永历十二年春正月，为了笼络东南，永历帝在定国的建议下，遣使册封延平郡王郑成功为招讨大将军，赐尚方剑便宜行事，其部将王秀奇为祥符伯、马信为建威伯，另封原鲁王政权兵部右侍郎张煌言为兵部左侍郎兼翰林院学士。
由于目前云、贵、川各级文武官员中，大多都是秦藩旧部，各处汛守当初也皆由孙可望所设，若想要出兵抗清就必须先行稳固内部。然而此事牵涉太广，牵一发而动全身，稍有不慎势必会削弱永历政权的稳定。
这些人在多年治理地方或是行军作战中都表现出了不错的才干，积累了丰富经验，一时半会儿间根本找不到那么多人替换。可如果不加撤换，随着孙可望降清，这些人又都是潜在的威胁，一旦清军来犯，保不准他们会不会在孙可望的劝说下临阵哗变。
在两难的抉择下，定国决定采用折中的办法，并没有展开大面积整顿，只是将部分与孙可望较为亲近的十几名文武官员给控制了起来，并将各营诸将按照军功大小重新配属部队，打乱了原先的指挥系统，又将原秦藩旧部称为“新军”，自己旧部称为“旧军”，予以分别对待。
定国此举尽管是非常时期的非常办法，但却对抗清大局缺乏全面考虑，将注意力过多放在了巩固自己在朝廷中的地位上，更是犯了临阵易将的兵家大忌，严重削弱了前线的指挥部署，引起原秦藩旧部的严重不满。
当初文秀在贵州时，对局势有着清醒的判断，他积极收拢那些溃散的原秦藩兵将，从中挑选出三万精锐，加以改编训练，用以防守前线各处隘口。正是由于文秀的豁达大度，尽管孙可望叛逃，但最终跟随他降清的不过只有五百余人，且没有一个重要将领。
由此可以看出这些原秦藩将士还是忠于大明的，本不应当心存畛域，区别对待。可定国却在处理这件事上矫枉过正，缺乏广阔的胸怀，从而导致原秦藩诸将士心灰意冷，士气更是跌落至谷底。
此时的滇都城春意盎然，似乎已经完全恢复了往日里的太平景象。待至元宵佳节，全城内外张灯结彩，花炮声声，仿佛使人感受到了冬去春来的温暖。可任凭是谁也不会想到，这居然会是永历帝在滇都度过的最后一个新春佳节，也是他此生度过的最后一段安稳岁月。
就在举城欢庆的时候，却有郎官金简、光禄少卿高绩联名上疏弹劾定国。
疏曰：“今内难虽除，外忧方大，伺我者顿刃以待两虎之毙，而我酣歌漏舟之中，熟寝积薪之上，能旦夕安耶？二王老于兵事，何泄泄若此。”
定国闻讯大怒，当即来到行宫面见永历帝，愤愤不平地自白道：“皇上，据长沙回来的细作禀报，洪承畴年老昏聩，目不能视，已是风烛残年，鞑子皇帝已然允准裁撤五省经略行辕及长沙幕府，命其即刻启程，回京养老。其后继无人，清军更是群龙无首，又如何攻我？况且云贵川之地地形险要，山川阻隔，即便清军出兵也当选在孙逆叛乱之时，如今叛乱已定，人心归附，此时来攻岂不是自寻死路？金、高二人不思为国分忧，却妄言军事，扰乱圣听，该当严加治罪！请皇上圣断！”
永历帝耐心地听定国把气撒完，然后好言劝慰了一番，这才将金简、高绩二人召入宫中，想让他们当面向定国认个错。没想到二人在定国面前依旧言辞激烈，斥责定国尽撤原秦藩之兵回滇整顿实乃本末倒置，此举必将造成前线空虚，清军长驱直入的严重后果。
定国没等二人说完，忍不住勃然大怒道：“汝等不过区区官职，从未领兵上阵，岂能如此大放厥词？臣请皇上即刻下旨将此二人一并处斩，以儆效尤！”
永历帝知道定国不比孙可望，刚刚所说不过是气话罢了，于是连忙替二人求情道：“晋王莫要动怒，念此二人也是一心为国的份上，不如就饶过他们这一回，发往军前效用，将功折罪，卿以为如何？”
定国在发了一通脾气后，怒气稍平，又见永历帝亲自开口相求，自己也不好再坚持已见，遂点头言道：“既然皇上都这么说了，微臣又岂敢自专？然而死罪可免，活罪难逃，今日若不加以杖责警示，将来不免再犯！”
在定国的坚持下，永历帝犹豫再三，正打算点头答应，谁知就在这时清廷以三十万满汉大军，裹半月粮，自楚、桂、蜀三道攻黔的军情急报陡然而至。
永历帝看过军报，脸色瞬间变得惨白，忙不迭地让身旁太监将军报递至定国手中，然后慌乱地问道：“清军兵分三路大举来犯，而今蜀王抱病，兵饷紧缺，却当如何御敌？”
定国看完军报也是一惊，大敌当前，他也顾不上再与金简、高绩二人计较了，于是挥手示意二人退下，旋即对着永历帝慨然言道：“皇上毋忧，兵来将挡水来土掩，只须依托云贵地区险要地势，定能让清军有来无回！”
在定国的安慰下，永历帝总算恢复了镇静，当即下旨召集诸臣入宫，共同商议应对之策。
且说洪承畴将从孙可望随降人员中挑选出的十九名熟悉湖南、四川、云南、贵州、广西地理者分拨给三路清军，作为向导。
