此时曾国藩正命令曾国荃和胡林翼正面攻击天京，天京久攻不下，慈禧太后非常着急，着同治皇帝数次连下诏令李鸿章前往天京支援。
李鸿章担心自已若是去了，曾家兄弟会觉得自已是在抢功，所以迟迟按兵不动。
但是帝命不可违抗，他再三思忖，决定掉头南下攻入浙江，结果惹恼了闽浙总督左宗棠，左上奏朝廷，告李鸿章“越境掠功“，由此开始，二人做了一辈子对头冤家。
五月十三日，李鸿章闻知湘军在曾国荃的好主意领导下，辛苦挖就的攻城地道将成，又因为朝廷一再催促，遂派刘士奇炮队及刘铭传、潘鼎新、周盛波等二十七营会攻天京。
十五日，曾国荃出示李鸿章发来的出兵咨札，激示众将曰“你们大家都看看，这是何物？！
这是李鸿章发来的出兵信！
别人就要来抢功劳了，我们艰苦卓绝地打了两年，你们甘心把功劳送与李鸿章吗？“
众将皆大声怒吼了“不愿意！愿尽死力，攻克天京!“
第二天，湘军终于攻克天京。
事后，曾国藩曾执手向李鸿章表示感激“愚兄弟的薄面，全依赖着你的保全啊！”
江苏肃清，湘淮军将帅均得加官进爵，李鸿章受封一等肃毅伯，赏戴双眼花翎。
太平天国失败后，在湘淮军的去留问题上，曾国藩与李鸿章采取了不同的做法。
曾国藩在攻下天京后不到一个月，就将他统率的湘军大部分遣散，当时，北方的捻军起义正如火如荼，曾国藩不顾清廷责成他再顾皖省军务的命令而毅然裁军，固然是因为湘军暮气已深，更重要的是，曾国藩担心功高震主，给自己带来杀身之祸。
而李鸿章则认为老师和我都应当与兵事相始终，留湘淮二军以防剿江南北，若大局布稳，江南江北匪患解除，仍可远征他处。他并进一步看到目前之患在内寇，长远之患在洋人，因此他主张保留湘淮军的用意，不止于靖内寇，更在于御外侮，显然比曾氏高处一筹。
同治四年(年)四月二十四日，剿捻统帅僧格林沁全军覆没于山东菏泽。
清廷即任命曾国藩为钦差大臣，北上督师剿捻，以李鸿章署理两江总督，负责调兵、筹饷等后勤事宜。
曾国藩一到前线，即采用刘铭传、李鸿章等拟定的方针，决定“以有定之兵，制无定之寇“，在安徽临淮、河南周口、江苏徐州、山东济宁四镇屯扎重兵，一省有急，三省往援。
后来，曾国藩又在运河、黄海、沙河和贾鲁河一带分兵设防，实行“画河圈地“之策。
但是，一方面，当时捻军正值势旺，作战快速多变，枯守堵御一时难以奏效；另一方面，曾国藩也无法有效指挥淮军。
因此，历时一年半，曾国藩督师无功，清廷不得不于五年(年)十一月初一，改命李鸿章为钦差大臣，接办剿捻事务，令曾国藩仍回两江总督本任。
李鸿章上任后，淮军继续扩军，李昭庆所部一军扩至营，名武毅军此外，又借调唐仁廉马队营。合计剿捻兵力达万人。
李鸿章首先决定倾全力对付东捻军。
他虽然仍坚持采用“以静制动“的战略方针，但鉴于曾国藩分防太广，难以奏效的教训，改为扼地兜剿的战法，即力图将捻军集中之于山深水复之处，然后弃地而走以诱其深入，然后各省之军合力，三四面围困之。
此时捻军分裂为东西二路。
年十月，东捻军为李鸿章所灭，李鸿章因功赏加骑都尉世职
年六月底，西捻军也为李鸿章所灭，清廷开复李鸿章迭次降革处分，并赏加太子太保衔，授湖广总督协办大学士。
年，天津教案发生，李鸿章接替曾国藩出任直隶总督，兼任北洋通商大臣，建天津机器局。
这期间，在连年征战之余，李鸿章没有忘记他发起的洋务运动。
年，也就是同治十一年底，李鸿章抓住时机，督办创立了轮船招商局。
这是中国第一家民营轮船公司，也是中国近代最大的民用企业。
它承揽了朝廷“官物“运输一半的运量，而其随后展开的客运业竟挤垮了英美合办的旗昌公司。
在整个七八十年代，李鸿章先后创办了河北磁州煤铁矿、江西兴国煤矿、湖北广济煤矿、开平矿务局、上海机器织布局、山东峄县煤矿、天津电报总局、唐胥铁路、上海电报总局、津沽铁路、漠河金矿、热河四道沟铜矿及三山铅银矿、上海华盛纺织总厂等一系列民用企业，涉及矿业、铁路、纺织、电信等各行各业。
在经营方针上，也逐渐由官督商办转向官商合办，从客观上促进了中国资本主义的发展，是中国近代化开始的标志。
