多年后。鲍尔默已经得病死去。但死后，他的档案被永久储存到“超级”的存储库中，一位同样年迈的老人翻开了那则档案数据，开始阅读。
多年前，档案中就有这样一件事，后来担心恐慌就进行保密协定，档案中描写到：艾伦是地球联合军的一位科学家，在一次火星探测任务中发现了一种能在严寒中生长的太空病毒，于是他带回了实验室进行培育，研究发现这些太空病毒不仅能够处理万计信息的能力，还有某种超自然智慧意识，每个病毒细胞都具有团体意识的能力，更像一个小型社会团体，犹如蚂蚁一样。博士想用这些病毒做成“生物计算机”，但这些病毒是剧毒物质，而且在空气中快速传播，还能自我进化，收集人类意识。它们更像古代史前文明遗留下来的物种，博士惧怕这些病毒，于是把它密封了起来。但意想不到的事情发生了，航天员不知为何感染了这种病毒，各个都如同丧尸撕咬着同伴，鲍尔默的妻子也在飞船上，鲍尔默为救妻子乘坐飞行器来到了火星基地，可基地和航空站进行的fe
g锁，基地的人被强制隔离，直到死去，鲍尔默深爱着他的妻子，他不想看着妻子就这么眼睁睁的死去，于是来到了5号机组基地，当他来到基地后发现一堆堆死尸布满整个过道，尸体都有啃食大脑的痕迹，他小心翼翼来到实验仓，从仓库里发现艾伦的笔记，笔记中写道：这种病毒以往被e弹破坏，但这颗星球的碎片却降落到了火星，这些病毒重新复活了，直到航天员发现它们，它们才渐渐苏醒，它们疯狂的扩散，能够支配每个人的躯体，它们能和接触到它们的生物进行复制，产生的人类犹如克隆人，之前平行世界的人类都是埃博病毒接触到的死尸，它们究竟是哪类生物，具有这么可怕的能力，我得好好记录这些病毒……这时，他的妻子面色狰狞的向鲍尔默走来，拿着巨大的斧子浑身颤抖着，他的妻子对鲍尔默说：“既然你知道这里的一切，那也许就没有存在的必要了”说完拿着斧头向鲍尔默砍去，鲍尔默随手拿起一把手枪向妻子射去，他的妻子立马到身在地，从妻子额头的弹孔里流出一团黑色液体，鲍尔默此时心如刀绞，看着死去的妻子心里隐隐作痛。这时从舱外涌入更多和他妻子一模一样的物种，开始向着鲍尔默撕咬。这时的地球世界，不知什么原因病毒开始在地球上扩散，原先只是在动物间传播，后来只要是碳基生命都会被病毒侵蚀。
尘封多年的事解开以后，老军官丘吉尔已经知道了人类与它们之间的差异，在一个人群密集的广场上，一台巨型人脸模样的对视着一位年迈的老者，丘吉尔对着“超级”询问了一个问题：“请问，人类是否有能力跨越星河，远征这片广袤的宇宙。”
而则回答“以目前的技术暂时还不可以。”
“但如果尼比鲁斯人侵略了我们的世界，那人类最后的家园在哪？”
回答“这些事，我正在模拟一个全新的宇宙，那或许是人类的家园。”
这名军官有问了一句话：“人会面临灭绝吗？”
超级则回答：“人类的先祖具有预知未来的能力，它们是电磁脉冲生命，这些电磁脉冲生命对未来具有强烈的预知能力，它们是组成宇宙演化重要组成部分，对未来具有强烈的第六感，人类是宇宙的重要组成部分，宇宙需要人类，需要超体，创世神创造人类的同时就已经设定人类在宇宙中扮演的角色，这是不可逆的。尼比鲁斯人虽说有超越人类的技术，改变2号宇宙规律，但你们的人类的能力是无限的，或许超体还有可能跃升为下一阶段，这就看地球人类造化了，人类已经与古代神合为一体，但能否成为创世神，需要满足许多复杂条件，为此我也正在计算和思考，但能确定的是，宇宙需要这些意识体，因为这样2号宇宙才不至于到处是混沌一片”对于这件事，老官员有些不理解，而其他人的追问也没过多的回答。
