百姓，乞请专款赈恤等语。横暴之极，济以贪骗，人民身亲目睹，衔之刺骨。故逆军所至，迁徙一空。其步哨溃兵，常被人民挺击，舁送本军。……”
和北洋军截然不同，护国军纪律严明。这使得蔡锷率领的护国第一军在川南、川东南和湘西与袁军的作战，得到了广大人民群众的支持。
护国战争爆发后，云南掀起了民众踊跃从军、踊跃输将和踊跃献钱、献粮、献物的热潮。护国军经过的地方，还承担了供应军队给养的任务。
在四川前线，护国军所到之处，当地人民更是“无不箪食以迎”。
蔡锷曾无限感慨的言道：“农民武装起来，攻击敌军运输，他们把粮食和弹药转运给我们。船夫撑船往来给我们送给养，把我们的部队摆渡过河，并且从战场上往上抬送伤兵。……逆军所至，（人民）迁徙一空。其步哨、溃兵常被人民梃击，舁送本军。口操北音之人，非十人以上，不敢径行乡镇。我军所至，人民舞蹈欢迎，逃匿妇孺，相率还家，市廛贸易骤盛。甚至火线以内，常有人民携榼馈食。各野老村妪，大率彻夜讽经，祝滇军之战胜。故俘虏供词曰：天时地利人和，都为滇军占尽，北军万无胜之理。”
蔡锷领导的护国军在川南、川东南和湘西地区不断取得胜利的消息，极大地鼓舞了国人民的反袁斗志，推动各地反袁斗争的开展。
护国军讨袁之战，完可以证明胜利不是仅凭借兵力、财力和武器。所谓只要正义在我，师直为壮，就会获得最后胜利。
蔡锷的军队，食无隔宿之粮，衣不蔽休，唯赖蔡四处驰电告贷，向地方人民高息借贷，简直是过一天才能考虑下一天。这种战争照现代眼光来看根本就不能打，可是蔡等护国元勋却打得非常出色。
和镇压二次革命相比，同样的北洋军，同样的装备，战力和士气却大不一样。足见袁世凯称帝，搞复辟倒退不得人心。就算北洋军人，内心也未必没有自己的想法、看法；有多少人愿意为袁家王朝出死力呢？