2月25日，孙瑾与芙蕾乘着宇航机回到了海里奥波利斯，由于共和国保持了中立，地球联合的战力遭到了削弱，战争一开幕就呈现了焦灼状态，克莱茵议长，在悼念“血染情人节”的牺牲者的国葬之际，发表《独立宣言》以及《对地球联合的彻底抗战》。（《黑衣（丧服）独立宣言》）。并且，对未参加联合军的国家优先提供物资（《克莱茵议长的积极中立劝告》）。非plant理事国的大洋洲联合、南美合众国接受此劝告。联合军对南美合众国武力侵略，对巴拿马宇宙港为军事镇压，南美大陆被并入大西洋联邦。
大洋洲联合，批判联合军侵攻中南美，并表明对plant的支持。亦即成为“亲plant国家”，联合军以其属盟国而对其宣战。
虽然对于共和国的中立地球联合并没有对其本土开战，但是共和国也失去了对太空中的资源卫星的控制权，考虑到秘密开发的量产ms并未完成，共和国只能先隐忍下来，好在拥有的资源卫星提供的资源缺失也在预计之内，单靠共和国在陆上的现有资源完全可以撑住，作为领导人的三位执政官在商议过后决定加快ms的开发以对抗地球联合。
回到学校的孙瑾二人被基拉几人围住询问，孙瑾安慰了几人，地球与plant虽然开战，但是奥布与共和国都是中立国，战火暂时还波及不到这里，听到孙瑾的回答，几个人放下心来，少年心性让他们很快就恢复成日常的样子，又开心的聊起了日常，看到他们的样子孙瑾在心中叹了口气，因为中立就放心什么的还是想的太美好了，在绝对的实力面前，中立是毫无作用的，只有自己的实力让人无法忽视，话语才有作用，看着基拉，孙瑾觉得应该在剧情开始前让他理解这些会更好一点。
就这样，在地球联合与plant打的不可开交的情况下，作为中立国隶属卫星的海里奥波利斯里的众人过着和平安逸的日子，仿佛外面的战争不存在一样。
日复一日，孙瑾在学校中过着没什么波澜的日常生活，而战争越发的激烈，plant将数量众多的中子干扰器散步到了地球联合的国家，导致了严重的能源危机，地球联合日渐贫乏，战争英雄也如剧情中那样出现在战场上恩底弥翁之鹰-穆·拉·佛拉达，沙漠之虎-安德鲁·巴尔特菲尔德以及幕后大黑手劳·鲁·克鲁泽。
（双方在L4交战一个月后，规模军事行动减少，但无论在地球上还是宇宙中，小规模冲突仍是不断，战局陷入胶着状态。）
宿舍里孙瑾坐在自己的位置，电脑终端上，主持人正在播报最近的局面
“战争怎么样了？”一旁的基拉凑到孙瑾身边“还是那样，双方有来有回，不过看状况最近已经安静许多了。”孙瑾拿起桌上的水杯喝了一口回答道“哎，为什么要这样呢，明明大家都是人类。”基拉有些难过，几人混熟后基拉已经告诉了大家自己是调整者，所以身为调整者的他对发生的战争很抗拒
“嘛，别担心，真要波及到这里了，我就带你回共和国好了，毕竟你这个天赋完全当得起我的部下。”拍了拍好友的肩膀，孙瑾有些恶趣味的回答他“明明咱们的考试成绩差不多好吧，怎么就我是你的部下了。”基拉被孙瑾的话弄的有些无奈
“那当然是因为我是自然人啊，天赋上肯定不如你，但是我还是不落下风，这不说明我更厉害吗。”孙瑾毫不在意的说道，听到这话基拉也没多想，老好人的他只能赞同孙瑾的说法“好好好，你比我厉害，不跟你多说了，我继续做课题了。”
听到基拉的回答，孙瑾有些奇怪，正常来说以基拉的才能不可能做了一个多月还没完成一个课题“居然还有你做不完的课题，那我可要看看。”
于是有些好奇的孙瑾走到自己身后桌子旁，看着基拉正在完成的课题，大致的扫了一眼，孙瑾突然一惊，凑近仔细的看了起来，电脑终端上虽然只有一部分，但明显是与ms操作系统有关，孙瑾脸上的表情一下子严肃了起来，基拉看到好友突然严肃的脸色“怎么了孙瑾，这个课题有什么奇怪的吗？”
“这个课题，是哪个教授给你的？”
“加藤教授，怎么了，你看出什么来了吗？”
听到这个回答，孙瑾一下就想起来了，在剧情中没有露脸但是很重要的人物，负责G计划也就是高达的操作系统开发的加藤教授，拍了拍自己的额头，自己居然把这个人忘了，上了他好几次课居然也没想起来，到了这个世界已经好几年，因为是剧情中没有露脸的角色，所以第一时间没想起来吗。
“孙瑾？”看到好友有些愣神，基拉担心的晃了晃他的肩膀，被基拉的声音从愣神中唤回，孙瑾笑了下“没事，就是想到了一些事情，你先忙，我出去一下。”说完孙瑾就走了出去。看着孙瑾走出去，基拉摇了摇头，坐下继续完成自己的课题。
孙瑾出了宿舍便跟自己的父亲联系
“怎么了小瑾突然联系我？”
接通后孙轩有些奇怪的问道
“父亲，奥布可能也在开发ms。”
“怎么回事？”听到儿子的话孙将军有些严肃的问道
“我从学校的下放的课题里发现了与ms操作系统有关的程序。”
接下来孙瑾说明了事情的原委以及自己的室友是一名调整者天才，孙将军听到自己的儿子与一名调整者是好友很是好奇，但现在还是集中思想考虑奥布开发ms这件事，考虑了一番，孙轩决定让孙瑾在学校多注意这件事，其他不要做，毕竟现在因为中立两国外交多了起来，现在还不宜刺探奥布，只是自己儿子的安危让孙将军担忧，如果奥布秘密制造ms这事属实，那么孙瑾和芙蕾在海里奥波利斯就不安全了。
孙瑾尝试着提出把自己的应龙高达运到海里奥波利斯里以防万一，孙轩认为太危险，把ms运到别国暴露后会引发很大的问题，而且一旦被抢夺ps装甲技术就会泄露，最后决定以保护孙瑾和芙蕾为由，与奥布联系，在海里奥波利斯内设置了大使馆并配备了一个武装小队，一艘天水级一号舰，三架MA。
作为新研发的宇宙用战舰
天水级一号舰天水号
全长260米，装备4门双联装光束炮，飞弹发射器8台。
没能说服自己的父亲把应龙高达送到自己这孙瑾还是很失望的，但是想了想现在还没找到奥布开发ms的决定性证据，孙瑾也只能先去找证据再说了。
连着几天，孙瑾跟着基拉一起参加了加藤教授的科研小组，但除了一开始给基拉的那份课题里有ms操作程序的一小部分外，孙瑾再也没发现与其有关的程序，于是他只能安下心来跟着基拉一起上课，知道了两人参加了科研小组，芙蕾也跟着报了名，米丽雅莉亚两人听到消息也参与了进来，于是五人同在一个小组的上课日子开始了。