当洋人要在中国开设电报业务的时候，清朝朝野上下无不惊慌失措，以为“电报之设，深入地下，横冲直撞，四通八达，地脉既绝……“李鸿章也不允许洋人从香港铺设来的海底电缆上岸。
于是，时隔不久，由他支持铺设的中国第一条电报电缆线在大沽口到天津城之间开通了。
李鸿章能够完全不理会“地脉“，也能够完全不理会洋人，因为他知道电报业蕴藏着极高的军事和民用价值。
之后，由清朝国政府的银子作为投资、以赢利为目的的电报公司成立。
李鸿章称此举为“官督商办“，因为在中国创办拥有自主权的企业“事体重大，有裨国计民生，故需官为扶持并酌借官帑以助商力之不足“。
由于李鸿章的主持和参与，洋务派创办了中国近代第一条铁路、第一座钢铁厂、第一座机器制造厂、第一所近代化军校、第一支近代化海军舰队等。
有曾国藩和李鸿章共同创造的安庆内军械所，李鸿章创办的江南制造总局、轮船招商局。
不但促进了没落王朝的工业化，而且为在财政上捉襟见肘的政府提供了大量稳定的资金。
不过李鸿章始终没有逃脱时代对思维的束缚，李鸿章所建企业皆为官督商办体制，企业初建之时官府没有实力独立创办，便与民资合作。
待企业步入正轨，官府便想方设法排斥民资，形成官府独霸企业。
由于连年战乱政府不断从企业中抽离资金、强加冗员，长期的政策保护又使企业暮气沉沉。
这些重病缠身的企业随着外国势力的入侵和民族资本的崛起难逃悲剧命运。
不可否认，李鸿章本人和其家族在创办这些企业的时候，获利丰厚。
然而这也是人之常情，因为本来这些企业就不是清廷所有，而是民办企业。
最重要的不是这些企业到底创造了多少财富，财富为谁所有，重要的是清廷终于有了涉及矿业、铁路、纺织、电信等各行各业的制造业和通讯业，这才是资本主义开始的标志。
由于李鸿章在军事、经济和外交上的重大成就，他渐渐取代了曾国藩在清廷中的核心地位，使得曾国藩兄弟对他的怨言也渐渐滋生，尤其是当曾国荃在金陵屠城后，李鸿章向慈禧参了他一本，直接导致了曾国荃下野回家养病了，这一切都为他后来在官场上举步维艰埋下了祸根。
他数次代替了曾国藩的职务，不但没有沿着曾老师的方法继续无能为力，反而突出地显示出了自已的出色才能，这不能不让朝中议论纷纷，道是廉颇已老啊！曾国藩口中不言，心中自是深恨不已，曾国藩再也无法象当年一样称赞李鸿章了，他只能感叹青出于蓝，而胜于蓝，如今我这老师不如学生的地方太多了啊！
清朝四大名臣曾国藩，左宗棠，张之洞，李鸿章，他身为其中非常重要的一位，竟然得罪了其中两位正在掌权的实力派，更加危险的是，他还得罪了帝师翁同龢，这更是一位两朝元老，在朝中属于举足轻重的人物。
更重要的是，在得罪了上述重要人物的时候，他没有再致力于积极修复这老几位的面子问题，而是把精力投向了更为嚣张跋扈的洋务运动中去。
与这些人物关系的维护不力，更是为导致北洋水师的覆灭造成了直接根本的原因。
虽然说李鸿章得罪这老几位的原因是正当的，理直气壮的，没有任何理由指摘的，然而也正是因为如此，这老几位才无法正面与他对峙，而是选择了在关键时候对他使绊子，下刀子。
所谓的正人君子，志士仁人，爱国爱民，在自已的利益和面子问题前，都成了一张伪善的包装，撕开这张皮，哪一位不是手上鲜血淋漓，哪一位良心上不是七残八缺？
那些颂圣咏皇的篇篇诗文，那些教育子侄的封封家书，那些高谈阔论的政治策论，那些冠冕堂皇的言传身教，都一概化为乌有，都飘散在了历史那阴霾的天空中。
而随着天津教案的爆发，李鸿章再次代替曾国藩出任直隶总督时，一切仿佛已成定局，属于李鸿章的时代已经来临，而那个曾经让曾国藩颐指气使的朝廷的风向也转变了，那位垂帘听政的太后的想法似乎也变了。
曾国藩何去何从？
是该回家致仕的时候了，是该回到富厚堂再度研读的时候了，那个久候主人的豪华园林，你的主人终于要回来了！
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