上海也是北洋军的进攻的重点地区。
陈其美在上海计划讨袁时，恰逢蒋中正和张群由日本返沪，陈大喜，即与二人会商军事。张群主张先攻海军，蒋则以兵工厂为军队命脉，应先夺取兵工厂。陈其美赞成蒋计划，遂积极部署。
蒋曾在辛亥年光复上海时组织军队，旧部甚多。后因赴国外考察，乃将一手训练之部队交张群统领，张其后又赴英国考察工业，乃移交陈其美。
这时陈其美所率士兵即蒋中正当年训练者，今见蒋、张两位旧主归来，欣喜若狂，均愿接受指挥。于是蒋乃号召旧部，拥陈其美为上海讨袁军总司令。
袁世凯派海军中将郑汝成统率警卫军一千三百人驻守高昌庙兵工厂，又派海军司令李鼎新率黄浦江军舰协同保护。
陈其美宣布独立，屡劝郑汝成让出高昌庙兵工厂，郑不答应。陈乃命蒋率所部及钮永建之一团分道进攻，相持数日。讨袁军因子弹接济不及，遂告败北。其后回兵进攻吴淞，也因众寡不敌，未能获胜。
二次革命爆发后，袁大举向南方用兵，并发出两道通令（民国2年7月），第一道是致各省宣布意旨电：
“余以衰病余生，伏处已久，稍有田园之乐，自问已无事可为。此次出山，实缘事机危迫，不忍见人民陷于牛马奴隶之域，故冒万险，膺兹艰巨。
“受事以来，始终以尊重人道主义，及适合世界大势为主旨，苟可和平维持，决不轻事破裂，并非兵力有所不足，实缘民困已极，不堪再受战祸，一年以来弥缝迁就之苦衷，当为国民所共谅。
“现在财政、外交触处荆棘，国家运命旦夕可危，凡有血气之伦，自应以同舟共济之心，为披发缨冠之计，决不肯再言破坏，自取覆亡，乃若有之，则亦二三不逞之徒，生性好乱，必不能得多数国民之同情，本大总统若再曲予优容，便与此辈同为亡国祸首，非惟辜负众望，实亦矛盾初衷，惟有牺牲一身，保大局，竭我棉力，殄此么魔。诸君各膺疆寄，必有同心，愿共勉之。”
第二道是为了“赣乱”的通令：
“共和民国，以人民为主体，而人民代表，以国会为机关，政治不善，国会有监督之责，**不良，国会有弹劾之例。
“大总统由国会选举，与君主时代子孙帝王万世之业，迥不相同。今国会早开，人民代表，咸集都下，宪法未定，约法尚存，非经国会，无自发生监督之权，更无擅自立法之理，岂少数人所能自由起灭，又岂能以少数人权利之争，掩尽天下人民代表之耳目。
“此次派兵赴浔，迭经本大总统及副总统一再宣布，本末了然，何得信口雌黄，借为煽乱营私之具。
“今阅欧陽武通电，竟指国军为袁军，无国家观念，纯乎部落思想。又称蹂躏婬戮，庐墓为墟等情，九江为中外杂居之地，万目睽睽，视察之使，络绎于途，何至无所闻见。陈廷训之告急，黎兼督之派兵，各行其职，堂堂正正，何谓陰谋？孤军救援，何谓三道进兵。
“即欧陽武蒸日通电，亦云‘李烈钧到湖口，武开两团往攻’等语，安有叛徒进踞要塞，而中央**该管都督撤兵藉寇之理？岂陈廷训、刘世均近在九江之电不足为凭，而独以欧陽武远在南昌之电为足信？岂赣省三千万之生命财产，独非中华民国之人民？
“李纯所率之两团，独非江西兼督之防军？欧陽武以护军使不足，而自为都督，并称经省会公举。约法具在，无此明条，似此谬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，谁其信之！且与本大总统除乱安民之宗旨，与迭次之命令，不相符，捏词诬蔑，称兵犯顺，视**如仇敌，视国会若土苴，推翻共和，破坏民国，国公敌，万世罪人。
“独我无辜之良民，则奔走流离，不知所届。本大总统心实痛之。本大总统年逾五十，衰病侵寻。以四百兆人民之付托，茹苦年余，无非欲使黎民子孙免为牛马奴隶。此种破坏举动，本大总统在任一日，即当牺牲一切救国救民。现在正式选举，瞬将举行，虽甚不肖，断不致以兵力争擅权利，况艰辛困苦，尤无权利之可言。
“副总统兼圻重任，经本大总统委托讨逆，责有攸归，或乃视为鄂赣之争，尤非事实，仍应责成该兼督速平内乱，拯民水火，各省都督等，同心匡助，毋视中华民国为一人一家之事，毋视人民代表为可有可无之人，我五大族之生灵，或不至断送于乱徒之手。查欧陽武前日电文，词意诚恳，与此电判若两人，难保非金壬挟持，假借名义。俟派员查明再行核办。此令”。
21日又发布如下的命令：
“湖口、徐州等处暴徒倡乱，**为整肃纪纲，维持国本起见，不得不以兵力戡定，迭经先后布告。
