五影会谈结束后，佐助就带着香磷和重吾回到了木叶。而刚抵达木叶，他们就得到了三代已经去世的消息。
三代的葬礼今天刚举行，他没有看到三代的遗体，只来得及在墓碑前匆忙地献上一束雏菊。
穿着黑色丧服的木叶众人轮流拿着花献到三代的墓前，人人表情沉重，有人悲伤地直接哭了出去，却捂着嘴巴不愿发出声音。
三代的孙子木叶丸哭得满脸都是泪，咬着嘴唇倔强地无声哭泣。
等到葬礼结束，许多人离开了，但是木叶丸还一直待在目前不愿离开，鸣人也陪着他。佐助走上前去，看着低头哭泣的木叶丸叹了口气，伸手轻轻拍了拍他的脑袋。“三代大人如果看到你哭，一定会觉得难过。所以……”
木叶丸咬着牙，硬是憋回了眼泪。
他带着哭腔说道：“我不哭。”
鸣人看着三代的墓碑，神情忧郁：“佐助，谢谢你。”
“如果不是你，我或许连三代爷爷最后一面都见不到。”他说着说着眼泪掉了下来，然后又连忙抹去眼泪。
“这不需要道谢。”佐助伸手抱住鸣人。
佐助身后的香磷也走过来，抱住鸣人。
抱完了鸣人，佐助弯身抱住安静的木叶丸：“成长起来吧，木叶丸。保护你想要保护的人。”
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参加完葬礼，佐助又马上被高层拉去，进行了火影任命会议，火之国大名也在场。毕竟是正式的任命，不能像之前那样简单的用信件同意。
“那么，宇智波佐助，你现在就是正式的第五代火影了。”伴随着火之国大名的这句话的结束，佐助终于真正地继承了火影之位。不过，之后还要在村里举行上任仪式，让全村人都知道这件事。
走出了高楼的时候，佐助立马被重吾和香磷围住，正要离开，紧接着被转寝小春和水户门炎叫住了。
“佐助，你有见到过团藏吗？”水户门炎如此问道。
佐助转头看着两人，思索了一会儿后：“你们为什么要问我呢？”
转寝小春沉默了一会儿后道：“我们已经知道了团藏派人暗杀你的消息。你处置他也是应该的，只是不管怎么说，他都曾经为木叶付出了很多……所以……”
“我不知道。”佐助转头：“团藏暗杀我时，我把他重伤，至于之后他去了哪里，我也不知道。”
香磷和重吾有些意外，但却没有在外人面前说什么。
直到来到了宇智波宅，香磷才问出口。
佐助看了香磷一会儿道：“他不能活着。”
香磷忍不住微微睁大了眼睛。
“他的野心太大了。”佐助眼睛看向一棵树的树顶：“他掌管着根部，但是佩恩来袭的时候，他甚至完全没有派人保护木叶，甚至他还曾经暗杀过三代，暗杀过卡卡西老师，也暗杀过我。他做了太多僭越的事情，而至今没有被处理，只不过是因为三代大人看在同门的情谊上。水户门炎和转寝小春也是他的同学。现在三代大人死了，因为过往的情谊上，水户门炎和转寝小春必定为他求情。”佐助的眼神难得的冰冷：“不能再纵容他了。”
三代的纵容助长了团藏的放纵，现在的团藏眼里根本没有火影，他不会让他再重新回去，甚至重新掌管根部。虽然三代刚死就处理掉团藏有些不留情面，但他原先留下团藏，就是因为三代的面子。而且，不得不说，在团藏的事情上，佐助对三代是很有意见的。
“团藏的事情，你们只要记得，他在和我战斗时逃离就够了，其他的，你们什么都不知道。”
很快，木叶便匆忙举办了新的火影的上任仪式——因为临战，一切都比较简单，不过仪式的繁复与否，佐助并不看重。虽然木叶还有人担忧佐助年龄太小，是否能挑起大梁，但是年轻也有年轻的好处，能给木叶带来新的活泼的氛围。
在火影上任仪式的时候，待在台下的富岳忍不住偷偷用衣袖抹眼睛。
而在几天后，佐助便用天照焚烧了封印着团藏的卷轴。根部也同时知道了，团藏的死讯。
团藏已死，根部无人掌管，水户门炎和转寝小春来找佐助，商讨让新的人掌管根部的事情。
“现在没有时间再管根部的事情，”佐助如此说道：“紧接着便要进行忍界大战。更何况，一时间要找一个适合掌管根部的人也不容易。再者我现在也没有时间料理这种小事。倒不如暂时将根部的人编入忍者联军。等到忍界大战结束后再做打算。”
