经过一夜的厮杀，千余名死士尽数伏诛首犯客光先活捉侯国兴被击毙，叛军张甫被活捉参与的东林党人只有沈惟丙被活捉，其他几人全在厮杀中被砍死，张之极则在城外整顿好人马押着客光先回城向朱由校复命而此时己经是寅时五刻了，京师的明照坊、澄清坊、黄华坊、明时坊都在清理尸体和血迹死士的都堆在一起放到城外的乱葬岗去，有价值的诸如薛文周、徐彦良的尸体被分开留着送皇帝过目，住在这附近官员出门都被满地的尸体和血迹吓到了，赶紧离开这一块而在午门前官员们三五成群的讨论发生的事儿，礼部尚书孙慎行说道：“你们谁知道昨晚发生何事了吗？厮杀声和枪声吵了一晚上，老夫这一夜都没敢开门。”刑部尚书徐兆魁说道：“我倒是知道点内情，听锦衣卫的人说昨天子时客光先和侯国兴想做困兽之斗，纠集了一帮死士想杀出京城，不知道从哪里来了几拨人帮他，都被京营、五城兵马司和腾骧四卫给杀干净了。”就在这时，熊文灿和李义也出现了孙慎行赶紧过去拱手道：“熊尚书、李将军昨晚的事你们都知道了吗？”李义点点头说道：“刚刚已经听说了，昨天亥时的时候皇上就对我们讲过在客光先宅子外面留有后手，本来是以防万一没想到他客光先真的敢这么干。”孙慎行一听，算是知道了这事皇帝早就留有后手。
就在这时，鸿胪寺开始奏乐，远处传来一声“上朝！”众人开始进到乾清宫里上朝，随着朱由校的到来官员们也是齐齐跪下山呼万岁。就在此时，一名御史站出来说道：“陛下，臣毛士龙弹劾魏忠贤。”朱由校皱眉道：“你要弹劾他什么？你是不是看他不在这里便想给他罗织罪名？”毛士龙说道：“陛下，臣弹劾魏忠贤协助客光先企图逃离京城，幸亏陛下英明有了准备才没让他们逃走。”另一名官员出班道：“臣太常寺少卿刘弘化弹劾魏忠贤罗织亲信把持朝政！广招无籍，兴建内操！”然后又一名官员出班道：“臣刑科给事中解学龙弹劾魏忠贤广建生祠，目无君上！魏阉盘剥商户，以致民怨沸腾！”朱由校坐在御案上拍手道：“好好好，你们都是朕的好臣子，你们说的这些有多少是真实的？真当朕看不出来吗？”朱由校此言一出，那些说话的官员心里开始打鼓。而朱由校也是真不想跟这些道貌岸然的伪君子演戏，他们昨天晚上干了什么沈惟丙都说了，高士鹤和叶茂才现在也在诏狱里。朱由校冷冷说道：“你们能保证你们说的话都是实话吗？如果让朕知道你们说的话里有一句假的就是欺君之罪！”殿中一众心中有鬼的官员此时也不敢开口说话，朱由校见他们不说话便一拍桌子，众人被吓得一激灵。
就在众人不说话的时候，李若涟上殿说道：“陛下，锦衣卫己经审问过沈惟丙他将昨夜叛乱的首犯都招供出来了，锦衣卫已经抓住了高士鹤、叶茂才、礼部主事贺世寿、尚宝司少卿黄正宾、前翰林院修撰文震孟、原翰林院检讨顾锡畴、前翰林院庶吉士郑鄤。”说完还顿了一下看向文官一列又说道：“还有左佥都御史程正己、左通政涂一臻、毛士龙、刘弘化、解学龙。”几人一听到有他们的名字连忙跪下大喊冤枉。朱由校可不会惯着他们，说道：“既然你们说冤枉，那为什么要跪下？”朱由校又说道：“李若涟这些人的证据可有？”李若涟说道：“陛下，就在刚刚，审问完了沈惟丙把这些人在京城的落脚点全都查了一遍而且还有往来的书信和大量银子，如果陛下需要等会儿就可以让人送过来。”朱由校望着下面的一众官员说道：“众位爱卿，朕要不要把这些东西拿进来看看？”众人还是不说话，袁可立站出来说道：“陛下为了大明的中兴就应该把这些蛀虫清理出我大明朝堂。”朱由校刚要开口，李义出班说道：“陛下，臣有句话可能陛下不爱听，但臣还是要说，有句话叫水至清则无鱼，一潭水如果太清了这鱼都不敢出来觅食了，都会害怕被人一网捞起来，而水浑点这些鱼才敢出来动一动。”众人听了是一脸懵，这每个字都能听懂可连起来怎么就看不明白了。
袁可立捋了捋胡子思索了一下，说道：“陛下，臣好像是懂了武昌伯的意思，他应该是把朝堂比作是一潭清水，诸位同僚则是这水中各种各样的鱼，而陛下是水潭上捞鱼的人时刻盯着水面，这朝堂太清明诸公就像鱼一样不敢出头了，一旦做错了事陛下看得一清二楚自然不会放过他，那诸公自然会像鱼一样躲起来只要不出来陛下就挑不出错，对朝廷是百害而无一利的，可水潭里出现几条鲶鱼把水搅浑的话情况就不同了。”朱由校听得想挠头却发现隔着翼善冠挠了也没用，索性就放下手，说道：“李爱卿，你也是这个意思吗？那这些犯错的人怎么办？”李义拱手道：“陛下，咱们可以像上次对荆养乔那样，把犯小错的人履历都找出来，履历上挑不出问题的外放一地任知府或者是知县，为期三年如果他能造福地方，说明他还是有能力的自然是可以回京复命得到升迁，如果他禄禄无为或者是让当地百姓怨声载道，那陛下该杀则杀该罢就罢，履历上如果平平无奇或者像荆养乔那样不干人事的话，臣愿受累。”说完他便露出自己练了几个月的胳膊，朱由校闻言自然是同意的又让周应秋把程正己、涂一臻、毛士龙、刘弘化、解学龙的履历找出来，周应秋立刻带着吏部左侍郞一起去找，两人一拱手便出了大殿赶紧回吏部去，这个是非之地他是真不敢多待一会儿，等两人出了门，李义朝朱由校眨了眨眼睛。