在古人类研究所里，约翰的研究也有了新的成果，他对古人了解颇深：“据我所知，在远古时期，也就是3万年前，尼安德特人也曾在地球上生存，但我们的祖先智人为了扩张自己的势力范围，入侵了尼安德特人的赖以生存的土地，尼安德特人被驱除到一个孤岛，但尼安德特人不屈不挠发展出了属于自己的文明帝国，但过了许久，欧洲爆发了有史以来最大的火山爆发，占据着欧洲大片土地尼安德特人灭绝了，只要少数其他地区的尼安德特人存活了下来，而我们的祖先智人开始对尼安德特人又一次清剿，本来就为数不多的尼安德特人在那场惨烈的战争中灭亡了，只剩下了极其少数尼安德特人的科学家，为了生存，愤怒的他们在实验室制造出了虫洞，产生了时空裂缝，去往了尼比鲁斯星球，为适应尼比鲁斯星球的环境，他们将自己改造成硅基生命，从此他们就在那颗硅星繁衍生息，他们迅速成为尼比鲁斯星的主宰，建立了“罗伊”文明，随后他们便开始了蓄谋已久复仇计划，尼安德特人让自己的灵魂献给了堕落天使撒旦，将意识传输到了计算机里，最终进化为现在这个样子，病毒所形成的树，树的终端连接着一台巨型计算机，是一种神迹，是另一种文明存在的方式。他们控制操作着恶魔埃博病毒，要对整个人类文明进行报复，重新复兴尼安德特文明。”
果然，人类最顽强的敌人还是人类自己！对于尼比鲁斯人的复仇，人们清楚的认识到这是一种可怕的人类。这种超级人类在宇宙经过的种种严峻生存考验，进化处一种毫无人性的斗争欲，它们在宇宙中到处发动战争，争夺生存上的霸权。
而人类的超级“”如今已是地球大脑的网络，随着它的发展，这颗大脑已经超越人类理解的范畴，它涉及科研领域，军事领域，医学领域，生物甚至控制了部分人类大脑，这种记录着人类历史兴衰及一切，约翰曾希望它改变人类命运的事，而“超级”则选择不回答。有军事专家称：“超级”在一次与人类神经网络形成后，支配着大量机器人和里格人的思维，里格人的意识已经上传至这台超级计算机，他们在里面形成了一座“无形”的社会体系，里面相当于一个无限的宇宙，他们在里面永远的“活着”不停地为未来工作着。
“超级”繁多的量子芯片存储着各类数据及部分人类的意识，它正在秘密研究，人类意识载体是否转化为一种量子态，与整个宇宙融为一体，让整个宇宙成为意识体，一个巨大的生命体，因为仙女座的意识体已经可以创造宇宙泡了，人类是有能力与宇宙进行融合的。
而与之对抗的便是“太阳系工程”，这是代号为拯救的巨大工程。
【时间：2058年&sp;地点：地球】
联合国制定了名为"拯救"的星球计划，为未来人类生存进行铺路，而这些计划里已经完工有好些了，如太空防御圈的……建设这些伟大工程的人大部分已经死去，而他们大脑数据却上传到了云服务器，他们的意识和大脑还在不停工作着，只是如今的样子如同机器中的零件，为超级使用。
太空防御圈工程是以太阳为中心所建造的“星际长城”。这些直接长达八十二天文单位的太空建筑围绕着太阳形成一座又一座太空环，每一个环中配备有各种尖端武器，太空中大量密布着人工智能机器人。它们如同蜜蜂一般对太阳系进行巡逻，这些机器人身体中都有威力巨大的核武器，而这些人工智能机器人有些是软件构成，有些则是人类转化的意识体。
而太空环中运转能源都来自太阳，人类已经可以建造戴森球和可控核聚变，这使得人类有源源不断的能源供人类在太空使用，人类的太空城在这些太空环中安静地漂浮着，它们像海洋上的岛屿静静的耸立太空中，对外界谨慎巡视着。但威胁也即将降临。
时间：2069年11月&sp;地点火星观测塔。
在火星天文台前，七十多岁的潘教授正在一次太空辐射观测中，这时，他发现一百七十道微弱的光正向着太阳系赶来。潘教授感到一丝惊恐，觉得不像是流星，很有可能是一种外星飞船。潘教授慌忙叫醒了在公司熟睡的普雷，普雷把数据和信号调制最大，才发现那些真的是一艏艏外太空飞船在宇宙中航行，这些飞船飞行的速度大都是以光速的百分之八十前进，而他们的方向便是太阳系！在了解情况的二人，翻阅大量资料，潘教授看着恐怖的流星：“没错！它们是尼比鲁斯人！”他们没想到尼比鲁斯人已经通过虫洞到达了太阳系附近。在随后的几秒时间里，他们立刻于星际联邦太空部队联系，于是人类的太空军部队都一批一批的飞出地球，飞往在木卫二拦截前来的外星太空飞船。