其中北路以平西大将军吴三桂，率都统墨尔根、李国翰，由汉中向四川开进；中路以宁南靖寇大将军洛托、五省经略洪承畴统领，自湖南开进；南路以征南将军卓布泰、提督线国安，从广西开进，三路大军齐头并进，合击贵州。
面对这千载难逢的良机，清军这回可谓是倾尽全力，由于顾虑到定国骁勇善战，三路兵马必须有一名主帅负责统一指挥，相互协调，为此顺治帝特命信郡王多尼为安远靖寇大将军，与平郡王罗可铎、贝勒尚善、杜兰、固山额真伊尔德、阿尔津、巴思汉、卓罗等率领着大批八旗精锐南下，负责专取云南。
顺治帝更是在敕谕中明确规定，赋予多尼节制三路清军的指挥权，打算先看前期进攻贵州是否顺利，再决定大军南下攻取云南的具体日期。
进兵西南的诏书很快被八百里加急送至五省经略行辕，想到一旦攻下西南诸省，在那些新占领地区，不知有多少官位在等待着他们，长沙幕府的大小属官无不弹冠相庆，欣喜若狂。
与此同时，面对汹汹而来的清廷大军，定国也在永历帝的连番催促下，决定改派刘镇国、杨武镇守三坡、红关等各处险要，抵御北路吴三桂之军；马进忠屯驻贵州，防御湖南、广西的两路清军；他自己则统率大军留守云南，以为各路兵马之后援。
此时暂且不表，回头再说文秀，当初他正在贵州处置孙可望降清之后的善后事宜，方才刚有点头绪，却突然被永历帝急诏召回了云南。
见到文秀，永历帝非但没有好言慰劳一番，反倒是开门见山地质问起孙可望逃脱之事。文秀拖着虚弱的病体，喟然长叹道：“彼时杀败孙逆之际，不料他走小路。臣带多兵只从大路追去。及至盘江细问，把桥兵云：不曾从此过。始知走小路奔逃，只得仍从大路追下，且可望仅马上不满百人，随处有马即换，他不说大败之故，谁不应承？连夜前去。臣只一日一站追，故追不及。臣到贵州，冯双礼云已去四日矣。即再发兵追之，已莫可及，可望故此得脱。”
听完文秀的解释，永历帝皱了皱眉，低头沉默了良久方才带着责怪的语气说道：“若知追不上他，当日倒不如不追，如今追而不获，反而激其降清，滇南之祸怕是不远矣。”
永历帝莫名其妙的指责让文秀很是不满，忍不住大声反驳道：“皇上，孙逆反意已决，即便放任其返回贵阳，重整兵马，难道就可以使其充当云南之屏障乎？臣在贵阳堪堪稳定住局势，正欲重整旗鼓，皇上却将臣召回云南，先前努力尽皆付诸东流，臣痛心疾首也！”
永历帝语塞，只得让文秀暂且回府养病，等病好之后再有任用。文秀知道永历帝所言不过托词罢了，朝廷在自己与定国之间已经明显倚重于晋藩，加之念及自己的付出并没有得到永历帝的认可，一时更加心灰意懒。
在苦闷之际，文秀忍不住对世子刘震垂泪言道：“吾退狼而进虎，实乃大明之罪人也！今晋王权势日重，一意孤行，将来必败国矣！”
而随着病势愈发加重，文秀的心情也随之日趋消沉，他干脆将一切兵马事务悉数交予亲信陈建料理，除了大朝之日象征性地露个面，其余时候皆是深居简出，终日长吁短叹，独自一人借酒消愁。
见文秀如此颓废，定国不禁也开始反思，究竟是不是自己做错了。为此，他也曾多次上门前往探视，想要修补兄弟之间的裂痕。
但事已至此，文秀早已心灰意冷，不复有当年的情怀，纵使有千言万语藏于心中，也不愿多说一句，凭添定国对自己的猜忌。想到这些，文秀干脆闭门谢客，将定国拒之门外，不肯与其相见。
永历帝在得知文秀病重的消息后，也匆匆赶至蜀王府，这回出宫永历帝并没有对任何人说，完全是临时起意。文秀正躺在榻上闭目养神，忽然只听门外一阵急促的脚步声，紧接着就有世子刘震的声音传了进来：“父王，皇上亲自来探望您了。”
文秀闻言大吃一惊，强撑着病体从榻上坐起身，虚弱地问道：“皇上来了？”
“蜀王，朕听说你病得不轻，自然要过来看看。”随着一个熟悉的声音从屋外传来，就见永历帝带着一名御医步履匆匆地走了进来。
文秀连忙掀开被子就要下榻，永历帝赶紧上前一步将他按住，强撑笑颜道：“卿病得如此重，就不必顾及这些虚礼了，躺着说话就行。”
说罢，永历帝回头向着御医摆了摆手，御医立刻来到榻边，为文秀诊治起来。
“皇上，您先坐。”刘震从一旁搬来座椅，放在了永历帝身后。
待御医诊治完毕，永历帝于是坐在榻边，关切地询问道：“先前朕的话说得重了些，卿千万不要往心里去。这些时日且好生休息，把病养好，将来恢复大业还须多多仰仗于卿。”
文秀含泪言道：“承蒙皇上厚恩，臣岂敢有所怨恨？只恨自己病体沉疴，久治不愈，此生怕是难以看到大明中兴之日了！还望皇上往后多多珍重龙体，臣自当含笑于九泉！”
听了文秀之言，永历帝心情愈发沉重，他再三宽慰文秀莫要胡思乱想，又叮嘱御医务必尽力为其调治，旋即长叹一声，转身起驾返回了宫中。