“本大总统躬承国民付托之重，值此变出非常，荡平内乱，责无旁贷，耿耿此心，当为我国民所共谅，各友邦所悉知。惟恐传闻之异词，或以方针之未定，国民以姑息养奸所责备，外商以身命财产为隐忧，若不明白宣告，使我国人民咸知顺逆从违之所在，各外商共悉镇乱靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？
“为此通令，条举三端：一、该暴徒勾煽叛兵，僭窃土地，擅行宣布独立，破坏民国之统一，扰害地方之治安，此等行为，实为乱党，**不得不依照国家法律以兵警戒。是用兵定乱，为行使约法上之统治权，民国**当然有此责任。
“二、各国商民之通商传教，载在条约。凡有乱警地方，该地司令官均应照约实力保护，务使各外国人之身命财产，不致因乱事稍受危险。嗣后各该地方之外国人所有身命财产，如因镇压变乱而直接受有损失者，民国**必完负其责任。
“三、乱党到处勾结，如有本国人与之订立一切契约，而影响可以及于国家或一地方者，无论用何种方法，及何种名义，民国**绝不承认。以上三端，自本令发布以后，应由各该地司令官通行布告。
“仍着外交总长行文驻京各国公使查照，以副友邦热诚赞助之雅怀，而示本大总统除暴安良之至意。此令。”
当袁大举向南方用兵时，虽然已对国民党撕破了脸，满口乱党叛徒，可是独对孙中山先生还很客气。不过孙中山却不能不表示严正的态度，乃发电致袁，原电云：
“北京袁大总统鉴：文于去年北上，与公握手言欢，闻公谆谆以人民国家为念，以一日在职为苦。文谓国民属望于公，不仅在临时**而已，十年以内，大总统非公莫属。此言非仅对公言之，且对国民言之。
“自是以来，虽激昂之士，于公时有责言，文之初衷未尝少易。何图宋案发生以来，证据宣布，愕然出诸意外，不料公言与行违至于如此，既愤且懑；而公更违法借款，以作战费，无故调兵，以速战祸，异己既去，兵衅仍挑，以致东南民军，荷戈而起，众口一辞，集于公之一身。
“意公此时，必以平乱为言，故无论东南军民，未叛国家，未扰秩序，不得云乱；即使曰乱，而酿乱者谁？公于天下后世亦无以自解。公之左右陷公于不义，致有今日，此时必且劝公乘此一逞，树威雪愤。此但自为计，固未为国民计，为公计也。
“清帝辞位，公举其谋，清帝不忍人民涂炭，公宁忍之？公果欲一战成事，宜用于效忠清帝之时，不宜用于此时也。说者谓公虽欲引退，而部下牵掣，终不能决，然人各有所难，文当日辞职，推荐公于国民，固有人责言，谓文知徇北军之意，而不知顾十七省人民之付托，文于彼时，屹不为动。
“人之进退，绰有余裕，若谓为人牵掣，不能自由，苟非托辞，即为自表无能，公必不尔也。为公仆者，受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拚！杀一无辜以得天下，犹不可为，况流天下之血以从一己之欲！公今日舍辞职外，决无他策；
“昔日为任天下之重而来，今日为息天下之祸而去，出处光明，于公何憾！公能行此，文必力劝东南军民，易恶感为善意，不使公怀骑虎之虑；若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主专制之决心，反对公之一人，义无反顾。谨为最后之忠告，惟裁鉴之！”
孙中山同时发出通电一道，略云：
“北京参议院、众议院、国务院、各省都督、民政长、各军、师、旅长鉴：江西事起，南京各处以次响应，一致以讨袁为标帜……大势至此，国流血之祸系于袁氏之一身，闻袁氏决以兵力对待，是无论胜败，而生民涂炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟贻民国之祸，亦且腾各国之笑。……
“袁不宜借口部下之拥戴，而拒东南人民之要求，可断言矣。诸公维持民国，为人民所攸赖，当此人民绝续之际，望以民命为重，以国危为急，同向袁氏劝以早日辞职，以息战祸！倘袁氏执拗不听，必欲牺牲国家人民，以成一己之业，想诸公亦必不容此祸魁！文于此时，亦惟有从国民之后，义不返顾。”
二次革命是由江西肇始，赣军虽然在开始时打了一场漂亮的胜仗，可是北洋军增援后，大举猛进。相持十余日，湖口要塞司令陈廷训被袁收买，暗与北军相通。于七月二十四日晚令炮兵反击赣军。
赣军不及防备，前后受敌，不得已遂放弃湖口。二十五日北军遂入据湖口县，李烈钧虽戮力抵抗，但要塞已失，门户大开，江西已无险可守，八月十八日南昌失陷。袁世凯以李纯为江西护军使，李廷玉襄办江西军务，旅长马继增升第六师师长。