水户门炎和转寝小春听着佐助有些强硬的语调，面面相觑，最后还是妥协了。
看着水户门炎和转寝小春离开火影办公室，佐助继续埋头处理文件。
三代和团藏都已经逝去，剩下来的两个长老都没有实权，某种意义上来说已经名存实亡。佐助和他们的接触不多，也没什么感情。虽然不至于直接把他们的长老位置给撸下来，但也只是表面上给个面子罢了。
他从一开始就不准备让根恢复，根的目的是为了制衡火影，但是目前为止，暗部却缺乏对于根部的监控，导致根部成为了团藏的私人势力，做下一堆糟糕的事情。
虽然明面上火影更有话语权，但是暗地里根部却能动很多手脚。这种关系让佐助深为厌恶。
但是间谍、暗杀类的事务现在可以不管，战后却不能放着，首要的问题是解决四战的事情。而之后，他得想办法把根部的职能和暗部合并。不过……想到因为做间谍而做到迷失自我的药师兜，佐助觉得，到时候他还有很多问题得思考。
见不得光的事情容易让人思维扭曲，而团藏的解决方法就是让根部的人都抹消掉自己的感情，这种做法佐助并不认同，显然兜的例子就是对团藏解决方法最大的嘲讽。
不过暂时……
佐助叫来一个暗部成员，让他去通知根部的人关于根部暂时的处理方法，并派人协助根部完成收编入忍者联军队伍这项任务。
紧接着，佐助出发去寻找鸣人。云忍村那边已经传来关于找到奇拉比的消息，也已经告知了接下来奇拉比和鸣人要藏匿的地点的位置。他现在得让鸣人赶往那里。
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佐助找到鸣人的时候，鸣人正在和卡卡西老师一起吃拉面，一边吃还一边说话。
“你们……还真是悠闲啊。”佐助看到两人，忍不住叹了口气，上位后马上面临诸多需要处理的事情，他现在可是一个人当三个人用，忙得不行，每天的睡眠时间都只有两个小时。可不得羡慕悠闲地吃拉面的卡卡西和鸣人吗。“我可是忙得要变成陀螺了。”
“能者多劳，能者多劳。”卡卡西笑眯眯地说道。
“佐助，要一起吃拉面吗？”鸣人从拉面中抬起头来。
“不了，”佐助摇了摇头：“我这次是有事来找你。”
“对了，你身后的那个是……”鸣人看向佐助的背后。
“我的下属，”佐助说道：“叫做……”暗部的有些成员是没有名字只有代号的，卡卡西老师这样的在加入暗部前就有名字的算是例外，虽然佐助觉得这点不太人性化，但是短时间内他也没时间纠结取名字这样的问题，“大和。”
大和听到自己被冠了一个名字，理所当然地顺从了：“这次的任务，我会派他协助你，还有凯老师和另外几人。”
“任务？”鸣人歪了歪头：“什么任务？”
“这里不方便说。”
几人便转移了地点。
“实际上，四战已经快要开始了，”佐助说道。虽然木叶里没有明着传播这个消息，但是大多数人都已经知道了。组建忍者联军这么大的事情可瞒不下去。不过鸣人这样迟钝的人，大概……不知道吧。
“诶？四战？”
看吧，果然不知道。
“这次的战争是为了保护你和八尾牛鬼的宿主奇拉比。忍者联军的结论是将你们藏起来。”佐助还没说完，就被鸣人打断了。
“我不要！我已经很强了，为什么要让我躲起来啊我说！”
看着鸣人生气的样子，佐助说道：“我已经同意了。云忍村也同意了这点。”
“佐助……”鸣人委屈地看着佐助：“你怎么可以这样啊我说……”
“我并非是因为想要保护你而赞同这一点。”佐助说道：“你必须明白。奇拉比是至今为止，使用尾兽的力量最厉害的一个。而你做不到。这一次你们两个被藏在同一座小岛上。那么，你懂我的意思了吗？”
“什么？”鸣人不解。
佐助用力拍了拍鸣人的肩膀：“给我好好偷师，等学成后回来参战啊！”
鸣人原先湿润的眼睛一下子亮了起来：“哦！”
他用力扑到佐助身上，绕着佐助转了一圈后，伸手揽过佐助的脖子：“我就知道佐助你不会这么无情啊我说。佐助你太棒了！”
啊……真是麻烦死了。