与此同时，优先到达太阳系的便是尼比鲁斯人的舰队探测器，已经越过柯伊伯带。探测器里有一名尼比鲁斯人在仓内，它用超强的感知触角探索着人类防御圈，收集着地球军队的一切数据，它微微一笑，眼里透露出不可一世的藐视，它的触角唤醒了沉睡已久的埃博病毒，很快大批人类组织开始觉醒，人类叛军突然苏醒，接着它们的千年计划展开了。潜藏在星际部队人中的埃博病毒悄然苏醒，他们隐藏的很深，开始对人类的军事力量进攻！这些中毒的人类有的开始撕咬舰队军官，而那些被控制的傀儡人类叛军ev组织在尼比鲁斯人帮助下，ev实力逐渐壮大，地球叛军以出卖同胞获得生存的权力。他们惧怕尼比鲁斯人，但对人类的手段却心狠手辣，他们疯狂组织成立人类治安部队，对异己进行清除，他们称这么做是为了净化人类，让人类的物种更为有良，其实他们这么做只是为了清理地球上对他们不满的反对者，对外进行洗脑。得知消息的地球舰队对他们恨之入骨，于是人类保卫的战开始打响了，战争持续了无数个日夜。尼比鲁斯人看到这一景像，显得更加对战争的足够信心。
在尼比鲁人的帮助下，一些飞船开始叛乱对自己的飞船进行开火射击，大批航舰在不知情的情况下被攻击，大批舰队被毁。第一批地球舰队灭亡之后，人类保卫军开始对叛军进行追击，于是大批人工智能机器人对叛军进行自杀式袭击，人类的叛军也伤亡过半，但还是向着探测器飞去，迎接他们的“主”。
地球叛军乘坐着飞艇迎接尼比鲁斯人的探测器，当越过柯伊伯带，人类的叛军部队第一次见到了尼比鲁斯人造的探测器，这也是人类首次接接触外星文明的探测器，它外形像一座黑色金字塔状，周围的空间被探测器扭曲成混乱的景象，“黑色金字塔”超大质量竟让空间的扭曲变为多边形，像一个物体放在扭曲的水里，形状无规则，让外界的人永远无法摸清它真实的样子，周围的光也因为它自身强大的质量而被扭曲成弯曲的，像是无形的黑洞，在超大质量的探测器面前，叛军的飞船像一张一桶就破的薄纸。
当人类的叛军见到如同神一般的文明降临时，兴致勃勃地迎接这些探测器，许多叛军的飞船向探测器的降临表达了善意的信号，以致于对他们崇高的敬意和忠心，然而这些外星飞船对他们的行为却不屑一顾，迎接他们的将是比死亡还要可怕的深渊和绝望，他们的忠诚换来的是灭顶之灾，叛军的飞船被莫名的计算机病毒控制，所有飞船的程序出现乱码，大批飞船停机熄火，仿佛让他们禁止靠近外星探测器。此时叛军们才清楚，这个魔鬼一般的探测器是来杀他们的，醒悟的同时但以为时已晚，突然，尼比鲁斯人的探测器开始以每秒30多万公里以超越光速驰向叛军飞船反物质发动机，这些地球的叛军大部分还不知道怎么回事，眼巴巴的看着它疾驰而来却无动于衷，很快这些太空中的一百多首战舰轮番被击穿，之后产生的巨大热核爆炸从第一排战舰开始蔓延，不到二十秒，太空到处都爆发着炽热的核爆炸，大爆炸所形成的钢铁暴雨在宇宙飞浅，太空仓被压扁的人体奔放出一朵血浆花蕾，形成一颗颗鲜血红宝石，探测器每次攻击都精确锁定飞船的反物质燃料仓，一艏艏飞船接二连三被摧毁，两千多艏太空军舰全部炸翻，有些飞船的残骸撞击到另一艏战舰，而那些反叛者还在幻想着唉吼道：“主啊～你为什么抛弃我们！！”
尼比鲁斯人已经开始对这些反叛者肆意的屠杀，丝毫不考虑人类想的什么，灾难性的一幕上演了，太空反叛者在不到一分钟内全部被歼灭，他们的飞船如同燃烧的蜡烛瞬间融化，毁灭它们的只是罗伊文明的一颗探测器，天空闪烁着爆炸所形成的热浪，那里的温度高达2000万摄氏度，任何物体到了那里都会被热浪的翻滚所气化。
罗伊星人的探测器到达太阳系后，大批叛军被灭。约翰看到这一幕，内心极其沉重，他面对能力永远无法探知的外星种族，虽说它们将所有的人类叛军一一剿灭，但约翰的心里依旧是痛的，因为他知道这些人虽然是傀儡，但毕竟还是被病毒控制的人，在面对如此复杂多变的战争，年迈的约翰决定亲自上阵，带领着四十多万的太空军再次出发，浩浩荡荡的人类大军向着奥尔特星云迎击。